source: aedes_readfid.m @ 118

Last change on this file since 118 was 118, checked in by tjniskan, 9 years ago
  • aedes_readfid will now chech also procpar.pelist for phasetable

information.

  • Disabled phasetable generation for FSE datas as it failed in some

cases and cannot be unambiguous determined...

M aedes_readfid.m
M aedes_revision.m

File size: 57.6 KB
Line 
1function [DATA,msg_out] = aedes_readfid(filename,varargin)
2% AEDES_READFID - Read VNMR (Varian) FID-files
3%   
4%
5% Synopsis:
6%        [DATA,msg]=aedes_readfid(filename,'PropertyName1',value1,'PropertyName2',value2,...)
7%        [DATA,msg]=aedes_readfid(filename,'header')
8%        [DATA,msg]=aedes_readfid(filename,output_filename)
9%
10% Description:
11%        The function reads VNMR (Varian) FID-file and return a structure
12%        DATA with fields DataFormat, HDR, FTDATA, KSPACE, PROCPAR, and
13%        PHASETABLE. The fields of the DATA structure are constructed as
14%        follows:
15%       
16%        DATA
17%          |-> DataFormat         (string identifier for data format 'vnmr')
18%          |-> HDR
19%                |-> FileHeader   (data file header)
20%                |-> BlockHeaders (data block headers, not stored by default)
21%                |-> fname        (file name)
22%                |-> fpath        (file path)
23%                |-> Param        (parameter values used by AEDES_READFID to read the data)
24%          |-> FTDATA             (real fourier transformed image data)
25%          |-> KSPACE             (complex k-space, empty by default)
26%          |-> PROCPAR            (parameters from procpar file)
27%          |-> PHASETABLE         (phasetable)
28%
29%        The DATA structure is returned as empty (without HDR, FTDATA,
30%        KSPACE, and PROCPAR fields) if an error has occurred during
31%        reading. The error message is returned in the second output
32%        argument msg. If AEDES_READFID is called with only one output argument
33%        (i.e. without MSG), the error message is echoed to the workspace.
34%       
35%        The first input argument is either a string containing full path to
36%        the FID-file or the header structure HDR. Only the data file header
37%        can be read by giving a string 'header' as the second input
38%        argument.
39%
40%        By default the k-space is not returned, i.e. the field KSPACE is
41%        empty. The returned data can be adjusted by using the 'return'
42%        property and values 1, 2, or 3 (see below for more information).
43%
44%        The supported property-value pairs in AEDES_READFID (property strings
45%        are not case sensitive):
46%
47%        Property:        Value:                Description:
48%        *********        ******                ************
49%        'Return'      :  [ {1} | 2 | 3 | 4 ]   % 1=return only ftdata (default)
50%                                               % 2=return only k-space
51%                                               % 3=return both ftdata & kspace
52%                                               % 4=return raw kspace
53%
54%        'FastRead'    :  [{'off'} | 'on' ]     % Enables an experimental
55%                                               % method for very fast reading
56%                                               % of fid-files. This not as
57%                                               % robust as the older
58%                                               % method and can consume a lot
59%                                               % of memory.
60%
61%        'OutputFile'  :  filename              % Writes the slices into
62%                                               % NIfTI-format files
63%                                               % using the given filename.
64%
65%        'DCcorrection':  [ {'off'} | 'on' ]    % 'on'=use DC correction
66%                                               % 'off'=don't use DC correction
67%                                               % (default)
68%
69%        'Procpar'     :  (procpar-structure)   % Input procpar
70%                                               % structure. If this
71%                                               % property is not set the
72%                                               % procpar structure
73%                                               % will be read using
74%                                               % AEDES_READPROCPAR
75%
76%        'ZeroPadding' :  ['off'|'on'|{'auto'}] % 'off' = force
77%                                               % zeropadding off
78%                                               % 'on' = force
79%                                               % zeropadding on (force
80%                                               % images to be square)
81%                                               % 'auto' = autoselect
82%                                               % using relative FOV
83%                                               % dimensions (default)
84%
85%        'PhaseTable'  : (custom phase table)   % User-specified
86%                                               % line order for
87%                                               % k-space. The phase table
88%                                               % is obtained from the file
89%                                               % specified in
90%                                               % procpar.petable if
91%                                               % necessary.
92%
93%        'sorting'      : [ 'off' | {'on'} ]    % 'off' =disable k-space
94%                                               % sorting, i.e. ignore the
95%                                               % phase table and/or arrays.
96%                                               % 'on' =sort k-space using
97%                                               % phase table and/or array
98%                                               % information if necessary
99%                                               % (default)
100%
101%        'wbar'        : [ {'on'} | 'off' ]     % 'on'  = show waitbar
102%                                               % 'off' = don't show waitbar
103%
104%        'FlipKspace'  : [ {'off'} | 'LR' |
105%                             'UD' | 'LRUD' ]   % 'off' = don't flip (default)
106%                                               % 'LR' = left/right
107%                                               % 'UD' = up/down
108%                                               % 'LRUD' = left/right and
109%                                               % up/down
110%
111%        'FlipInd'     : [ {'all'} | 'alt' |
112%                          (custom vector)  ]   % 'all' = flip all slices
113%                                               % (default)
114%                                               % 'alt' = flip every
115%                                               % second slice
116%                                               % (custom vector) = A
117%                                               % custom vector containing
118%                                               % indices to the flipped slices
119%
120%        'Precision'   : ['single'|{'double'}]  % Precision of the
121%                                               % outputted data.
122%                                               % 'single' = 32-bit float
123%                                               % 'double' = 64-bit float
124%
125%        'OrientImages': [ {'on'} | 'off' ]     % Orient FTDATA after
126%                                               % reading the data using
127%                                               % PROCPAR.orient property.
128%
129%        'RemoveEPIphaseIm' : ['on'|{'off'}]    % Remove the phase image
130%                                               % from EPI data. This
131%                                               % option only affects EPI
132%                                               % images.
133%
134% Examples:
135%        [DATA,msg]=aedes_readfid(filename)             % Read image data from 'filename'
136%        [DATA,msg]=aedes_readfid(filename,'header')    % Read only data file header
137%
138%        [DATA,msg]=aedes_readfid(filename,'return',1)  % Return only image data (default)
139%        [DATA,msg]=aedes_readfid(filename,'return',2)  % Return only k-space
140%        [DATA,msg]=aedes_readfid(filename,'return',3)  % Return both image data and k-space
141%       
142%        % Read first data file header and then image data and k-space
143%        [DATA,msg]=aedes_readfid(filename,'header')
144%        [DATA,msg]=aedes_readfid(DATA.HDR,'return',3)
145%
146%        % Read VNMR-data with default options and save slices in NIfTI
147%        % format
148%        DATA=aedes_readfid('example.fid','saved_slices.nii');
149%
150%        % If you want to use non-default options and also write
151%        % NIfTI-files, use the property/value formalism, for example
152%        DATA=aedes_readfid('example.fid','ZeroPadding','off',...
153%                     'OutputFile','saved_slices.nii');
154%
155% See also:
156%        AEDES_READFIDPREFS, AEDES_READPROCPAR, AEDES_READPHASETABLE,
157%        AEDES_DATA_READ, AEDES_WRITE_NIFTI, AEDES
158
159% This function is a part of Aedes - A graphical tool for analyzing
160% medical images
161%
162% Copyright (C) 2006 Juha-Pekka Niskanen <Juha-Pekka.Niskanen@uku.fi>
163%
164% Department of Physics, Department of Neurobiology
165% University of Kuopio, FINLAND
166%
167% This program may be used under the terms of the GNU General Public
168% License version 2.0 as published by the Free Software Foundation
169% and appearing in the file LICENSE.TXT included in the packaging of
170% this program.
171%
172% This program is provided AS IS with NO WARRANTY OF ANY KIND, INCLUDING THE
173% WARRANTY OF DESIGN, MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
174
175
176
177
178if nargout==2
179  Dat.ShowErrors = false;
180  msg_out='';
181else
182  Dat.ShowErrors = true;
183end
184
185%% ---------------------
186% Defaults
187Dat.ReturnKSpace  = false;
188Dat.ReturnFTData  = true;
189Dat.DCcorrection  = false;
190Dat.ZeroPadding = 2;
191Dat.Sorting = true;
192Dat.UsePhaseTable = true;
193Dat.FastDataRead = true;
194Dat.precision = 'single';
195
196
197%% Other defaults
198Dat.ShowWaitbar   = true;
199procpar=[];
200Dat.phasetable=[];
201Dat.FlipKspace = 0;
202Dat.FlipInd = 'all';
203Dat.OutputFile = false;
204Dat.ReturnRawKspace = false;
205Dat.ReorientEPI = false;
206Dat.RemoveEPIphaseIm = false;
207Dat.OrientImages = true;
208
209%% -------------------------------------------------------------------
210
211
212%% Set data format label
213DATA.DataFormat = 'vnmr';
214
215%% Parse input arguments
216if nargin==0 || isempty(filename)
217 
218  %% Get default directory
219  try
220    defaultdir = getpref('Aedes','GetDataFileDir');
221  catch
222    defaultdir = [pwd,filesep];
223  end
224 
225  %% If no input arguments are given, ask for a file
226  [f_name, f_path, f_index] = uigetfile( ...
227       {'fid;FID','Varian FID-files (fid)'; ...
228        '*.*', 'All Files (*.*)'}, ...
229        'Select VNMR (Varian) FID file',defaultdir);
230  if ( all(f_name==0) || all(f_path==0) ) % Cancel is pressed
231    DATA=[];
232    msg_out='Canceled';
233    return
234  end
235  ReadHdr = true;
236  ReadData = true;
237  filename=[f_path,f_name];
238 
239  %% Set default directory to preferences
240  setpref('Aedes','GetDataFileDir',f_path)
241 
242end
243
244if nargin==1
245  if isstruct(filename)
246    hdr = filename;
247    filename = [hdr.fpath,hdr.fname];
248    ReadHdr = false;
249    ReadData = true;
250% $$$     ReturnKSpace = false;
251% $$$     ReturnFTData = true;
252   
253  elseif ischar(filename)
254    ReadHdr = true;
255    ReadData = true;
256% $$$     ReturnKSpace = false;
257% $$$     ReturnFTData = true;
258  end
259elseif nargin==2
260  if strcmpi(varargin{1},'header')
261    ReadHdr = true;
262    ReadData = false;
263% $$$     ReturnKSpace = false;
264  elseif ischar(varargin{1})
265    ReadHdr = true;
266    ReadData = true;
267    Dat.OutputFile = varargin{1};
268  else
269    if ~Dat.ShowErrors
270      DATA=[];
271      msg_out=sprintf('Invalid second input argument "%s".',varargin{1});
272      return
273    else
274      error('Invalid second input argument "%s".',varargin{1})
275    end
276  end
277else
278  if isstruct(filename)
279    hdr = filename;
280    filename = [hdr.fpath,hdr.fname];
281    ReadHdr = false;
282    ReadData = true;
283  elseif isempty(filename)
284    [f_name, f_path, f_index] = uigetfile( ...
285        {'fid;FID','Varian FID-files (fid)'; ...
286         '*.*', 'All Files (*.*)'}, ...
287        'Select VNMR (Varian) FID file');
288    if ( all(f_name==0) || all(f_path==0) ) % Cancel is pressed
289      DATA=[];
290      msg_out='Canceled';
291      return
292    end
293    ReadHdr = true;
294    ReadData = true;
295    filename=[f_path,f_name];
296  else
297    ReadHdr = true;
298    ReadData = true;
299  end
300 
301  for ii=1:2:length(varargin)
302    switch lower(varargin{ii})
303     case 'return'
304      if length(varargin)<2
305        DATA=[];
306        if ~Dat.ShowErrors
307          msg_out='"Return" value not specified!';
308        else
309          error('"Return" value not specified!')
310        end
311        return
312      else
313        if varargin{ii+1}==1
314          Dat.ReturnKSpace = false;
315          Dat.ReturnFTData = true;
316        elseif varargin{ii+1}==2
317          Dat.ReturnKSpace = true;
318          Dat.ReturnFTData = false;
319        elseif varargin{ii+1}==3
320          Dat.ReturnKSpace = true;
321          Dat.ReturnFTData = true;
322                elseif varargin{ii+1}==4
323                  Dat.ReturnRawKspace = true;
324                  Dat.ReturnKSpace = true;
325          Dat.ReturnFTData = false;
326        end
327      end
328     
329     case {'dc','dccorrection','dccorr'}
330      if strcmpi(varargin{ii+1},'on')
331        Dat.DCcorrection = true;
332      else
333        Dat.DCcorrection = false;
334      end
335     
336     case 'procpar'
337      procpar=varargin{ii+1};
338     
339     case 'zeropadding'
340      if ischar(varargin{ii+1})
341        if strcmpi(varargin{ii+1},'on')
342          Dat.ZeroPadding = 1; % on
343        elseif strcmpi(varargin{ii+1},'off')
344          Dat.ZeroPadding = 0; % off
345        else
346          Dat.ZeroPadding = 2; % auto
347        end
348      else
349        % Undocumented
350        Dat.ZeroPadding = 3; % Custom
351        Dat.CustomZeroPadding = varargin{ii+1};
352      end
353     
354     case 'phasetable'
355      Dat.phasetable = varargin{ii+1};
356     
357     case 'sorting'
358          if strcmpi(varargin{ii+1},'on')
359        Dat.UsePhaseTable = true;
360        Dat.Sorting = true;
361      else
362        Dat.UsePhaseTable = false;
363        Dat.Sorting = false;
364          end
365     
366         case 'fastread'
367           if strcmpi(varargin{ii+1},'on')
368                 Dat.FastDataRead = true;
369           else
370                 Dat.FastDataRead = false;
371           end
372           
373     case 'wbar'
374      if strcmpi(varargin{ii+1},'on')
375        Dat.ShowWaitbar = 1;
376      else
377        Dat.ShowWaitbar = 0;
378          end
379         
380         case 'precision'
381           if strcmpi(varargin{ii+1},'single')
382                 Dat.precision = 'single';
383           end
384               
385          case 'flipkspace'
386       
387        flipkspace = varargin{ii+1};
388        if strcmpi(flipkspace,'off')
389          Dat.FlipKspace=0;
390        elseif strcmpi(flipkspace,'LR')
391          Dat.FlipKspace=1;
392        elseif strcmpi(flipkspace,'UD')
393          Dat.FlipKspace=2;
394        elseif strcmpi(flipkspace,'LRUD')
395          Dat.FlipKspace=3;
396        else
397          DATA=[];
398          if ~Dat.ShowErrors
399            msg_out = 'Bad value for property FlipKspace!';
400          else
401            error('Bad value for property FlipKspace!')
402          end
403          return
404        end
405       
406      case 'flipind'
407        Dat.FlipInd = varargin{ii+1};
408       
409      case 'outputfile'
410        Dat.OutputFile = varargin{ii+1};
411       
412      case 'reorientepi'
413        if strcmpi(varargin{ii+1},'on')
414          Dat.ReorientEPI = true;
415        end
416       
417      case 'removeepiphaseim'
418        if strcmpi(varargin{ii+1},'on')
419          Dat.RemoveEPIphaseIm = true;
420        end
421      case 'orientimages'
422        if strcmpi(varargin{ii+1},'off')
423          Dat.OrientImages = false;
424        end
425     otherwise
426      DATA=[];
427      if ~Dat.ShowErrors
428        msg_out = ['Unknown property "' varargin{ii} '"'];
429      else
430        error(['Unknown property "' varargin{ii} '"'])
431      end
432      return
433    end
434  end
435end
436
437% Parse filename
438[fpath,fname,fext]=fileparts(filename);
439if ~strcmpi(fname,'fid')
440  if isempty(fname)
441    fpath = [fpath,filesep];
442  else
443        if isempty(fpath)
444          fpath = [pwd,filesep,fname,fext,filesep];
445        else
446          fpath = [fpath,filesep,fname,fext,filesep];
447        end
448  end
449  fname = 'fid';
450else
451  fpath = [fpath,filesep];
452end
453
454%% Read procpar if not given as input argument
455if isempty(procpar) || nargin~=2
456  [procpar,proc_msg]=aedes_readprocpar([fpath,'procpar']);
457  if isempty(procpar)
458    DATA=[];
459    if ~Dat.ShowErrors
460      msg_out=proc_msg;
461    else
462      error(proc_msg)
463    end
464    return
465  end
466end
467
468%% Read phasetable if necessary
469if isfield(procpar,'petable') && isempty(Dat.phasetable) && ...
470    ~isempty(procpar.petable{1}) && ~strcmpi(procpar.petable{1},'n') && ...
471    Dat.Sorting
472  % Look in preferences for tablib-directory
473  try
474    tabpath = getpref('Aedes','TabLibDir');
475  catch
476    % If the table path was not found in preferences, try to use aedes
477    % directory
478    tmp_path = which('aedes');
479    if ~isempty(tmp_path)
480      aedes_path=fileparts(tmp_path);
481      tabpath = [aedes_path,filesep,'tablib',filesep];
482    else
483      % If all else fails, look in the current directory
484      tabpath = [pwd,filesep,'tablib',filesep];
485    end
486  end
487  [phasetable,msg] = aedes_readphasetable([tabpath,procpar.petable{1}]);
488 
489  % If petable cannot be found, check if it is in procpar...
490  if isempty(phasetable) && isfield(procpar,'pe_table')
491    phasetable = {'t1',procpar.pe_table(:)};
492  elseif isempty(phasetable) && isfield(procpar,'pelist') && ...
493      ~isempty(procpar.pelist) && isnumeric(procpar.pelist)
494    phasetable = {'t1',reshape(procpar.pelist,procpar.etl,[]).'};
495  end
496 
497  % If the sequence is a fast spin echo, try to construct the phasetable
498  if isempty(phasetable) && isfield(procpar,'petable') && ...
499      strncmpi(procpar.petable{1},'fse',3)
500    err_msg = 'Could not find phasetable!';
501    if ~Dat.ShowErrors
502      msg_out=err_msg;
503    else
504      error(err_msg)
505    end
506    return
507    %phasetable = {'t1',l_CreateFsemsPhaseTable(procpar)};
508  end
509 
510  %% Abort and throw error if phasetable cannot be read and the FID-file
511  % has not been sorted
512  if isempty(phasetable) && ~isfield(procpar,'flash_converted')
513    DATA=[];
514    if ~Dat.ShowErrors
515      msg_out={['Could not find the required phase table "' ...
516                procpar.petable{1} '" in the following folders'],...
517               ['"' tabpath '".']};
518    else
519      error('Could not find the required phase table "%s" in %s',...
520            procpar.petable{1},tabpath)
521    end
522    return
523  elseif ( isempty(phasetable) && isfield(procpar,'flash_converted') ) || ...
524      ~Dat.UsePhaseTable
525    %% If the FID-file has been sorted, the reading can continue but
526    % throw a warning.
527    fprintf(1,'Warning: aedes_readfid: Could not find phasetable "%s" in "%s"!\n',procpar.petable{1},tabpath)
528    Dat.phasetable=[];
529  else
530    Dat.phasetable = phasetable{1,2};
531  end
532end
533
534% Convert phasetable indices to MATLAB indices
535if ~isempty(Dat.phasetable)
536  Dat.phasetable=Dat.phasetable+(-min(min(Dat.phasetable))+1);
537else
538  Dat.UsePhaseTable = false;
539end
540
541%% Open FID-file
542[file_fid,msg]=fopen([fpath,fname],'r','ieee-be');
543if file_fid < 0
544  DATA=[];
545  if ~Dat.ShowErrors
546    msg_out=['Could not open file "' filename '" for reading.'];
547  else
548    error('Could not open file "%s" for reading.',filename)
549  end
550  return
551end
552
553% Read only header
554if ReadHdr && ~ReadData
555  [hdr,msg_out]=l_ReadDataFileHeader(file_fid);
556  if ~isempty(msg_out)
557    DATA=[];
558    fclose(file_fid);
559    if Dat.ShowErrors
560      error(msg_out)
561    end
562    return
563  else
564    DATA.HDR.FileHeader = hdr.FileHeader;
565    DATA.FTDATA=[];
566    DATA.KSPACE=[];
567    DATA.PROCPAR=[];
568    DATA.PHASETABLE=[];
569  end
570elseif ~ReadHdr && ReadData % Header structure given as input argument
571                            % Read only data.
572  [hdr,data,kspace,msg_out]=l_ReadBlockData(file_fid,hdr,Dat,procpar);
573  if ~isempty(msg_out)
574    DATA=[];
575    fclose(file_fid);
576    if Dat.ShowErrors
577      error(msg_out)
578    end
579    return
580  else
581    DATA.HDR.FileHeader=hdr.FileHeader;
582    DATA.HDR.BlockHeaders = hdr.BlockHeaders;
583    DATA.FTDATA=data;
584    DATA.KSPACE=kspace;
585    DATA.PROCPAR=procpar;
586    DATA.PHASETABLE=Dat.phasetable;
587  end
588elseif ReadHdr && ReadData  % Read headers and data
589  [hdr,msg_out]=l_ReadDataFileHeader(file_fid);
590  [hdr,data,kspace,msg_out]=l_ReadBlockData(file_fid,hdr,Dat,procpar);
591  if ~isempty(msg_out)
592    DATA=[];
593    fclose(file_fid);
594    if Dat.ShowErrors
595      error(msg_out)
596    end
597    return
598  else
599    DATA.HDR.FileHeader=hdr.FileHeader;
600    DATA.HDR.BlockHeaders = hdr.BlockHeaders;
601    DATA.FTDATA=data;
602    DATA.KSPACE=kspace;
603    DATA.PROCPAR=procpar;
604    DATA.PHASETABLE=Dat.phasetable;
605  end
606end
607
608% Set file name and path to the HDR structure
609DATA.HDR.fname=fname;
610DATA.HDR.fpath=fpath;
611
612% Set parameter values
613DATA.HDR.Param.ReturnKSpace = Dat.ReturnKSpace;
614DATA.HDR.Param.ReturnFTData = Dat.ReturnFTData;
615if Dat.ZeroPadding==0
616  DATA.HDR.Param.ZeroPadding = 'off';
617elseif Dat.ZeroPadding==1
618  DATA.HDR.Param.ZeroPadding = 'on';
619else
620  DATA.HDR.Param.ZeroPadding = 'auto';
621end
622if ~Dat.DCcorrection
623  DATA.HDR.Param.DCcorrection = 'off';
624else
625  DATA.HDR.Param.DCcorrection = 'on';
626end
627if Dat.Sorting==0
628  DATA.HDR.Param.Sorting = 'off';
629else
630  DATA.HDR.Param.Sorting = 'on';
631end
632if Dat.FlipKspace==0
633  DATA.HDR.Param.FlipKspace = 'off';
634elseif Dat.FlipKspace==1
635  DATA.HDR.Param.FlipKspace = 'LR';
636elseif Dat.FlipKspace==2
637  DATA.HDR.Param.FlipKspace = 'UD';
638elseif Dat.FlipKspace==3
639  DATA.HDR.Param.FlipKspace = 'LRUD';
640end
641DATA.HDR.Param.FlipInd = Dat.FlipInd;
642
643
644% Close file
645fclose(file_fid);
646
647%% Write slices to NIfTI files
648if ischar(Dat.OutputFile)
649  if isempty(Dat.OutputFile)
650    [fp,fn,fe]=fileparts(DATA.HDR.fpath(1:end-1));
651    fprefix=fn;
652    niipath = [pwd,filesep];
653  else
654    [fp,fn,fe]=fileparts(Dat.OutputFile);
655    if strcmpi(fe,'.nii')
656      fprefix=fn;
657    else
658      fprefix=[fn,fe];
659    end
660    if isempty(fp)
661      niipath = [pwd,filesep];
662    else
663      niipath = [fp,filesep];
664    end
665  end
666 
667  % Create file names
668  filenames={};
669  for ii=1:size(DATA.FTDATA,3)
670    filenames{ii}=sprintf('%s%03d%s',[fprefix,'_'],ii,'.nii');
671  end
672  nFiles = length(filenames);
673   
674  h=aedes_wbar(0,sprintf('Saving slice 1/%d in NIfTI format...',nFiles));
675  for ii=1:nFiles
676    aedes_wbar(ii/nFiles,h,sprintf('Saving slice %d/%d in NIfTI format...',ii, ...
677                             nFiles))
678    [done,msg]=aedes_write_nifti(DATA.FTDATA(:,:,ii),...
679                           [niipath,filenames{ii}],'DataType','single',...
680                           'FileType',2);
681  end
682  delete(h)
683 
684  if ~done
685    warning('Error occurred while writing NIfTI-files. Could not write file(s)!')
686  end
687 
688end
689return
690
691%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
692% Read Data File (Main) Header
693%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
694function [hdr,msg_out]=l_ReadDataFileHeader(file_fid)
695
696msg_out='';
697%% Read Data File Header
698try
699  FH.nblocks = fread(file_fid,1,'long');   % Number of blocks in file
700  FH.ntraces = fread(file_fid,1,'long');   % Number of traces per block
701  FH.np = fread(file_fid,1,'long');        % Number of elements per trace
702  FH.ebytes = fread(file_fid,1,'long');    % Number of bytes per element
703  FH.tbytes = fread(file_fid,1,'long');    % Number of bytes per trace
704  FH.bbytes = fread(file_fid,1,'long');    % Number of bytes per block
705  FH.vers_id = fread(file_fid,1,'short');  % Software version, file_id status bits
706  FH.status = fread(file_fid,1,'short');   % Status of whole file
707  FH.nbheaders = fread(file_fid,1,'long'); % Number of block headers per block
708 
709  hdr.FileHeader = FH;
710 
711  %% Parse status bits
712  hdr.FileHeader.status=[];
713  tmp_str = {'S_DATA',...          % 0 = no data, 1 = data
714             'S_SPEC',...          % 0 = FID, 1 = spectrum
715             'S_32',...            % 0 = 16 bit, 1 = 32 bit integer
716             'S_FLOAT',...         % 0 = integer, 1 = floating point
717             'S_COMPLEX',...       % 0 = real, 1 = complex
718             'S_HYPERCOMPLEX',...  % 1 = hypercomplex
719             '',...                % Unused bit
720             'S_ACQPAR',...        % 0 = not Acqpar, 1 = Acqpar
721             'S_SECND',...         % 0 = first FT, 1 = second FT
722             'S_TRANSF',...        % 0 = regular, 1 = transposed
723             '',...                % Unused bit
724             'S_NP',...            % 1 = np dimension is active
725             'S_NF',...            % 1 = nf dimension is active
726             'S_NI',...            % 1 = ni dimension is active
727             'S_NI2',...           % 1 = ni2 dimension is active
728             ''...                 % Unused bit
729            };
730  status_bits = fliplr(double(dec2bin(FH.status,16))==49);
731  for ii=1:length(tmp_str)
732    if ~isempty(tmp_str{ii})
733      hdr.FileHeader.status.(tmp_str{ii}) = status_bits(ii);
734    end
735  end
736catch
737  hdr=[];
738  msg_out=['Error occurred while reading file header from "' filename '".'];
739  return
740end
741
742
743%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
744% Read Block Headers and Data
745%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
746function [hdr,data,kspace,msg_out]=l_ReadBlockData(file_fid,hdr,Dat,procpar)
747
748hdr.BlockHeaders = [];
749%hdr.HypercmplxBHeaders = [];
750data=[];
751kspace=[];
752count = [];
753msg_out='';
754
755if isfield(procpar,'seqcon')
756  procpar.seqcon=procpar.seqcon{1};
757else
758  procpar.seqcon='nnnnn';
759end
760
761%% Determine acquisition type from seqcon parameter
762if all(procpar.seqcon=='n')          % 1D spectroscopy
763  Dat.AcqType=1;
764elseif all(procpar.seqcon(4:5)=='n') % 2D imaging
765  Dat.AcqType=2;
766elseif procpar.seqcon(5)=='n'        % 3D imaging
767  Dat.AcqType=3;
768else                         % 4D imaging
769  Dat.AcqType=4;
770end
771
772%% Double-check that AcqType is not 1D spectral
773if isfield(procpar,'nv') && procpar.nv==0
774  Dat.AcqType=1;
775end
776
777%% Use some heuristical approach to "triple-check" that the data is not
778%  1D spectral
779if ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'STEAM')) || ...
780      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'steam')) || ...
781      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'LASER')) || ...
782      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'laser')) || ...
783      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'PRESS')) || ...
784      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'press')) || ...
785      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'1PULSE')) || ...
786      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'1pulse')) || ...
787      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'2PULSE')) || ...
788      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'2pulse'))
789  Dat.AcqType=1;
790end
791
792UsePhaseTable=Dat.UsePhaseTable;
793
794
795%% If the data has been converted with flashc, the seqcon parameter needs
796% to be changed
797if isfield(procpar,'flash_converted')
798  if isfield(procpar,'ni') && procpar.ni>1
799    procpar.seqcon(3)='s';
800  elseif ((procpar.seqcon(2)=='c') && (procpar.seqcon(3)=='c'))
801    procpar.seqcon(2)='s';
802  end
803  UsePhaseTable=false; % Do not try to order data if flashc has been run
804end
805
806%% Set number of transients
807if ~isfield(procpar,'nt')
808  nt=1;
809else
810  nt=procpar.nt;
811end
812
813%% Determine if the arrayed acquisition was used
814if isfield(procpar,'array') && ~isempty(procpar.array{1})
815 
816  if length(procpar.array)==1 && ~iscell(procpar.array{1}) && ...
817      strcmp(procpar.array{1},'pad') && all(procpar.pad==0)
818    % Skip the array parsing if the array is a dummy "pad"-array...
819    Dat.isAcqArrayed = false;
820    Dat.ArrayLength = 1;
821  else
822    Dat.isAcqArrayed = true;
823    Dat.ArrayLength = [];
824   
825    % Determine array length
826    for ii=1:length(procpar.array)
827      if iscell(procpar.array{ii})
828        Dat.ArrayLength(ii) = length(procpar.(procpar.array{ii}{1}));
829      else
830        Dat.ArrayLength(ii) = length(procpar.(procpar.array{ii}));
831      end
832    end
833    Dat.ArrayLength = prod(Dat.ArrayLength);
834  end
835else
836  Dat.isAcqArrayed = false;
837  Dat.ArrayLength = 1;
838end
839
840%% Determine if the data is EPI data
841if ( isfield(procpar,'readres') && isfield(procpar,'phaseres') ) || ...
842    ( isfield(procpar,'apptype') && strcmp(procpar.apptype{1},'imEPI') )
843  Dat.isEPIdata = true;
844else
845  Dat.isEPIdata = false;
846end
847
848BlockHeadStatusLabels = {'S_DATA',...       % 0 = no data, 1 = data
849                    'S_SPEC',...          % 0 = FID, 1 = spectrum
850                    'S_32',...            % 0 = 16 bit, 1 = 32 bit integer
851                    'S_FLOAT',...         % 0 = integer, 1 = floating point
852                    'S_COMPLEX',...       % 0 = real, 1 = complex
853                    'S_HYPERCOMPLEX',...  % 1 = hypercomplex
854                    '',...                % Unused bit
855                    'MORE_BLOCKS',...     % 0 = absent, 1 = present
856                    'NP_CMPLX',...        % 0 = real, 1 = complex
857                    'NF_CMPLX',...        % 0 = real, 1 = complex
858                    'NI_CMPLX',...        % 0 = real, 1 = complex
859                    'NI2_CMPLX',...       % 0 = real, 1 = complex
860                    '',...                % Unused bit
861                    '',...                % Unused bit
862                    '',...                % Unuesd bit
863                    ''...                 % Unused bit
864                   };
865
866BlockHeadModeLabels = {'NP_PHMODE',...   % 1 = ph mode
867                    'NP_AVMODE',...    % 1 = av mode
868                    'NP_PWRMODE',...   % 1 = pwr mode
869                    '',...             % Unused bit
870                    'NF_PHMODE',...    % 1 = ph mode
871                    'NF_AVMODE',...    % 1 = av mode
872                    'NF_PWRMODE',...   % 1 = pwr mode
873                    '',...             % Unused bit
874                    'NI_PHMODE',...    % 1 = ph mode
875                    'NI_AVMODE',...    % 1 = av mode
876                    'NI_PWRMODE',...   % 1 = pwr mode
877                    '',...             % Unused bit
878                    'NI2_PHMODE',...   % 1 = ph mode
879                    'NI2_AVMODE',...   % 1 = av mode
880                    'NI2_PWRMODE',...  % 1 = pwr mode
881                    ''...              % Unused bit
882                   };
883
884
885% The nbheaders -field is not correct in some cases. Thus, this field
886% cannot be trusted and the real nbheaders has to be calculated from the
887% byte counts.
888tmp_bytes=hdr.FileHeader.bbytes-hdr.FileHeader.tbytes*hdr.FileHeader.ntraces;
889header_bytes=28;
890if rem(tmp_bytes,header_bytes)~=0
891  msg_out = 'Block header byte count does not match with file header';
892  return
893else
894  nbheaders = tmp_bytes/28;
895end
896%nbheaders = hdr.FileHeader.nbheaders;
897
898%% Allocate space for k-space
899% kspace=zeros(hdr.FileHeader.np/2,...
900%              hdr.FileHeader.ntraces,hdr.FileHeader.nblocks);
901
902if ~Dat.FastDataRead
903  if any(Dat.AcqType==[1 2])
904    switch procpar.seqcon(2:3)
905      case {'cc','sc'}
906        kspace = complex(zeros(hdr.FileHeader.np/2,...
907          hdr.FileHeader.ntraces,...
908          hdr.FileHeader.nblocks,Dat.precision));
909      otherwise
910        kspace = complex(zeros(hdr.FileHeader.np/2,...
911          hdr.FileHeader.nblocks,...
912          hdr.FileHeader.ntraces,Dat.precision));
913    end
914  else
915    kspace = complex(zeros(hdr.FileHeader.np/2,...
916      hdr.FileHeader.ntraces,...
917      hdr.FileHeader.nblocks,Dat.precision));
918  end
919else
920  %kspace = [];
921   kspace = complex(zeros(hdr.FileHeader.np/2*hdr.FileHeader.ntraces,...
922     hdr.FileHeader.nblocks,Dat.precision));
923end
924
925%% - The older robust (but also slower) way for reading the data.
926%% When the blocksize is relatively small, this is also quite fast.
927if ~Dat.FastDataRead
928
929  % Initialize waitbar
930  if Dat.ShowWaitbar
931        wb_h = aedes_wbar(0/hdr.FileHeader.nblocks,...
932          {['Reading ',num2str(Dat.AcqType),'D VNMR data (seqcon: "' procpar.seqcon '")'],...
933          ['(Processing data block ' ...
934          num2str(0) '/' num2str(hdr.FileHeader.nblocks) ')']});
935  end
936
937  %% Read data and block headers
938  for ii=1:hdr.FileHeader.nblocks
939        %% Update waitbar
940        if Dat.ShowWaitbar
941          aedes_wbar(ii/hdr.FileHeader.nblocks,...
942                wb_h,...
943                {['Reading ',num2str(Dat.AcqType),'D VNMR data (seqcon: "' procpar.seqcon '")'],...
944                ['(Processing data block ' ...
945                num2str(ii) '/' num2str(hdr.FileHeader.nblocks) ')']})
946        end
947
948        %% Read block header and hypercomplex header
949        for kk=1:nbheaders
950          %% Read block header
951          if kk==1
952                hdr.BlockHeaders.scale = fread(file_fid,1,'short');  % Scaling factor
953                tmp_status = fread(file_fid,1,'short'); % Status of data in block
954                hdr.BlockHeaders.status = [];
955                hdr.BlockHeaders.index = fread(file_fid,1,'short');  % Block index
956                tmp_mode = fread(file_fid,1,'short');   % Mode of data in block
957                hdr.BlockHeaders.mode = [];
958                hdr.BlockHeaders.ctcount = fread(file_fid,1,'long'); % ct value for FID
959                hdr.BlockHeaders.lpval = fread(file_fid,1,'float');  % f2 (2D-f1) left phase in phasefile
960                hdr.BlockHeaders.rpval = fread(file_fid,1,'float');  % f2 (2D-f1) right phase in phasefile
961                hdr.BlockHeaders.lvl = fread(file_fid,1,'float');    % level drift correction
962                hdr.BlockHeaders.tlt = fread(file_fid,1,'float');    % tilt drift correction
963
964                %% Parse status and mode bits
965                status_bits = fliplr(double(dec2bin(tmp_status,16))==49);
966                mode_bits = fliplr(double(dec2bin(tmp_mode,16))==49);
967                for tt=1:length(BlockHeadStatusLabels)
968                  if ~isempty(BlockHeadStatusLabels{tt})
969                        hdr.BlockHeaders.status.(BlockHeadStatusLabels{tt}) = status_bits(tt);
970                  end
971                  if ~isempty(BlockHeadModeLabels{tt})
972                        hdr.BlockHeaders.mode.(BlockHeadModeLabels{tt}) = mode_bits(tt);
973                  end
974                end
975
976
977          else %% Read hypercomplex header
978                fread(file_fid,1,'short'); % Spare
979                hdr.BlockHeaders.HCHstatus = fread(file_fid,1,'short');
980                fread(file_fid,1,'short'); % Spare
981                fread(file_fid,1,'short'); % Spare
982                fread(file_fid,1,'long'); % Spare
983                hdr.BlockHeaders.HCHlpval1 = fread(file_fid,1,'float');
984                hdr.BlockHeaders.HCHrpval1 = fread(file_fid,1,'float');
985                fread(file_fid,1,'float'); % Spare
986                fread(file_fid,1,'float'); % Spare
987          end
988        end
989       
990        %% Check block index to be sure about the data type
991        if hdr.BlockHeaders.index~=ii
992          fprintf(1,'Warning: Index mismatch in "%s" block %d\n',fopen(file_fid),ii);
993         
994          % Use information from the file header instead of the BlockHeader if
995          % there is a mismatch in blockheader index...
996          useFileHeader = true;
997        else
998          useFileHeader = false;
999        end
1000       
1001        %% Determine data precision
1002        if useFileHeader
1003          if hdr.FileHeader.status.S_FLOAT==1
1004                prec_str = ['single=>',Dat.precision];
1005          elseif hdr.FileHeader.status.S_32==1 ...
1006                  && hdr.FileHeader.status.S_FLOAT==0
1007                prec_str = ['int32=>',Dat.precision];
1008          elseif hdr.FileHeader.status.S_32==0 ...
1009                  && hdr.FileHeader.status.S_FLOAT==0
1010                prec_str = ['int16=>',Dat.precision];
1011          end
1012         
1013        else
1014          if hdr.BlockHeaders.status.S_FLOAT==1
1015                prec_str = ['single=>',Dat.precision];
1016          elseif hdr.BlockHeaders.status.S_32==1 ...
1017                  && hdr.BlockHeaders.status.S_FLOAT==0
1018                prec_str = ['int32=>',Dat.precision];
1019          elseif hdr.BlockHeaders.status.S_32==0 ...
1020                  && hdr.BlockHeaders.status.S_FLOAT==0
1021                prec_str = ['int16=>',Dat.precision];
1022          end
1023        end
1024
1025        % Read k-space
1026        tmp=fread(file_fid,...
1027          [hdr.FileHeader.np,hdr.FileHeader.ntraces],...
1028          prec_str);
1029
1030
1031        % Store complex block and perform DC correction
1032        if ~Dat.DCcorrection || ( nt(1)>1 )
1033          complex_block = complex(tmp(1:2:end,:),tmp(2:2:end,:));
1034        else
1035          complex_block = complex(tmp(1:2:end,:)-hdr.BlockHeaders.lvl,...
1036                tmp(2:2:end,:)-hdr.BlockHeaders.tlt);
1037        end
1038
1039
1040        %% Store and order k-space values
1041        if any(Dat.AcqType==[1 2])
1042          switch procpar.seqcon(2:3)
1043                case {'cc','sc'}
1044                  kspace(:,:,ii) = complex_block;
1045                otherwise
1046                  kspace(:,ii,:) = complex_block;
1047          end
1048        else
1049          kspace(:,:,ii) = complex_block;
1050        end
1051
1052        % Do not save blockheaders by default. When reading data files with a lot of
1053        % blocks (e.g. over 1000) the processing of the DATA structure can be
1054        % slowed down considerably. If you for some reason want to save also the
1055        % block headers in the DATA structure comment out the code line below.
1056        hdr.BlockHeaders = [];
1057  end % for ii=1:hdr.
1058
1059  if Dat.ShowWaitbar
1060        delete(wb_h)
1061  end
1062 
1063else
1064  %% -------------------------------------------------------------------
1065  %% Fast Method for reading data. This may fail with some datas and can
1066  %% also require a relatively large amount of memory. This
1067  %% method should be used for EPI datas that contain a large number
1068  %% of block headers...
1069 
1070  % Check the size of the FID-file
1071  d=dir(fopen(file_fid));
1072  file_sz = d.bytes/1024/1024; % File size in MB
1073  if file_sz<500
1074    nBlocks = 1;
1075  else
1076    nBlocks = ceil(file_sz/500); % Read data in 500 MB blocks
1077  end
1078 
1079  % Initialize waitbar
1080  if Dat.ShowWaitbar
1081        wb_h = aedes_calc_wait(['Reading ',num2str(Dat.AcqType),...
1082          'D VNMR data (seqcon: "' procpar.seqcon '")']);
1083  end
1084 
1085  % The first block header is read and it is assumed that the values in
1086  % the other block headers don't change. 
1087  hdr.BlockHeaders.scale = fread(file_fid,1,'short');  % Scaling factor
1088  tmp_status = fread(file_fid,1,'short'); % Status of data in block
1089  hdr.BlockHeaders.status = [];
1090  hdr.BlockHeaders.index = fread(file_fid,1,'short');  % Block index
1091  tmp_mode = fread(file_fid,1,'short');   % Mode of data in block
1092  hdr.BlockHeaders.mode = [];
1093  hdr.BlockHeaders.ctcount = fread(file_fid,1,'long'); % ct value for FID
1094  hdr.BlockHeaders.lpval = fread(file_fid,1,'float');  % f2 (2D-f1) left phase in phasefile
1095  hdr.BlockHeaders.rpval = fread(file_fid,1,'float');  % f2 (2D-f1) right phase in phasefile
1096  hdr.BlockHeaders.lvl = fread(file_fid,1,'float');    % level drift correction
1097  hdr.BlockHeaders.tlt = fread(file_fid,1,'float');    % tilt drift correction
1098 
1099  %% Parse status and mode bits
1100  status_bits = fliplr(double(dec2bin(tmp_status,16))==49);
1101  mode_bits = fliplr(double(dec2bin(tmp_mode,16))==49);
1102  for tt=1:length(BlockHeadStatusLabels)
1103    if ~isempty(BlockHeadStatusLabels{tt})
1104      hdr.BlockHeaders.status.(BlockHeadStatusLabels{tt}) = status_bits(tt);
1105    end
1106    if ~isempty(BlockHeadModeLabels{tt})
1107      hdr.BlockHeaders.mode.(BlockHeadModeLabels{tt}) = mode_bits(tt);
1108    end
1109  end
1110 
1111  %% Determine data precision
1112  if hdr.BlockHeaders.status.S_FLOAT==1
1113    prec_str = ['single=>',Dat.precision];
1114    prec = 4; % Precision in bytes
1115  elseif hdr.BlockHeaders.status.S_32==1 ...
1116      && hdr.BlockHeaders.status.S_FLOAT==0
1117    prec_str = ['int32=>',Dat.precision];
1118    prec = 4;
1119  elseif hdr.BlockHeaders.status.S_32==0 ...
1120      && hdr.BlockHeaders.status.S_FLOAT==0
1121    prec_str = ['int16=>',Dat.precision];
1122    prec = 2;
1123  end
1124 
1125  % Seek the file back to the beginning of the first block header
1126  fseek(file_fid,-28,0);
1127 
1128  % Determine the number of values that will result from block header(s)
1129  nVals = (nbheaders*28)/prec;
1130 
1131  nbh = floor(hdr.FileHeader.nblocks/nBlocks);
1132  szh = nVals+hdr.FileHeader.np*hdr.FileHeader.ntraces;
1133  for ii=1:nBlocks
1134   
1135    % Read the whole data including block headers etc...
1136    if ii==nBlocks
1137      tmp = fread(file_fid,inf,prec_str);
1138    else
1139      tmp = fread(file_fid,nbh*szh,prec_str);
1140    end
1141    tmp=reshape(tmp,nVals+hdr.FileHeader.np*hdr.FileHeader.ntraces,[]);
1142    tmp(1:nVals,:)=[];
1143   
1144    if ii==nBlocks
1145      inds = ((ii-1)*nbh+1):size(kspace,2);
1146    else
1147      inds = ((ii-1)*nbh+1):ii*nbh;
1148    end
1149   
1150    % Do DC-correction if necessary
1151    if ~Dat.DCcorrection || ( nt(1)>1 )
1152      kspace(:,inds)=complex(tmp(1:2:end,:,:),tmp(2:2:end,:,:));
1153    else
1154      kspace(:,inds)=complex(tmp(1:2:end,:,:)-hdr.BlockHeaders.lvl,...
1155        tmp(2:2:end,:,:)-hdr.BlockHeaders.tlt);
1156    end
1157  end
1158  clear tmp
1159 
1160  % Transform to 3D matrix
1161  kspace = reshape(kspace,hdr.FileHeader.np/2,...
1162    hdr.FileHeader.ntraces,hdr.FileHeader.nblocks);
1163
1164 
1165%   % Read the whole data including block headers etc...
1166%   kspace = fread(file_fid,inf,prec_str);
1167%   kspace=reshape(kspace,nVals+hdr.FileHeader.np*hdr.FileHeader.ntraces,[]);
1168%   
1169%   % Remove block headers from the data
1170%   kspace(1:nVals,:)=[];
1171%   %kspace=kspace(nVals+1:end,:);
1172%   
1173%   % Transform to complex values
1174%   kspace = reshape(kspace,hdr.FileHeader.np,...
1175%       hdr.FileHeader.ntraces,hdr.FileHeader.nblocks);
1176%   
1177%   % Do DC-correction if necessary
1178%   if ~Dat.DCcorrection || ( nt(1)>1 )
1179%     kspace=complex(kspace(1:2:end,:,:),kspace(2:2:end,:,:));
1180%   else
1181%     kspace=complex(kspace(1:2:end,:,:)-hdr.BlockHeaders.lvl,...
1182%       kspace(2:2:end,:,:)-hdr.BlockHeaders.tlt);
1183%   end
1184 
1185  %% Store and order k-space values
1186  if any(Dat.AcqType==[1 2])
1187    switch procpar.seqcon(2:3)
1188      case {'cc','sc'}
1189        %kspace(:,:,ii) = complex_block;
1190      otherwise
1191        %kspace(:,ii,:) = complex_block;
1192        kspace = permute(kspace,[1 3 2]);
1193    end
1194  else
1195    %kspace(:,:,ii) = complex_block;
1196  end
1197 
1198  if Dat.ShowWaitbar
1199        delete(wb_h)
1200  end
1201 
1202end
1203
1204% Remove singleton dimensions from kspace
1205kspace = squeeze(kspace);
1206
1207% Check if raw kspace should be returned
1208if Dat.ReturnRawKspace
1209  %% Delete waitbar
1210  if Dat.ShowWaitbar && ishandle(wb_h)
1211        delete(wb_h)
1212  end
1213  return
1214end
1215
1216%% Support for RASER sequence ---------------------------
1217if isfield(procpar,'teType')
1218 
1219  if strcmpi(procpar.sing_sh,'y') && strcmpi(procpar.teType,'c')
1220       
1221    % Separate reference scans from the data
1222    if isfield(procpar,'refscan') && strcmp(procpar.refscan,'y')
1223      kspace=permute(reshape(kspace,procpar.np/2,procpar.ne/2,2,[]),[1 2 4 3]);
1224      noise = kspace(:,:,:,1);
1225      kspace = kspace(:,:,:,2);
1226      % DC-correction
1227      dc_level = squeeze(mean(mean(noise)));
1228      for ii=1:size(kspace,3)
1229        kspace(:,:,ii)=kspace(:,:,ii)-dc_level(ii);
1230      end
1231    end
1232   
1233    if strcmpi(procpar.readType,'s')
1234      sw = procpar.sw;
1235      dwell = cumsum(ones(1,size(kspace,1))*(1/sw));
1236    else
1237      error('This feature has not been implemented yet!!!')
1238    end
1239    dwell = dwell*1000;
1240    %kspace = permute(kspace,[2 1 3]);
1241   
1242   
1243   
1244    % Phase correction
1245    dims = size(kspace);
1246    nI = size(kspace,3);
1247    nv = size(kspace,4);
1248    ne = size(kspace,2);
1249    np = size(kspace,1);
1250    g = 42.58;
1251    G = procpar.gvox2;
1252    Ds = procpar.vox2/100;
1253    pos2 = procpar.pos2/10;
1254    fudge = 0;
1255    fudge2 = 1;
1256   
1257    tt_dwell=repmat(dwell(:),1,ne);
1258    tt_ne = repmat((1:ne),length(dwell),1);
1259    tt_np = repmat((1:np)',1,ne);
1260   
1261    i=sqrt(-1);
1262    phi = (-2.*pi.*g.*G.*Ds.*tt_dwell.*(tt_ne./ne - 1/2 - pos2/Ds))+fudge.*tt_np;
1263    phi = repmat(phi,[1,1,size(kspace,3)]);
1264    kspace = abs(kspace).*exp(i*(angle(kspace)+phi));
1265   
1266    % Flip every other column
1267    sz(1)=size(kspace,1);
1268    sz(2)=size(kspace,2);
1269    sz(3)=size(kspace,3);
1270    sz(4)=size(kspace,4);
1271    kspace=reshape(kspace,sz(1),prod(sz(2:4)));
1272    kspace(:,1:2:end) = flipud(kspace(:,1:2:end));
1273    kspace = reshape(kspace,sz);
1274   
1275    %kspace = reshape(permute(kspace,[2 1 3]),sz(2),[],1);
1276    %kspace(:,1:2:end) = flipud(kspace(:,1:2:end));
1277    %kspace=permute(reshape(kspace,sz(2),[],sz(3)),[2 1 3]);
1278   
1279  else
1280    data = [];
1281    error('RASER sequence of this type has not been implemeted yet!')
1282  end
1283 
1284  % Reshape into 4D matrix
1285  kspace = reshape(kspace,size(kspace,1),size(kspace,2),[],size(kspace,3));
1286 
1287  % Reorient if requested
1288  if Dat.OrientImages
1289    kspace = flipdim(kspace,2);
1290  end
1291 
1292  data = abs(fftshift(fft(fftshift(fft(kspace,[],3),3),[],1),1));
1293 
1294  % Delete kspace if not returned
1295  if ~Dat.ReturnKSpace
1296    kspace=[];
1297  end
1298 
1299  return
1300 
1301end
1302
1303%% Support for fat/water measurements ----------------------
1304if isfield(procpar,'seqfil') && strcmpi(procpar.seqfil,'ge3d_csi2')
1305 
1306  % Split kspace into fat and water (in 4th dimesion)
1307  kspace=reshape(permute(reshape(kspace,256,2,[]),[1 3 4 2]),256,128,[],2);
1308 
1309  % Fourier transform data
1310  if any(Dat.ZeroPadding==[1 2])
1311    data_sz = [procpar.np/2,procpar.nf,procpar.nv2,2];
1312    data = zeros(data_sz,class(kspace));
1313    data(:,:,:,1) = abs(fftshift(fftn(kspace(:,:,:,1),data_sz(1:3))));
1314    data(:,:,:,2) = abs(fftshift(fftn(kspace(:,:,:,2),data_sz(1:3))));
1315  else
1316    data = zeros(size(kspace),class(kspace));
1317    data(:,:,:,1) = abs(fftshift(fftn(kspace(:,:,:,1))));
1318    data(:,:,:,2) = abs(fftshift(fftn(kspace(:,:,:,2))));
1319  end
1320 
1321  % Delete kspace if not returned
1322  if ~Dat.ReturnKSpace
1323    kspace=[];
1324  end
1325 
1326  return
1327end
1328
1329% Check the number of receivers (PI stuff)
1330if isfield(procpar,'rcvrs') && ~isempty(procpar.rcvrs) && ...
1331    length(procpar.rcvrs{1})>1
1332  % Multiple receivers used
1333  if isfield(procpar,'apptype') && strcmp(procpar.apptype{1},'imEPI')
1334    % Store multiple receiver data in EPI measurements in 5th dimension
1335    % and calculate sum-of-squares image
1336    nRcv = length(find(procpar.rcvrs{1}=='y'));
1337    nVols = size(kspace,3)/nRcv-1;
1338    data = zeros(procpar.nv,procpar.np/2,procpar.ns,nVols+1,'single');
1339    kssz=size(kspace);
1340    blksz = 500; % Process EPI data in 500 volume blocks
1341    nBlocks = ceil((size(kspace,3)/nRcv)/blksz);
1342    lnum = length(num2str(nBlocks));
1343    lnumstr = num2str(lnum);
1344    bsl = lnum*2+1;
1345    fprintf(1,'Processing data in blocks of %d volumes\n',blksz)
1346    fprintf(1,['Processing block...%0',lnumstr,'d/%0',lnumstr,'d'],1,nBlocks);
1347    for ii=1:nBlocks
1348      fprintf(1,repmat('\b',1,bsl));
1349      fprintf(1,['%0',lnumstr,'d/%0',lnumstr,'d'],ii,nBlocks);
1350      tmp_data = [];
1351      for kk=1:nRcv
1352        inds = [kk ((ii-1)*blksz*nRcv+kk):nRcv:min((nRcv*ii*blksz),kssz(3))];
1353        if ii==1
1354          % For first block, phase image is in inds twice
1355          inds = inds(2:end);
1356        end
1357        tmp_kspace = l_ReconstructKspace(kspace(:,:,inds),procpar,Dat);
1358        tmp_data(:,:,:,:,kk) = fftshift(fftshift(fft(fft(tmp_kspace,[],1),[],2),1),2);
1359      end
1360      if ii==1
1361        data(:,:,:,1:size(tmp_data,4)) = sqrt(sum(tmp_data.*conj(tmp_data),5));
1362      elseif ii==nBlocks
1363        data(:,:,:,((ii-1)*blksz+1):(nVols+1)) = sqrt(sum(tmp_data(:,:,:,2:end,:).*conj(tmp_data(:,:,:,2:end,:)),5));
1364      else
1365        data(:,:,:,((ii-1)*blksz+1):(ii*blksz)) = sqrt(sum(tmp_data(:,:,:,2:end,:).*conj(tmp_data(:,:,:,2:end,:)),5));
1366      end
1367    end
1368    fprintf(1,'\n')
1369   
1370%     for kk=1:(size(kspace,3)/nRcv-1)
1371%       for ii=1:nRcv
1372%         tmp_kspace = l_ReconstructKspace(kspace(:,:,[ii kk*nRcv+ii]),procpar,Dat);
1373%         tmp_data(:,:,:,:,ii) = fftshift(fftshift(fft(fft(tmp_kspace,[],1),[],2),1),2);
1374%         
1375%         %tmp_kspace = l_ReconstructKspace(kspace(:,:,ii:nRcv:end),procpar,Dat);
1376%         %kspace2(:,:,:,:,ii)=tmp_kspace;
1377%       end
1378%       if kk==1
1379%         data = sqrt(mean(tmp_data.*conj(tmp_data),5));
1380%       else
1381%         data(:,:,:,kk+1) = sqrt(mean(tmp_data(:,:,:,2,:).*conj(tmp_data(:,:,:,2,:)),5));
1382%       end
1383%       fprintf(1,repmat('\b',1,bsl));
1384%       fprintf(1,['%0',lnumstr,'d/%0',lnumstr,'d'],kk,nVols);
1385%     end
1386%     fprintf(1,'\n')
1387%     %kspace = kspace2;
1388%     %data = fftshift(fftshift(fft(fft(kspace,[],1),[],2),1),2);
1389%     %data = sqrt(mean(data.*conj(data),5));
1390%     %kspace2=[];
1391   
1392    % Remove reference image if requested
1393    if Dat.isEPIdata && Dat.RemoveEPIphaseIm
1394      data = data(:,:,:,2:end);
1395    end
1396   
1397    if Dat.OrientImages && ~isempty(procpar) && ...
1398        isfield(procpar,'orient') && any(Dat.AcqType==[2 3 4])
1399      orient = procpar.orient{1};
1400      if any(strcmpi(orient,{'xyz','trans90','cor90','sag90'}))
1401        data = flipdim(aedes_rot3d(data,1,3),2);
1402      elseif strcmpi(orient,'oblique')
1403        data = flipdim(flipdim(data,1),2);
1404      else
1405        data = flipdim(flipdim(data,1),2);
1406      end
1407    end
1408   
1409  else
1410    nRcv = length(find(procpar.rcvrs{1}=='y'));
1411    data = [];
1412    kspace2 = [];
1413    for ii=1:nRcv
1414      tmp_kspace = l_ReconstructKspace(kspace(:,:,ii),procpar,Dat);
1415      kspace2(:,:,:,ii)=tmp_kspace;
1416      if Dat.ReturnFTData
1417        tmp_data = l_CalculateFFT(tmp_kspace,procpar,Dat);
1418        data(:,:,:,ii) = tmp_data;
1419      end
1420    end
1421    kspace = kspace2;
1422    kspace2=[];
1423  end
1424else
1425  % Only one receiver
1426  kspace = l_ReconstructKspace(kspace,procpar,Dat);
1427  data = l_CalculateFFT(kspace,procpar,Dat);
1428end
1429
1430% Delete kspace if not returned
1431if ~Dat.ReturnKSpace
1432  kspace=[];
1433end
1434
1435%===============================================
1436% Reconstruct kspace for different sequences
1437%===============================================
1438function kspace=l_ReconstructKspace(kspace,procpar,Dat)
1439
1440
1441%% Flip images for certain measurements
1442if Dat.FlipKspace~=0
1443  if ischar(Dat.FlipInd)
1444    if strcmpi(Dat.FlipInd,'all')
1445      flipind = 1:size(kspace,3);
1446    elseif strcmpi(Dat.FlipInd,'alt')
1447      flipind = 2:2:size(kspace,3);
1448    end
1449  else
1450    flipind = Dat.FlipInd;
1451  end
1452 
1453  for ii=flipind
1454    if Dat.FlipKspace==1
1455      kspace(:,:,ii)=fliplr(kspace(:,:,ii));
1456    elseif Dat.FlipKspace==2
1457      kspace(:,:,ii)=flipud(kspace(:,:,ii));
1458    else
1459      kspace(:,:,ii)=flipud(fliplr(kspace(:,:,ii)));
1460    end
1461  end
1462end
1463
1464% Handle arrayed and RARE sequences
1465if Dat.isAcqArrayed && Dat.AcqType~=1 && Dat.Sorting && ~Dat.isEPIdata
1466  %if ~strcmpi(procpar.seqcon(2:3),'cc') && ( isempty(Dat.phasetable) | ...
1467  %        isfield(procpar,'flash_converted') )
1468  if (( isempty(Dat.phasetable) && ~strcmpi(procpar.seqcon(2:3),'sc') ) && ...
1469      ~(strcmpi(procpar.seqcon(2:3),'cc') && Dat.ArrayLength==size(kspace,3))) || ...
1470      isfield(procpar,'flash_converted')
1471                                 
1472    % Sort uncompressed arrayed data
1473    ks_order = 1:procpar.nv*Dat.ArrayLength;
1474    tmp = 0:procpar.nv:(procpar.ne-1)*procpar.nv;
1475    tmp=repmat(tmp,procpar.nv*Dat.ArrayLength,1);
1476    ks_order = reshape(ks_order,Dat.ArrayLength,procpar.nv).';
1477    ks_order = ks_order(:);
1478    ks_order = repmat(ks_order,1,procpar.ne);
1479    ks_order = ks_order+tmp;
1480    ks_order = ks_order.';
1481   
1482    if procpar.ns==1
1483      kspace=kspace(:,ks_order);
1484    else
1485      kspace = kspace(:,ks_order,:);
1486    end
1487   
1488    % Reshape into 3D matrix
1489    kspace=reshape(kspace,[size(kspace,1) procpar.nv Dat.ArrayLength* ...
1490                        procpar.ns]);
1491  else
1492    %% Sort RARE type data
1493    if Dat.UsePhaseTable && ~isempty(Dat.phasetable)
1494      %Dat.phasetable = Dat.phasetable';
1495      if Dat.isAcqArrayed && Dat.ArrayLength>1 && strcmpi(procpar.seqcon(2:3),'cs')
1496        kspace = permute(reshape(reshape(kspace,size(kspace,1),[]),size(kspace,1),Dat.ArrayLength,[]),[1 3 2]);
1497      else
1498        Dat.phasetable = Dat.phasetable.';
1499      end
1500      kspace(:,Dat.phasetable(:),:) = kspace;
1501    end
1502  end
1503elseif Dat.isEPIdata
1504  %% Support for EPI-measurements
1505 
1506 
1507  % EPI data is measured with old VNMR
1508  if isfield(procpar,'readres') && isfield(procpar,'phaseres')
1509   
1510    % Number of slices
1511    tmp_ns=length(procpar.pss);
1512   
1513    if isfield(procpar,'navecho') && strcmpi(procpar.navecho{1},'y')
1514      tmp_nv = procpar.nv-procpar.nseg;
1515    else
1516      tmp_nv = procpar.nv;
1517    end
1518    kspace = reshape(kspace,[size(kspace,1) ...
1519      size(kspace,2)/tmp_nv tmp_nv]);
1520    kspace = permute(kspace,[1 3 2]);
1521   
1522    % Reshape to 4D matrix
1523    kspace = reshape(kspace,[size(kspace,1) size(kspace,2) ...
1524      tmp_ns size(kspace,3)/tmp_ns]);
1525   
1526   
1527  elseif isfield(procpar,'apptype') && strcmp(procpar.apptype{1},'imEPI')
1528    % If EPI data is measured with new VNMRj system
1529   
1530    % Number of slices
1531    ns = length(procpar.pss);
1532   
1533    % Reshape kspace to 4D matrix
1534    if isfield(procpar,'fract_ky') && procpar.fract_ky~=procpar.nv/2
1535      kspace = reshape(kspace,procpar.np/2,procpar.nv/2+procpar.fract_ky,...
1536        ns,[]);
1537      kspace(procpar.np/2,procpar.nv,1)=0;
1538    else
1539      kspace = reshape(kspace,procpar.np/2,procpar.nv,...
1540        ns,[]);
1541    end
1542   
1543    % Flip even kspace lines
1544    if ~Dat.FastDataRead
1545      for tt=2:2:size(kspace,2)
1546        kspace(:,tt,:,:) = flipdim(kspace(:,tt,:,:),1);
1547      end
1548    else
1549      kspace(:,2:2:end,:,:) = flipdim(kspace(:,2:2:end,:,:),1);
1550    end
1551   
1552   
1553    % Sort centric measurements
1554    if isfield(procpar,'ky_order') && strcmpi(procpar.ky_order,'c')
1555      kspace(:,Dat.phasetable(:),:,:)=kspace;
1556    end
1557    %kspace = flipdim(kspace,1);
1558   
1559    % Get the reference image(s)
1560    ref_im = kspace(:,:,:,1);
1561   
1562    % Do phase correction.
1563    phase_e = exp(-sqrt(-1)*angle(fft(ref_im,[],1)));
1564    for kk=2:size(kspace,4)
1565      kspace(:,:,:,kk) = ifft(fft(kspace(:,:,:,kk),[],1).*phase_e,[],1);
1566    end
1567  end
1568 
1569else
1570  % This section contains various "chewing gum and ironwire" type
1571  % patches that hopefully work...
1572 
1573  if strcmp(procpar.seqcon,'nncnn')
1574    kspace = permute(kspace,[1 3 2]);
1575  elseif strcmp(procpar.seqcon,'nccnn') && length(size(kspace))==2 && ...
1576      procpar.ns>=1 && Dat.AcqType~=1
1577    if ~isempty(Dat.phasetable)
1578      kssz = size(kspace);
1579      phsz = size(Dat.phasetable);
1580      kspace=permute(reshape(kspace,procpar.np/2,...
1581        phsz(2),...
1582        kssz(2)/phsz(2)),[1 3 2]);
1583      kspace = permute(reshape(kspace,...
1584        procpar.np/2,procpar.ns,kssz(2)/procpar.ns),[1 3 2]);
1585      if Dat.Sorting
1586        kspace(:,Dat.phasetable(:),:)=kspace;
1587      end
1588    else
1589      kspace = reshape(kspace,...
1590        [procpar.np/2 procpar.ns ...
1591        size(kspace,2)/procpar.ns]);
1592      kspace=permute(kspace,[1 3 2]);
1593    end
1594   
1595  elseif strcmp(procpar.seqcon,'nscsn') && length(size(kspace))==3 && ...
1596          Dat.AcqType~=1
1597        %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1598        % Support for 3D fast spin-echo
1599        %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1600        if ~isempty(Dat.phasetable)
1601          for ii=1:size(kspace,3)
1602                tmp = kspace(:,:,ii);
1603                kssz = size(tmp);
1604                phsz = size(Dat.phasetable);
1605                tmp=permute(reshape(tmp,procpar.np/2,...
1606                  phsz(2),...
1607                  kssz(2)/phsz(2)),[1 3 2]);
1608                tmp = permute(reshape(tmp,...
1609                  procpar.np/2,procpar.ns,kssz(2)/procpar.ns),[1 3 2]);
1610                if Dat.Sorting
1611                  tmp(:,Dat.phasetable(:),:)=tmp;
1612                end
1613                kspace(:,:,ii)=tmp;
1614          end
1615        end
1616       
1617       
1618  elseif Dat.AcqType~=1 && isfield(procpar,'nv')
1619    if length(size(kspace))==2 && ...
1620              ( size(kspace,1)~=(procpar.np/2) || size(kspace,2)~=procpar.nv )
1621      %% Reshape the kspace to the appropriate size
1622      kspace=reshape(kspace,[procpar.np/2 procpar.nv size(kspace,2)/ ...
1623                          procpar.nv]);
1624    elseif length(size(kspace))==3
1625      kspace = reshape(kspace,procpar.np/2,procpar.nv,[]);
1626      if Dat.Sorting && ~isempty(Dat.phasetable)
1627        kspace(:,Dat.phasetable(:),:) = kspace;
1628      end
1629    end
1630  end
1631 
1632 
1633  %%% Support for Teemu's ASE3D-data
1634  %if strcmpi(procpar.seqcon,'ncccn')
1635  %  %% Reshape the kspace to the appropriate size
1636  %  kspace=reshape(kspace,[procpar.np/2 procpar.nv size(kspace,2)/procpar.nv]);
1637  %end
1638end
1639
1640
1641
1642%=========================================
1643% Fourier Transform Data
1644%=========================================
1645function data=l_CalculateFFT(kspace,procpar,Dat)
1646data=[];
1647
1648% Return image/spectral data --------------------------------
1649if Dat.ReturnFTData
1650  %% Fourier transform spectral data
1651  if Dat.AcqType==1
1652        wb_h = aedes_wbar(0,'Fourier transforming spectral data');
1653    %data=zeros(size(kspace),'single');
1654        data=kspace;
1655    sz=size(kspace,2)*size(kspace,3);
1656    count=1;
1657    for kk=1:size(kspace,3)
1658      for ii=1:size(kspace,2)
1659        %% Update waitbar
1660        if Dat.ShowWaitbar
1661          aedes_wbar(count/sz,...
1662               wb_h,...
1663               {'Fourier transforming spectral data',...
1664                ['(Processing spectrum ' num2str(count) '/' num2str(sz) ')']})
1665                end
1666        data(:,ii,kk) = abs(fftshift(fft(data(:,ii,kk))));
1667        count=count+1;
1668      end
1669    end
1670 
1671  %% Fourier transform image data
1672  else
1673   
1674    %% Zeropadding auto
1675    if Dat.ZeroPadding==2
1676     
1677      if Dat.isEPIdata && isfield(procpar,'readres') && isfield(procpar,'phaseres')
1678       
1679        %% Determine the image size for EPI data for procpar "readres"
1680        %% and "phaseres" fields
1681        data_sz = [procpar.readres procpar.phaseres];
1682        if isequal(data_sz,[size(kspace,1),size(kspace,2)])
1683          DoZeroPadding=false;
1684        else
1685          DoZeroPadding=true;
1686        end
1687        data_sz = [procpar.readres ...
1688          procpar.phaseres size(kspace,3) size(kspace,4)];
1689      else
1690       
1691        %% Check if zeropadding is necessary.
1692        ks_sz_sorted = sort([size(kspace,1),size(kspace,2)]);
1693        fov_sz_sorted = sort([procpar.lro,procpar.lpe]);
1694        sliceRelativeDim = ks_sz_sorted(2)/ks_sz_sorted(1);
1695        FOVrelativeDim = fov_sz_sorted(2)/fov_sz_sorted(1);
1696        if FOVrelativeDim~=sliceRelativeDim
1697          ind=find([size(kspace,1),size(kspace,2)]==ks_sz_sorted(1));
1698          data_sz = size(kspace);
1699          data_sz(ind) = round((fov_sz_sorted(1)/fov_sz_sorted(2))*ks_sz_sorted(2));
1700          DoZeroPadding=true;
1701        else
1702          data_sz = size(kspace);
1703          DoZeroPadding=false;
1704        end
1705      end
1706     
1707      %% Force zeropadding on. Force images to be square.
1708    elseif Dat.ZeroPadding==1
1709      ks_sz_max = max(size(kspace,1),size(kspace,2));
1710      data_sz = size(kspace);
1711      data_sz(1:2)=ks_sz_max;
1712      DoZeroPadding=true;
1713     
1714      %% Force zeropadding off
1715    else
1716      data_sz = size(kspace);
1717      DoZeroPadding=false;
1718    end
1719   
1720    %% Fourier transform 2D and EPI image data
1721    if Dat.AcqType==2 || Dat.isEPIdata
1722      sz=size(kspace,3);
1723     
1724      if DoZeroPadding
1725        data=zeros(data_sz,class(kspace));
1726        data(1:size(kspace,1),1:size(kspace,2),:,:)=kspace;
1727      else
1728        data=kspace;
1729      end
1730      if ~Dat.ReturnKSpace
1731        kspace = [];
1732      end
1733      if Dat.ShowWaitbar
1734        [wb_h,txh]=aedes_calc_wait('Fourier transforming image data...');
1735      end
1736     
1737      %data=permute(fftshift(fftshift(abs(fft(permute(fft(data),[2 1 3 4]))),1),2),[2 1 3 4]);
1738      if ~Dat.FastDataRead
1739        for tt=1:size(data,4)
1740          data(:,:,:,tt)=fftshift(fftshift(abs(fft(fft(data(:,:,:,tt),[],1),[],2)),1),2);
1741        end
1742      else
1743        data=fftshift(fftshift(abs(fft(fft(data,[],1),[],2)),1),2);
1744      end
1745    else
1746      %% Fourier transform 3D image data
1747      if Dat.ShowWaitbar
1748        [wb_h,txh]=aedes_calc_wait('Fourier transforming 3D image data...');
1749      end
1750     
1751      if DoZeroPadding
1752        % Check zeropadding in the 3rd dimension if zeropadding is set to
1753        % "auto"
1754        if Dat.ZeroPadding==2
1755          if isfield(procpar,'lpe2') && isfield(procpar,'lpe')
1756            data_sz(3) = max(1,round((procpar.lpe2/procpar.lpe)*data_sz(2)*Dat.ArrayLength));
1757          end
1758        end
1759        data=zeros(data_sz,class(kspace));
1760        data = abs(fftshift(fftn(kspace,data_sz)));
1761      else
1762        data=zeros(data_sz,class(kspace));
1763        data = abs(fftshift(fftn(kspace)));
1764      end
1765    end
1766   
1767    % Remove reference image if requested
1768    if Dat.isEPIdata && Dat.RemoveEPIphaseIm
1769      data = data(:,:,:,2:end);
1770    end
1771   
1772    % Reorient images and remove the reference image if requested
1773    if Dat.OrientImages && ~isempty(procpar) && ...
1774        isfield(procpar,'orient') && any(Dat.AcqType==[2 3 4])
1775      orient = procpar.orient{1};
1776      if any(strcmpi(orient,{'xyz','trans90','cor90','sag90'}))
1777        data = flipdim(aedes_rot3d(data,1,3),2);
1778      elseif strcmpi(orient,'oblique')
1779        data = flipdim(flipdim(data,1),2);
1780      else
1781        data = flipdim(flipdim(data,1),2);
1782      end
1783    end
1784   
1785   
1786   
1787% $$$   %% Fourier transform 4D image data
1788% $$$   elseif Dat.AcqType==4
1789% $$$     data = abs(fftshift(fftshift(fft2(kspace),2),1));
1790  end
1791 
1792  %% Delete waitbar
1793  if Dat.ShowWaitbar && ishandle(wb_h)
1794    delete(wb_h)
1795  end
1796end
1797
1798
1799
1800
1801
1802%========================================================
1803% A function for creating phasetables for fse and fsems
1804%========================================================
1805function phasetable=l_CreateFsemsPhaseTable(procpar)
1806
1807phasetable = [];
1808if ~isfield(procpar,'etl') || ~isfield(procpar,'kzero')
1809  return
1810end
1811etl = procpar.etl;
1812kzero = procpar.kzero;
1813nv = procpar.nv;
1814
1815t = (-nv/2+1):(nv/2);
1816t = t(:);
1817tt = flipud(t);
1818tt = tt(:);
1819
1820phasetable = [reshape(t(1:nv/2),[],etl);...
1821  flipud(reshape(tt(1:nv/2),[],etl))];
1822phasetable = circshift(fliplr(phasetable),[0 kzero-1]);
1823
1824
1825%% - EOF - %%
1826return
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.

Powered by Trac 1.0.9.Copyright © Juha-Pekka Niskanen 2008