source: aedes_readfid.m @ 121

Last change on this file since 121 was 120, checked in by tjniskan, 9 years ago
  • Fixed an indexing bug in aedes_readfid when reading multireceiver

EPI data

  • Added EPIPhasedArrayData -property to aedes_readfid for manually

getting the data from individual coils from multireceiver EPI data

  • Fixed aedes_rot3d to work with n-D arrays
  • Added 18 new ROI colors and removed the ROI number limitation

M aedes_rot3d.m
M aedes.m
M aedes_readfid.m
M aedes_revision.m

File size: 59.3 KB
Line 
1function [DATA,msg_out] = aedes_readfid(filename,varargin)
2% AEDES_READFID - Read VNMR (Varian) FID-files
3%   
4%
5% Synopsis:
6%        [DATA,msg]=aedes_readfid(filename,'PropertyName1',value1,'PropertyName2',value2,...)
7%        [DATA,msg]=aedes_readfid(filename,'header')
8%        [DATA,msg]=aedes_readfid(filename,output_filename)
9%
10% Description:
11%        The function reads VNMR (Varian) FID-file and return a structure
12%        DATA with fields DataFormat, HDR, FTDATA, KSPACE, PROCPAR, and
13%        PHASETABLE. The fields of the DATA structure are constructed as
14%        follows:
15%       
16%        DATA
17%          |-> DataFormat         (string identifier for data format 'vnmr')
18%          |-> HDR
19%                |-> FileHeader   (data file header)
20%                |-> BlockHeaders (data block headers, not stored by default)
21%                |-> fname        (file name)
22%                |-> fpath        (file path)
23%                |-> Param        (parameter values used by AEDES_READFID to read the data)
24%          |-> FTDATA             (real fourier transformed image data)
25%          |-> KSPACE             (complex k-space, empty by default)
26%          |-> PROCPAR            (parameters from procpar file)
27%          |-> PHASETABLE         (phasetable)
28%
29%        The DATA structure is returned as empty (without HDR, FTDATA,
30%        KSPACE, and PROCPAR fields) if an error has occurred during
31%        reading. The error message is returned in the second output
32%        argument msg. If AEDES_READFID is called with only one output argument
33%        (i.e. without MSG), the error message is echoed to the workspace.
34%       
35%        The first input argument is either a string containing full path to
36%        the FID-file or the header structure HDR. Only the data file header
37%        can be read by giving a string 'header' as the second input
38%        argument.
39%
40%        By default the k-space is not returned, i.e. the field KSPACE is
41%        empty. The returned data can be adjusted by using the 'return'
42%        property and values 1, 2, or 3 (see below for more information).
43%
44%        The supported property-value pairs in AEDES_READFID (property strings
45%        are not case sensitive):
46%
47%        Property:        Value:                Description:
48%        *********        ******                ************
49%        'Return'      :  [ {1} | 2 | 3 | 4 ]   % 1=return only ftdata (default)
50%                                               % 2=return only k-space
51%                                               % 3=return both ftdata & kspace
52%                                               % 4=return raw kspace
53%
54%        'FastRead'    :  [{'off'} | 'on' ]     % Enables an experimental
55%                                               % method for very fast reading
56%                                               % of fid-files. This is not as
57%                                               % robust as the older
58%                                               % method and can consume a lot
59%                                               % of memory.
60%
61%        'FileChunkSize' : [ megabytes ]        % Chunk size in megabytes for
62%                                               % reading fid-files
63%                                               % (default=500 MB).
64%                                               % Lowering the chunk size
65%                                               % helps to conserve memory
66%                                               % when reading large files,
67%                                               % but is slower. This
68%                                               % property has no effect if
69%                                               % FastRead='off'.
70%                                               
71%
72%        'OutputFile'  :  filename              % Writes the slices into
73%                                               % NIfTI-format files
74%                                               % using the given filename.
75%
76%        'DCcorrection':  [ {'off'} | 'on' ]    % 'on'=use DC correction
77%                                               % 'off'=don't use DC correction
78%                                               % (default)
79%
80%        'Procpar'     :  (procpar-structure)   % Input procpar
81%                                               % structure. If this
82%                                               % property is not set the
83%                                               % procpar structure
84%                                               % will be read using
85%                                               % AEDES_READPROCPAR
86%
87%        'ZeroPadding' :  ['off'|'on'|{'auto'}] % 'off' = force
88%                                               % zeropadding off
89%                                               % 'on' = force
90%                                               % zeropadding on (force
91%                                               % images to be square)
92%                                               % 'auto' = autoselect
93%                                               % using relative FOV
94%                                               % dimensions (default)
95%
96%        'PhaseTable'  : (custom phase table)   % User-specified
97%                                               % line order for
98%                                               % k-space. The phase table
99%                                               % is obtained from the file
100%                                               % specified in
101%                                               % procpar.petable if
102%                                               % necessary.
103%
104%        'sorting'      : [ 'off' | {'on'} ]    % 'off' =disable k-space
105%                                               % sorting, i.e. ignore the
106%                                               % phase table and/or arrays.
107%                                               % 'on' =sort k-space using
108%                                               % phase table and/or array
109%                                               % information if necessary
110%                                               % (default)
111%
112%        'wbar'        : [ {'on'} | 'off' ]     % 'on'  = show waitbar
113%                                               % 'off' = don't show waitbar
114%
115%        'FlipKspace'  : [ {'off'} | 'LR' |
116%                             'UD' | 'LRUD' ]   % 'off' = don't flip (default)
117%                                               % 'LR' = left/right
118%                                               % 'UD' = up/down
119%                                               % 'LRUD' = left/right and
120%                                               % up/down
121%
122%        'FlipInd'     : [ {'all'} | 'alt' |
123%                          (custom vector)  ]   % 'all' = flip all slices
124%                                               % (default)
125%                                               % 'alt' = flip every
126%                                               % second slice
127%                                               % (custom vector) = A
128%                                               % custom vector containing
129%                                               % indices to the flipped slices
130%
131%        'Precision'   : ['single'|{'double'}]  % Precision of the
132%                                               % outputted data.
133%                                               % 'single' = 32-bit float
134%                                               % 'double' = 64-bit float
135%
136%        'OrientImages': [ {'on'} | 'off' ]     % Orient FTDATA after
137%                                               % reading the data using
138%                                               % PROCPAR.orient property.
139%
140%        'RemoveEPIphaseIm' : [{'on'}|'off']    % Remove the phase image
141%                                               % from EPI data. This
142%                                               % option only affects EPI
143%                                               % images.
144%
145%        'EPIBlockSize' : [integer value]       % Block size (number of
146%                                               % volumes) used for
147%                                               % processing multireceiver
148%                                               % EPI data. Default=100
149%
150%        'EPIPhasedArrayData' : ['on'|{'off'}]  % Return data from
151%                                               % individual receivers from
152%                                               % phased array EPI files.
153%
154% Examples:
155%        [DATA,msg]=aedes_readfid(filename)             % Read image data from 'filename'
156%        [DATA,msg]=aedes_readfid(filename,'header')    % Read only data file header
157%
158%        [DATA,msg]=aedes_readfid(filename,'return',1)  % Return only image data (default)
159%        [DATA,msg]=aedes_readfid(filename,'return',2)  % Return only k-space
160%        [DATA,msg]=aedes_readfid(filename,'return',3)  % Return both image data and k-space
161%       
162%        % Read first data file header and then image data and k-space
163%        [DATA,msg]=aedes_readfid(filename,'header')
164%        [DATA,msg]=aedes_readfid(DATA.HDR,'return',3)
165%
166%        % Read VNMR-data with default options and save slices in NIfTI
167%        % format
168%        DATA=aedes_readfid('example.fid','saved_slices.nii');
169%
170%        % If you want to use non-default options and also write
171%        % NIfTI-files, use the property/value formalism, for example
172%        DATA=aedes_readfid('example.fid','ZeroPadding','off',...
173%                     'OutputFile','saved_slices.nii');
174%
175% See also:
176%        AEDES_READFIDPREFS, AEDES_READPROCPAR, AEDES_READPHASETABLE,
177%        AEDES_DATA_READ, AEDES_WRITE_NIFTI, AEDES
178
179% This function is a part of Aedes - A graphical tool for analyzing
180% medical images
181%
182% Copyright (C) 2006 Juha-Pekka Niskanen <Juha-Pekka.Niskanen@uku.fi>
183%
184% Department of Physics, Department of Neurobiology
185% University of Kuopio, FINLAND
186%
187% This program may be used under the terms of the GNU General Public
188% License version 2.0 as published by the Free Software Foundation
189% and appearing in the file LICENSE.TXT included in the packaging of
190% this program.
191%
192% This program is provided AS IS with NO WARRANTY OF ANY KIND, INCLUDING THE
193% WARRANTY OF DESIGN, MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
194
195
196
197
198if nargout==2
199  Dat.ShowErrors = false;
200  msg_out='';
201else
202  Dat.ShowErrors = true;
203end
204
205%% ---------------------
206% Defaults
207Dat.ReturnKSpace  = false;
208Dat.ReturnFTData  = true;
209Dat.DCcorrection  = false;
210Dat.ZeroPadding = 2;
211Dat.Sorting = true;
212Dat.UsePhaseTable = true;
213Dat.FastDataRead = true;
214Dat.precision = 'single';
215Dat.FileChunkSize = 500; % Chunk size (in MB) for FastRead
216
217%% Other defaults
218Dat.ShowWaitbar   = true;
219procpar=[];
220Dat.phasetable=[];
221Dat.FlipKspace = 0;
222Dat.FlipInd = 'all';
223Dat.OutputFile = false;
224Dat.ReturnRawKspace = false;
225Dat.ReorientEPI = false;
226Dat.RemoveEPIphaseIm = true;
227Dat.EPIBlockSize = 100;
228Dat.EPIPhasedArrayData = false;
229Dat.OrientImages = true;
230
231%% -------------------------------------------------------------------
232
233
234%% Set data format label
235DATA.DataFormat = 'vnmr';
236
237%% Parse input arguments
238if nargin==0 || isempty(filename)
239 
240  %% Get default directory
241  try
242    defaultdir = getpref('Aedes','GetDataFileDir');
243  catch
244    defaultdir = [pwd,filesep];
245  end
246 
247  %% If no input arguments are given, ask for a file
248  [f_name, f_path, f_index] = uigetfile( ...
249       {'fid;FID','Varian FID-files (fid)'; ...
250        '*.*', 'All Files (*.*)'}, ...
251        'Select VNMR (Varian) FID file',defaultdir);
252  if ( all(f_name==0) || all(f_path==0) ) % Cancel is pressed
253    DATA=[];
254    msg_out='Canceled';
255    return
256  end
257  ReadHdr = true;
258  ReadData = true;
259  filename=[f_path,f_name];
260 
261  %% Set default directory to preferences
262  setpref('Aedes','GetDataFileDir',f_path)
263 
264end
265
266if nargin==1
267  if isstruct(filename)
268    hdr = filename;
269    filename = [hdr.fpath,hdr.fname];
270    ReadHdr = false;
271    ReadData = true;
272% $$$     ReturnKSpace = false;
273% $$$     ReturnFTData = true;
274   
275  elseif ischar(filename)
276    ReadHdr = true;
277    ReadData = true;
278% $$$     ReturnKSpace = false;
279% $$$     ReturnFTData = true;
280  end
281elseif nargin==2
282  if strcmpi(varargin{1},'header')
283    ReadHdr = true;
284    ReadData = false;
285% $$$     ReturnKSpace = false;
286  elseif ischar(varargin{1})
287    ReadHdr = true;
288    ReadData = true;
289    Dat.OutputFile = varargin{1};
290  else
291    if ~Dat.ShowErrors
292      DATA=[];
293      msg_out=sprintf('Invalid second input argument "%s".',varargin{1});
294      return
295    else
296      error('Invalid second input argument "%s".',varargin{1})
297    end
298  end
299else
300  if isstruct(filename)
301    hdr = filename;
302    filename = [hdr.fpath,hdr.fname];
303    ReadHdr = false;
304    ReadData = true;
305  elseif isempty(filename)
306    [f_name, f_path, f_index] = uigetfile( ...
307        {'fid;FID','Varian FID-files (fid)'; ...
308         '*.*', 'All Files (*.*)'}, ...
309        'Select VNMR (Varian) FID file');
310    if ( all(f_name==0) || all(f_path==0) ) % Cancel is pressed
311      DATA=[];
312      msg_out='Canceled';
313      return
314    end
315    ReadHdr = true;
316    ReadData = true;
317    filename=[f_path,f_name];
318  else
319    ReadHdr = true;
320    ReadData = true;
321  end
322 
323  for ii=1:2:length(varargin)
324    switch lower(varargin{ii})
325     case 'return'
326      if length(varargin)<2
327        DATA=[];
328        if ~Dat.ShowErrors
329          msg_out='"Return" value not specified!';
330        else
331          error('"Return" value not specified!')
332        end
333        return
334      else
335        if varargin{ii+1}==1
336          Dat.ReturnKSpace = false;
337          Dat.ReturnFTData = true;
338        elseif varargin{ii+1}==2
339          Dat.ReturnKSpace = true;
340          Dat.ReturnFTData = false;
341        elseif varargin{ii+1}==3
342          Dat.ReturnKSpace = true;
343          Dat.ReturnFTData = true;
344                elseif varargin{ii+1}==4
345                  Dat.ReturnRawKspace = true;
346                  Dat.ReturnKSpace = true;
347          Dat.ReturnFTData = false;
348        end
349      end
350     
351     case {'dc','dccorrection','dccorr'}
352      if strcmpi(varargin{ii+1},'on')
353        Dat.DCcorrection = true;
354      else
355        Dat.DCcorrection = false;
356      end
357     
358     case 'procpar'
359      procpar=varargin{ii+1};
360     
361      case 'zeropadding'
362      if ischar(varargin{ii+1})
363        if strcmpi(varargin{ii+1},'on')
364          Dat.ZeroPadding = 1; % on
365        elseif strcmpi(varargin{ii+1},'off')
366          Dat.ZeroPadding = 0; % off
367        else
368          Dat.ZeroPadding = 2; % auto
369        end
370      else
371        % Undocumented
372        Dat.ZeroPadding = 3; % Custom
373        Dat.CustomZeroPadding = varargin{ii+1};
374      end
375     
376      case 'phasetable'
377      Dat.phasetable = varargin{ii+1};
378     
379      case 'sorting'
380          if strcmpi(varargin{ii+1},'on')
381        Dat.UsePhaseTable = true;
382        Dat.Sorting = true;
383      else
384        Dat.UsePhaseTable = false;
385        Dat.Sorting = false;
386          end
387     
388         case 'fastread'
389     if strcmpi(varargin{ii+1},'on')
390       Dat.FastDataRead = true;
391     else
392       Dat.FastDataRead = false;
393     end
394     
395      case 'filechunksize'
396        Dat.FileChunkSize = round(varargin{ii+1});
397       
398      case 'wbar'
399        if strcmpi(varargin{ii+1},'on')
400          Dat.ShowWaitbar = 1;
401        else
402          Dat.ShowWaitbar = 0;
403        end
404         
405         case 'precision'
406           if strcmpi(varargin{ii+1},'single')
407                 Dat.precision = 'single';
408           end
409               
410          case 'flipkspace'
411       
412        flipkspace = varargin{ii+1};
413        if strcmpi(flipkspace,'off')
414          Dat.FlipKspace=0;
415        elseif strcmpi(flipkspace,'LR')
416          Dat.FlipKspace=1;
417        elseif strcmpi(flipkspace,'UD')
418          Dat.FlipKspace=2;
419        elseif strcmpi(flipkspace,'LRUD')
420          Dat.FlipKspace=3;
421        else
422          DATA=[];
423          if ~Dat.ShowErrors
424            msg_out = 'Bad value for property FlipKspace!';
425          else
426            error('Bad value for property FlipKspace!')
427          end
428          return
429        end
430       
431      case 'flipind'
432        Dat.FlipInd = varargin{ii+1};
433       
434      case 'outputfile'
435        Dat.OutputFile = varargin{ii+1};
436       
437      case 'reorientepi'
438        if strcmpi(varargin{ii+1},'on')
439          Dat.ReorientEPI = true;
440        end
441       
442      case 'removeepiphaseim'
443        if strcmpi(varargin{ii+1},'on')
444          Dat.RemoveEPIphaseIm = true;
445        end
446      case 'epiblocksize'
447        Dat.EPIBlockSize = round(varargin{ii+1});
448       
449      case 'epiphasedarraydata'
450        if strcmpi(varargin{ii+1},'on')
451          Dat.EPIPhasedArrayData = true;
452        else
453          Dat.EPIPhasedArrayData = false;
454        end
455      case 'orientimages'
456        if strcmpi(varargin{ii+1},'off')
457          Dat.OrientImages = false;
458        end
459     otherwise
460      DATA=[];
461      if ~Dat.ShowErrors
462        msg_out = ['Unknown property "' varargin{ii} '"'];
463      else
464        error(['Unknown property "' varargin{ii} '"'])
465      end
466      return
467    end
468  end
469end
470
471% Parse filename
472[fpath,fname,fext]=fileparts(filename);
473if ~strcmpi(fname,'fid')
474  if isempty(fname)
475    fpath = [fpath,filesep];
476  else
477        if isempty(fpath)
478          fpath = [pwd,filesep,fname,fext,filesep];
479        else
480          fpath = [fpath,filesep,fname,fext,filesep];
481        end
482  end
483  fname = 'fid';
484else
485  fpath = [fpath,filesep];
486end
487
488%% Read procpar if not given as input argument
489if isempty(procpar) || nargin~=2
490  [procpar,proc_msg]=aedes_readprocpar([fpath,'procpar']);
491  if isempty(procpar)
492    DATA=[];
493    if ~Dat.ShowErrors
494      msg_out=proc_msg;
495    else
496      error(proc_msg)
497    end
498    return
499  end
500end
501
502%% Read phasetable if necessary
503if isfield(procpar,'petable') && isempty(Dat.phasetable) && ...
504    ~isempty(procpar.petable{1}) && ~strcmpi(procpar.petable{1},'n') && ...
505    Dat.Sorting
506  % Look in preferences for tablib-directory
507  try
508    tabpath = getpref('Aedes','TabLibDir');
509  catch
510    % If the table path was not found in preferences, try to use aedes
511    % directory
512    tmp_path = which('aedes');
513    if ~isempty(tmp_path)
514      aedes_path=fileparts(tmp_path);
515      tabpath = [aedes_path,filesep,'tablib',filesep];
516    else
517      % If all else fails, look in the current directory
518      tabpath = [pwd,filesep,'tablib',filesep];
519    end
520  end
521  [phasetable,msg] = aedes_readphasetable([tabpath,procpar.petable{1}]);
522 
523  % If petable cannot be found, check if it is in procpar...
524  if isempty(phasetable) && isfield(procpar,'pe_table')
525    phasetable = {'t1',procpar.pe_table(:)};
526  elseif isempty(phasetable) && isfield(procpar,'pelist') && ...
527      ~isempty(procpar.pelist) && isnumeric(procpar.pelist)
528    phasetable = {'t1',reshape(procpar.pelist,procpar.etl,[]).'};
529  end
530 
531  % If the sequence is a fast spin echo, try to construct the phasetable
532  if isempty(phasetable) && isfield(procpar,'petable') && ...
533      strncmpi(procpar.petable{1},'fse',3)
534    err_msg = 'Could not find phasetable!';
535    if ~Dat.ShowErrors
536      msg_out=err_msg;
537    else
538      error(err_msg)
539    end
540    return
541    %phasetable = {'t1',l_CreateFsemsPhaseTable(procpar)};
542  end
543 
544  %% Abort and throw error if phasetable cannot be read and the FID-file
545  % has not been sorted
546  if isempty(phasetable) && ~isfield(procpar,'flash_converted')
547    DATA=[];
548    if ~Dat.ShowErrors
549      msg_out={['Could not find the required phase table "' ...
550                procpar.petable{1} '" in the following folders'],...
551               ['"' tabpath '".']};
552    else
553      error('Could not find the required phase table "%s" in %s',...
554            procpar.petable{1},tabpath)
555    end
556    return
557  elseif ( isempty(phasetable) && isfield(procpar,'flash_converted') ) || ...
558      ~Dat.UsePhaseTable
559    %% If the FID-file has been sorted, the reading can continue but
560    % throw a warning.
561    fprintf(1,'Warning: aedes_readfid: Could not find phasetable "%s" in "%s"!\n',procpar.petable{1},tabpath)
562    Dat.phasetable=[];
563  else
564    Dat.phasetable = phasetable{1,2};
565  end
566end
567
568% Convert phasetable indices to MATLAB indices
569if ~isempty(Dat.phasetable)
570  Dat.phasetable=Dat.phasetable+(-min(min(Dat.phasetable))+1);
571else
572  Dat.UsePhaseTable = false;
573end
574
575%% Open FID-file
576[file_fid,msg]=fopen([fpath,fname],'r','ieee-be');
577if file_fid < 0
578  DATA=[];
579  if ~Dat.ShowErrors
580    msg_out=['Could not open file "' filename '" for reading.'];
581  else
582    error('Could not open file "%s" for reading.',filename)
583  end
584  return
585end
586
587% Read only header
588if ReadHdr && ~ReadData
589  [hdr,msg_out]=l_ReadDataFileHeader(file_fid);
590  if ~isempty(msg_out)
591    DATA=[];
592    fclose(file_fid);
593    if Dat.ShowErrors
594      error(msg_out)
595    end
596    return
597  else
598    DATA.HDR.FileHeader = hdr.FileHeader;
599    DATA.FTDATA=[];
600    DATA.KSPACE=[];
601    DATA.PROCPAR=[];
602    DATA.PHASETABLE=[];
603  end
604elseif ~ReadHdr && ReadData % Header structure given as input argument
605                            % Read only data.
606  [hdr,data,kspace,msg_out]=l_ReadBlockData(file_fid,hdr,Dat,procpar);
607  if ~isempty(msg_out)
608    DATA=[];
609    fclose(file_fid);
610    if Dat.ShowErrors
611      error(msg_out)
612    end
613    return
614  else
615    DATA.HDR.FileHeader=hdr.FileHeader;
616    DATA.HDR.BlockHeaders = hdr.BlockHeaders;
617    DATA.FTDATA=data;
618    DATA.KSPACE=kspace;
619    DATA.PROCPAR=procpar;
620    DATA.PHASETABLE=Dat.phasetable;
621  end
622elseif ReadHdr && ReadData  % Read headers and data
623  [hdr,msg_out]=l_ReadDataFileHeader(file_fid);
624  [hdr,data,kspace,msg_out]=l_ReadBlockData(file_fid,hdr,Dat,procpar);
625  if ~isempty(msg_out)
626    DATA=[];
627    fclose(file_fid);
628    if Dat.ShowErrors
629      error(msg_out)
630    end
631    return
632  else
633    DATA.HDR.FileHeader=hdr.FileHeader;
634    DATA.HDR.BlockHeaders = hdr.BlockHeaders;
635    DATA.FTDATA=data;
636    DATA.KSPACE=kspace;
637    DATA.PROCPAR=procpar;
638    DATA.PHASETABLE=Dat.phasetable;
639  end
640end
641
642% Set file name and path to the HDR structure
643DATA.HDR.fname=fname;
644DATA.HDR.fpath=fpath;
645
646% Set parameter values
647DATA.HDR.Param.ReturnKSpace = Dat.ReturnKSpace;
648DATA.HDR.Param.ReturnFTData = Dat.ReturnFTData;
649if Dat.ZeroPadding==0
650  DATA.HDR.Param.ZeroPadding = 'off';
651elseif Dat.ZeroPadding==1
652  DATA.HDR.Param.ZeroPadding = 'on';
653else
654  DATA.HDR.Param.ZeroPadding = 'auto';
655end
656if ~Dat.DCcorrection
657  DATA.HDR.Param.DCcorrection = 'off';
658else
659  DATA.HDR.Param.DCcorrection = 'on';
660end
661if Dat.Sorting==0
662  DATA.HDR.Param.Sorting = 'off';
663else
664  DATA.HDR.Param.Sorting = 'on';
665end
666if Dat.FlipKspace==0
667  DATA.HDR.Param.FlipKspace = 'off';
668elseif Dat.FlipKspace==1
669  DATA.HDR.Param.FlipKspace = 'LR';
670elseif Dat.FlipKspace==2
671  DATA.HDR.Param.FlipKspace = 'UD';
672elseif Dat.FlipKspace==3
673  DATA.HDR.Param.FlipKspace = 'LRUD';
674end
675DATA.HDR.Param.FlipInd = Dat.FlipInd;
676
677
678% Close file
679fclose(file_fid);
680
681%% Write slices to NIfTI files
682if ischar(Dat.OutputFile)
683  if isempty(Dat.OutputFile)
684    [fp,fn,fe]=fileparts(DATA.HDR.fpath(1:end-1));
685    fprefix=fn;
686    niipath = [pwd,filesep];
687  else
688    [fp,fn,fe]=fileparts(Dat.OutputFile);
689    if strcmpi(fe,'.nii')
690      fprefix=fn;
691    else
692      fprefix=[fn,fe];
693    end
694    if isempty(fp)
695      niipath = [pwd,filesep];
696    else
697      niipath = [fp,filesep];
698    end
699  end
700 
701  % Create file names
702  filenames={};
703  for ii=1:size(DATA.FTDATA,3)
704    filenames{ii}=sprintf('%s%03d%s',[fprefix,'_'],ii,'.nii');
705  end
706  nFiles = length(filenames);
707   
708  h=aedes_wbar(0,sprintf('Saving slice 1/%d in NIfTI format...',nFiles));
709  for ii=1:nFiles
710    aedes_wbar(ii/nFiles,h,sprintf('Saving slice %d/%d in NIfTI format...',ii, ...
711                             nFiles))
712    [done,msg]=aedes_write_nifti(DATA.FTDATA(:,:,ii),...
713                           [niipath,filenames{ii}],'DataType','single',...
714                           'FileType',2);
715  end
716  delete(h)
717 
718  if ~done
719    warning('Error occurred while writing NIfTI-files. Could not write file(s)!')
720  end
721 
722end
723return
724
725%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
726% Read Data File (Main) Header
727%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
728function [hdr,msg_out]=l_ReadDataFileHeader(file_fid)
729
730msg_out='';
731%% Read Data File Header
732try
733  FH.nblocks = fread(file_fid,1,'long');   % Number of blocks in file
734  FH.ntraces = fread(file_fid,1,'long');   % Number of traces per block
735  FH.np = fread(file_fid,1,'long');        % Number of elements per trace
736  FH.ebytes = fread(file_fid,1,'long');    % Number of bytes per element
737  FH.tbytes = fread(file_fid,1,'long');    % Number of bytes per trace
738  FH.bbytes = fread(file_fid,1,'long');    % Number of bytes per block
739  FH.vers_id = fread(file_fid,1,'short');  % Software version, file_id status bits
740  FH.status = fread(file_fid,1,'short');   % Status of whole file
741  FH.nbheaders = fread(file_fid,1,'long'); % Number of block headers per block
742 
743  hdr.FileHeader = FH;
744 
745  %% Parse status bits
746  hdr.FileHeader.status=[];
747  tmp_str = {'S_DATA',...          % 0 = no data, 1 = data
748             'S_SPEC',...          % 0 = FID, 1 = spectrum
749             'S_32',...            % 0 = 16 bit, 1 = 32 bit integer
750             'S_FLOAT',...         % 0 = integer, 1 = floating point
751             'S_COMPLEX',...       % 0 = real, 1 = complex
752             'S_HYPERCOMPLEX',...  % 1 = hypercomplex
753             '',...                % Unused bit
754             'S_ACQPAR',...        % 0 = not Acqpar, 1 = Acqpar
755             'S_SECND',...         % 0 = first FT, 1 = second FT
756             'S_TRANSF',...        % 0 = regular, 1 = transposed
757             '',...                % Unused bit
758             'S_NP',...            % 1 = np dimension is active
759             'S_NF',...            % 1 = nf dimension is active
760             'S_NI',...            % 1 = ni dimension is active
761             'S_NI2',...           % 1 = ni2 dimension is active
762             ''...                 % Unused bit
763            };
764  status_bits = fliplr(double(dec2bin(FH.status,16))==49);
765  for ii=1:length(tmp_str)
766    if ~isempty(tmp_str{ii})
767      hdr.FileHeader.status.(tmp_str{ii}) = status_bits(ii);
768    end
769  end
770catch
771  hdr=[];
772  msg_out=['Error occurred while reading file header from "' filename '".'];
773  return
774end
775
776
777%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
778% Read Block Headers and Data
779%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
780function [hdr,data,kspace,msg_out]=l_ReadBlockData(file_fid,hdr,Dat,procpar)
781
782hdr.BlockHeaders = [];
783%hdr.HypercmplxBHeaders = [];
784data=[];
785kspace=[];
786count = [];
787msg_out='';
788
789if isfield(procpar,'seqcon')
790  procpar.seqcon=procpar.seqcon{1};
791else
792  procpar.seqcon='nnnnn';
793end
794
795%% Determine acquisition type from seqcon parameter
796if all(procpar.seqcon=='n')          % 1D spectroscopy
797  Dat.AcqType=1;
798elseif all(procpar.seqcon(4:5)=='n') % 2D imaging
799  Dat.AcqType=2;
800elseif procpar.seqcon(5)=='n'        % 3D imaging
801  Dat.AcqType=3;
802else                         % 4D imaging
803  Dat.AcqType=4;
804end
805
806%% Double-check that AcqType is not 1D spectral
807if isfield(procpar,'nv') && procpar.nv==0
808  Dat.AcqType=1;
809end
810
811%% Use some heuristical approach to "triple-check" that the data is not
812%  1D spectral
813if ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'STEAM')) || ...
814      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'steam')) || ...
815      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'LASER')) || ...
816      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'laser')) || ...
817      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'PRESS')) || ...
818      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'press')) || ...
819      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'1PULSE')) || ...
820      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'1pulse')) || ...
821      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'2PULSE')) || ...
822      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'2pulse'))
823  Dat.AcqType=1;
824end
825
826UsePhaseTable=Dat.UsePhaseTable;
827
828
829%% If the data has been converted with flashc, the seqcon parameter needs
830% to be changed
831if isfield(procpar,'flash_converted')
832  if isfield(procpar,'ni') && procpar.ni>1
833    procpar.seqcon(3)='s';
834  elseif ((procpar.seqcon(2)=='c') && (procpar.seqcon(3)=='c'))
835    procpar.seqcon(2)='s';
836  end
837  UsePhaseTable=false; % Do not try to order data if flashc has been run
838end
839
840%% Set number of transients
841if ~isfield(procpar,'nt')
842  nt=1;
843else
844  nt=procpar.nt;
845end
846
847%% Determine if the arrayed acquisition was used
848if isfield(procpar,'array') && ~isempty(procpar.array{1})
849 
850  if length(procpar.array)==1 && ~iscell(procpar.array{1}) && ...
851      strcmp(procpar.array{1},'pad') && all(procpar.pad==0)
852    % Skip the array parsing if the array is a dummy "pad"-array...
853    Dat.isAcqArrayed = false;
854    Dat.ArrayLength = 1;
855  else
856    Dat.isAcqArrayed = true;
857    Dat.ArrayLength = [];
858   
859    % Determine array length
860    for ii=1:length(procpar.array)
861      if iscell(procpar.array{ii})
862        Dat.ArrayLength(ii) = length(procpar.(procpar.array{ii}{1}));
863      else
864        Dat.ArrayLength(ii) = length(procpar.(procpar.array{ii}));
865      end
866    end
867    Dat.ArrayLength = prod(Dat.ArrayLength);
868  end
869else
870  Dat.isAcqArrayed = false;
871  Dat.ArrayLength = 1;
872end
873
874%% Determine if the data is EPI data
875if ( isfield(procpar,'readres') && isfield(procpar,'phaseres') ) || ...
876    ( isfield(procpar,'apptype') && strcmp(procpar.apptype{1},'imEPI') )
877  Dat.isEPIdata = true;
878else
879  Dat.isEPIdata = false;
880end
881
882BlockHeadStatusLabels = {'S_DATA',...       % 0 = no data, 1 = data
883                    'S_SPEC',...          % 0 = FID, 1 = spectrum
884                    'S_32',...            % 0 = 16 bit, 1 = 32 bit integer
885                    'S_FLOAT',...         % 0 = integer, 1 = floating point
886                    'S_COMPLEX',...       % 0 = real, 1 = complex
887                    'S_HYPERCOMPLEX',...  % 1 = hypercomplex
888                    '',...                % Unused bit
889                    'MORE_BLOCKS',...     % 0 = absent, 1 = present
890                    'NP_CMPLX',...        % 0 = real, 1 = complex
891                    'NF_CMPLX',...        % 0 = real, 1 = complex
892                    'NI_CMPLX',...        % 0 = real, 1 = complex
893                    'NI2_CMPLX',...       % 0 = real, 1 = complex
894                    '',...                % Unused bit
895                    '',...                % Unused bit
896                    '',...                % Unuesd bit
897                    ''...                 % Unused bit
898                   };
899
900BlockHeadModeLabels = {'NP_PHMODE',...   % 1 = ph mode
901                    'NP_AVMODE',...    % 1 = av mode
902                    'NP_PWRMODE',...   % 1 = pwr mode
903                    '',...             % Unused bit
904                    'NF_PHMODE',...    % 1 = ph mode
905                    'NF_AVMODE',...    % 1 = av mode
906                    'NF_PWRMODE',...   % 1 = pwr mode
907                    '',...             % Unused bit
908                    'NI_PHMODE',...    % 1 = ph mode
909                    'NI_AVMODE',...    % 1 = av mode
910                    'NI_PWRMODE',...   % 1 = pwr mode
911                    '',...             % Unused bit
912                    'NI2_PHMODE',...   % 1 = ph mode
913                    'NI2_AVMODE',...   % 1 = av mode
914                    'NI2_PWRMODE',...  % 1 = pwr mode
915                    ''...              % Unused bit
916                   };
917
918
919% The nbheaders -field is not correct in some cases. Thus, this field
920% cannot be trusted and the real nbheaders has to be calculated from the
921% byte counts.
922tmp_bytes=hdr.FileHeader.bbytes-hdr.FileHeader.tbytes*hdr.FileHeader.ntraces;
923header_bytes=28;
924if rem(tmp_bytes,header_bytes)~=0
925  msg_out = 'Block header byte count does not match with file header';
926  return
927else
928  nbheaders = tmp_bytes/28;
929end
930%nbheaders = hdr.FileHeader.nbheaders;
931
932%% Allocate space for k-space
933% kspace=zeros(hdr.FileHeader.np/2,...
934%              hdr.FileHeader.ntraces,hdr.FileHeader.nblocks);
935
936if ~Dat.FastDataRead
937  if any(Dat.AcqType==[1 2])
938    switch procpar.seqcon(2:3)
939      case {'cc','sc'}
940        kspace = complex(zeros(hdr.FileHeader.np/2,...
941          hdr.FileHeader.ntraces,...
942          hdr.FileHeader.nblocks,Dat.precision));
943      otherwise
944        kspace = complex(zeros(hdr.FileHeader.np/2,...
945          hdr.FileHeader.nblocks,...
946          hdr.FileHeader.ntraces,Dat.precision));
947    end
948  else
949    kspace = complex(zeros(hdr.FileHeader.np/2,...
950      hdr.FileHeader.ntraces,...
951      hdr.FileHeader.nblocks,Dat.precision));
952  end
953else
954  %kspace = [];
955   kspace = complex(zeros(hdr.FileHeader.np/2*hdr.FileHeader.ntraces,...
956     hdr.FileHeader.nblocks,Dat.precision));
957end
958
959%% - The older robust (but also slower) way for reading the data.
960%% When the blocksize is relatively small, this is also quite fast.
961if ~Dat.FastDataRead
962
963  % Initialize waitbar
964  if Dat.ShowWaitbar
965        wb_h = aedes_wbar(0/hdr.FileHeader.nblocks,...
966          {['Reading ',num2str(Dat.AcqType),'D VNMR data (seqcon: "' procpar.seqcon '")'],...
967          ['(Processing data block ' ...
968          num2str(0) '/' num2str(hdr.FileHeader.nblocks) ')']});
969  end
970
971  %% Read data and block headers
972  for ii=1:hdr.FileHeader.nblocks
973        %% Update waitbar
974        if Dat.ShowWaitbar
975          aedes_wbar(ii/hdr.FileHeader.nblocks,...
976                wb_h,...
977                {['Reading ',num2str(Dat.AcqType),'D VNMR data (seqcon: "' procpar.seqcon '")'],...
978                ['(Processing data block ' ...
979                num2str(ii) '/' num2str(hdr.FileHeader.nblocks) ')']})
980        end
981
982        %% Read block header and hypercomplex header
983        for kk=1:nbheaders
984          %% Read block header
985          if kk==1
986                hdr.BlockHeaders.scale = fread(file_fid,1,'short');  % Scaling factor
987                tmp_status = fread(file_fid,1,'short'); % Status of data in block
988                hdr.BlockHeaders.status = [];
989                hdr.BlockHeaders.index = fread(file_fid,1,'short');  % Block index
990                tmp_mode = fread(file_fid,1,'short');   % Mode of data in block
991                hdr.BlockHeaders.mode = [];
992                hdr.BlockHeaders.ctcount = fread(file_fid,1,'long'); % ct value for FID
993                hdr.BlockHeaders.lpval = fread(file_fid,1,'float');  % f2 (2D-f1) left phase in phasefile
994                hdr.BlockHeaders.rpval = fread(file_fid,1,'float');  % f2 (2D-f1) right phase in phasefile
995                hdr.BlockHeaders.lvl = fread(file_fid,1,'float');    % level drift correction
996                hdr.BlockHeaders.tlt = fread(file_fid,1,'float');    % tilt drift correction
997
998                %% Parse status and mode bits
999                status_bits = fliplr(double(dec2bin(tmp_status,16))==49);
1000                mode_bits = fliplr(double(dec2bin(tmp_mode,16))==49);
1001                for tt=1:length(BlockHeadStatusLabels)
1002                  if ~isempty(BlockHeadStatusLabels{tt})
1003                        hdr.BlockHeaders.status.(BlockHeadStatusLabels{tt}) = status_bits(tt);
1004                  end
1005                  if ~isempty(BlockHeadModeLabels{tt})
1006                        hdr.BlockHeaders.mode.(BlockHeadModeLabels{tt}) = mode_bits(tt);
1007                  end
1008                end
1009
1010
1011          else %% Read hypercomplex header
1012                fread(file_fid,1,'short'); % Spare
1013                hdr.BlockHeaders.HCHstatus = fread(file_fid,1,'short');
1014                fread(file_fid,1,'short'); % Spare
1015                fread(file_fid,1,'short'); % Spare
1016                fread(file_fid,1,'long'); % Spare
1017                hdr.BlockHeaders.HCHlpval1 = fread(file_fid,1,'float');
1018                hdr.BlockHeaders.HCHrpval1 = fread(file_fid,1,'float');
1019                fread(file_fid,1,'float'); % Spare
1020                fread(file_fid,1,'float'); % Spare
1021          end
1022        end
1023       
1024        %% Check block index to be sure about the data type
1025        if hdr.BlockHeaders.index~=ii
1026          fprintf(1,'Warning: Index mismatch in "%s" block %d\n',fopen(file_fid),ii);
1027         
1028          % Use information from the file header instead of the BlockHeader if
1029          % there is a mismatch in blockheader index...
1030          useFileHeader = true;
1031        else
1032          useFileHeader = false;
1033        end
1034       
1035        %% Determine data precision
1036        if useFileHeader
1037          if hdr.FileHeader.status.S_FLOAT==1
1038                prec_str = ['single=>',Dat.precision];
1039          elseif hdr.FileHeader.status.S_32==1 ...
1040                  && hdr.FileHeader.status.S_FLOAT==0
1041                prec_str = ['int32=>',Dat.precision];
1042          elseif hdr.FileHeader.status.S_32==0 ...
1043                  && hdr.FileHeader.status.S_FLOAT==0
1044                prec_str = ['int16=>',Dat.precision];
1045          end
1046         
1047        else
1048          if hdr.BlockHeaders.status.S_FLOAT==1
1049                prec_str = ['single=>',Dat.precision];
1050          elseif hdr.BlockHeaders.status.S_32==1 ...
1051                  && hdr.BlockHeaders.status.S_FLOAT==0
1052                prec_str = ['int32=>',Dat.precision];
1053          elseif hdr.BlockHeaders.status.S_32==0 ...
1054                  && hdr.BlockHeaders.status.S_FLOAT==0
1055                prec_str = ['int16=>',Dat.precision];
1056          end
1057        end
1058
1059        % Read k-space
1060        tmp=fread(file_fid,...
1061          [hdr.FileHeader.np,hdr.FileHeader.ntraces],...
1062          prec_str);
1063
1064
1065        % Store complex block and perform DC correction
1066        if ~Dat.DCcorrection || ( nt(1)>1 )
1067          complex_block = complex(tmp(1:2:end,:),tmp(2:2:end,:));
1068        else
1069          complex_block = complex(tmp(1:2:end,:)-hdr.BlockHeaders.lvl,...
1070                tmp(2:2:end,:)-hdr.BlockHeaders.tlt);
1071        end
1072
1073
1074        %% Store and order k-space values
1075        if any(Dat.AcqType==[1 2])
1076          switch procpar.seqcon(2:3)
1077                case {'cc','sc'}
1078                  kspace(:,:,ii) = complex_block;
1079                otherwise
1080                  kspace(:,ii,:) = complex_block;
1081          end
1082        else
1083          kspace(:,:,ii) = complex_block;
1084        end
1085
1086        % Do not save blockheaders by default. When reading data files with a lot of
1087        % blocks (e.g. over 1000) the processing of the DATA structure can be
1088        % slowed down considerably. If you for some reason want to save also the
1089        % block headers in the DATA structure comment out the code line below.
1090        hdr.BlockHeaders = [];
1091  end % for ii=1:hdr.
1092
1093  if Dat.ShowWaitbar
1094        delete(wb_h)
1095  end
1096 
1097else
1098  %% -------------------------------------------------------------------
1099  %% Fast Method for reading data. This may fail with some datas and can
1100  %% also require a relatively large amount of memory. This
1101  %% method should be used for EPI datas that contain a large number
1102  %% of block headers...
1103 
1104  % Check the size of the FID-file
1105  d=dir(fopen(file_fid));
1106  file_sz = d.bytes/1024/1024; % File size in MB
1107  if file_sz<Dat.FileChunkSize
1108    nBlocks = 1;
1109  else
1110    nBlocks = ceil(file_sz/Dat.FileChunkSize); % Read data in 500 MB blocks
1111  end
1112 
1113  % Initialize waitbar
1114  if Dat.ShowWaitbar
1115    if nBlocks==1
1116      wb_h = aedes_calc_wait(['Reading ',num2str(Dat.AcqType),...
1117        'D VNMR data (seqcon: "' procpar.seqcon '")']);
1118    else
1119      wb_h = aedes_wbar(1/nBlocks,{['Reading ',num2str(Dat.AcqType),...
1120        'D VNMR data (seqcon: "' procpar.seqcon '")'],...
1121        sprintf('Reading block 0/%d',nBlocks)});
1122    end
1123  end
1124 
1125  % The first block header is read and it is assumed that the values in
1126  % the other block headers don't change. 
1127  hdr.BlockHeaders.scale = fread(file_fid,1,'short');  % Scaling factor
1128  tmp_status = fread(file_fid,1,'short'); % Status of data in block
1129  hdr.BlockHeaders.status = [];
1130  hdr.BlockHeaders.index = fread(file_fid,1,'short');  % Block index
1131  tmp_mode = fread(file_fid,1,'short');   % Mode of data in block
1132  hdr.BlockHeaders.mode = [];
1133  hdr.BlockHeaders.ctcount = fread(file_fid,1,'long'); % ct value for FID
1134  hdr.BlockHeaders.lpval = fread(file_fid,1,'float');  % f2 (2D-f1) left phase in phasefile
1135  hdr.BlockHeaders.rpval = fread(file_fid,1,'float');  % f2 (2D-f1) right phase in phasefile
1136  hdr.BlockHeaders.lvl = fread(file_fid,1,'float');    % level drift correction
1137  hdr.BlockHeaders.tlt = fread(file_fid,1,'float');    % tilt drift correction
1138 
1139  %% Parse status and mode bits
1140  status_bits = fliplr(double(dec2bin(tmp_status,16))==49);
1141  mode_bits = fliplr(double(dec2bin(tmp_mode,16))==49);
1142  for tt=1:length(BlockHeadStatusLabels)
1143    if ~isempty(BlockHeadStatusLabels{tt})
1144      hdr.BlockHeaders.status.(BlockHeadStatusLabels{tt}) = status_bits(tt);
1145    end
1146    if ~isempty(BlockHeadModeLabels{tt})
1147      hdr.BlockHeaders.mode.(BlockHeadModeLabels{tt}) = mode_bits(tt);
1148    end
1149  end
1150 
1151  %% Determine data precision
1152  if hdr.BlockHeaders.status.S_FLOAT==1
1153    prec_str = ['single=>',Dat.precision];
1154    prec = 4; % Precision in bytes
1155  elseif hdr.BlockHeaders.status.S_32==1 ...
1156      && hdr.BlockHeaders.status.S_FLOAT==0
1157    prec_str = ['int32=>',Dat.precision];
1158    prec = 4;
1159  elseif hdr.BlockHeaders.status.S_32==0 ...
1160      && hdr.BlockHeaders.status.S_FLOAT==0
1161    prec_str = ['int16=>',Dat.precision];
1162    prec = 2;
1163  end
1164 
1165  % Seek the file back to the beginning of the first block header
1166  fseek(file_fid,-28,0);
1167 
1168  % Determine the number of values that will result from block header(s)
1169  nVals = (nbheaders*28)/prec;
1170 
1171  nbh = floor(hdr.FileHeader.nblocks/nBlocks);
1172  szh = nVals+hdr.FileHeader.np*hdr.FileHeader.ntraces;
1173  for ii=1:nBlocks
1174    if nBlocks~=1
1175      aedes_wbar(ii/nBlocks,wb_h,{['Reading ',num2str(Dat.AcqType),...
1176        'D VNMR data (seqcon: "' procpar.seqcon '")'],...
1177        sprintf('Reading block %d/%d',ii,nBlocks)});
1178    end
1179   
1180    % Read the whole data including block headers etc...
1181    if ii==nBlocks
1182      tmp = fread(file_fid,inf,prec_str);
1183    else
1184      tmp = fread(file_fid,nbh*szh,prec_str);
1185    end
1186    tmp=reshape(tmp,nVals+hdr.FileHeader.np*hdr.FileHeader.ntraces,[]);
1187    tmp(1:nVals,:)=[];
1188   
1189    if ii==nBlocks
1190      inds = ((ii-1)*nbh+1):size(kspace,2);
1191    else
1192      inds = ((ii-1)*nbh+1):ii*nbh;
1193    end
1194   
1195    % Do DC-correction if necessary
1196    if ~Dat.DCcorrection || ( nt(1)>1 )
1197      kspace(:,inds)=complex(tmp(1:2:end,:,:),tmp(2:2:end,:,:));
1198    else
1199      kspace(:,inds)=complex(tmp(1:2:end,:,:)-hdr.BlockHeaders.lvl,...
1200        tmp(2:2:end,:,:)-hdr.BlockHeaders.tlt);
1201    end
1202  end
1203  clear tmp
1204 
1205  % Transform to 3D matrix
1206  kspace = reshape(kspace,hdr.FileHeader.np/2,...
1207    hdr.FileHeader.ntraces,hdr.FileHeader.nblocks);
1208 
1209  %% Store and order k-space values
1210  if any(Dat.AcqType==[1 2])
1211    switch procpar.seqcon(2:3)
1212      case {'cc','sc'}
1213        %kspace(:,:,ii) = complex_block;
1214      otherwise
1215        %kspace(:,ii,:) = complex_block;
1216        kspace = permute(kspace,[1 3 2]);
1217    end
1218  else
1219    %kspace(:,:,ii) = complex_block;
1220  end
1221 
1222  if Dat.ShowWaitbar
1223    delete(wb_h)
1224    pause(0.1)
1225  end
1226 
1227end
1228
1229% Remove singleton dimensions from kspace
1230kspace = squeeze(kspace);
1231
1232% Check if raw kspace should be returned
1233if Dat.ReturnRawKspace
1234  %% Delete waitbar
1235  if Dat.ShowWaitbar && ishandle(wb_h)
1236        delete(wb_h)
1237  end
1238  return
1239end
1240
1241%% Support for RASER sequence ---------------------------
1242if isfield(procpar,'teType')
1243 
1244  if strcmpi(procpar.sing_sh,'y') && strcmpi(procpar.teType,'c')
1245       
1246    % Separate reference scans from the data
1247    if isfield(procpar,'refscan') && strcmp(procpar.refscan,'y')
1248      kspace=permute(reshape(kspace,procpar.np/2,procpar.ne/2,2,[]),[1 2 4 3]);
1249      noise = kspace(:,:,:,1);
1250      kspace = kspace(:,:,:,2);
1251      % DC-correction
1252      dc_level = squeeze(mean(mean(noise)));
1253      for ii=1:size(kspace,3)
1254        kspace(:,:,ii)=kspace(:,:,ii)-dc_level(ii);
1255      end
1256    end
1257   
1258    if strcmpi(procpar.readType,'s')
1259      sw = procpar.sw;
1260      dwell = cumsum(ones(1,size(kspace,1))*(1/sw));
1261    else
1262      error('This feature has not been implemented yet!!!')
1263    end
1264    dwell = dwell*1000;
1265    %kspace = permute(kspace,[2 1 3]);
1266   
1267   
1268   
1269    % Phase correction
1270    dims = size(kspace);
1271    nI = size(kspace,3);
1272    nv = size(kspace,4);
1273    ne = size(kspace,2);
1274    np = size(kspace,1);
1275    g = 42.58;
1276    G = procpar.gvox2;
1277    Ds = procpar.vox2/100;
1278    pos2 = procpar.pos2/10;
1279    fudge = 0;
1280    fudge2 = 1;
1281   
1282    tt_dwell=repmat(dwell(:),1,ne);
1283    tt_ne = repmat((1:ne),length(dwell),1);
1284    tt_np = repmat((1:np)',1,ne);
1285   
1286    i=sqrt(-1);
1287    phi = (-2.*pi.*g.*G.*Ds.*tt_dwell.*(tt_ne./ne - 1/2 - pos2/Ds))+fudge.*tt_np;
1288    phi = repmat(phi,[1,1,size(kspace,3)]);
1289    kspace = abs(kspace).*exp(i*(angle(kspace)+phi));
1290   
1291    % Flip every other column
1292    sz(1)=size(kspace,1);
1293    sz(2)=size(kspace,2);
1294    sz(3)=size(kspace,3);
1295    sz(4)=size(kspace,4);
1296    kspace=reshape(kspace,sz(1),prod(sz(2:4)));
1297    kspace(:,1:2:end) = flipud(kspace(:,1:2:end));
1298    kspace = reshape(kspace,sz);
1299   
1300    %kspace = reshape(permute(kspace,[2 1 3]),sz(2),[],1);
1301    %kspace(:,1:2:end) = flipud(kspace(:,1:2:end));
1302    %kspace=permute(reshape(kspace,sz(2),[],sz(3)),[2 1 3]);
1303   
1304  else
1305    data = [];
1306    error('RASER sequence of this type has not been implemeted yet!')
1307  end
1308 
1309  % Reshape into 4D matrix
1310  kspace = reshape(kspace,size(kspace,1),size(kspace,2),[],size(kspace,3));
1311 
1312  % Reorient if requested
1313  if Dat.OrientImages
1314    kspace = flipdim(kspace,2);
1315  end
1316 
1317  data = abs(fftshift(fft(fftshift(fft(kspace,[],3),3),[],1),1));
1318 
1319  % Delete kspace if not returned
1320  if ~Dat.ReturnKSpace
1321    kspace=[];
1322  end
1323 
1324  return
1325 
1326end
1327
1328%% Support for fat/water measurements ----------------------
1329if isfield(procpar,'seqfil') && strcmpi(procpar.seqfil,'ge3d_csi2')
1330 
1331  % Split kspace into fat and water (in 4th dimesion)
1332  kspace=reshape(permute(reshape(kspace,256,2,[]),[1 3 4 2]),256,128,[],2);
1333 
1334  % Fourier transform data
1335  if any(Dat.ZeroPadding==[1 2])
1336    data_sz = [procpar.np/2,procpar.nf,procpar.nv2,2];
1337    data = zeros(data_sz,class(kspace));
1338    data(:,:,:,1) = abs(fftshift(fftn(kspace(:,:,:,1),data_sz(1:3))));
1339    data(:,:,:,2) = abs(fftshift(fftn(kspace(:,:,:,2),data_sz(1:3))));
1340  else
1341    data = zeros(size(kspace),class(kspace));
1342    data(:,:,:,1) = abs(fftshift(fftn(kspace(:,:,:,1))));
1343    data(:,:,:,2) = abs(fftshift(fftn(kspace(:,:,:,2))));
1344  end
1345 
1346  % Delete kspace if not returned
1347  if ~Dat.ReturnKSpace
1348    kspace=[];
1349  end
1350 
1351  return
1352end
1353
1354% Check the number of receivers (PI stuff)
1355if isfield(procpar,'rcvrs') && ~isempty(procpar.rcvrs) && ...
1356    length(procpar.rcvrs{1})>1
1357  % Multiple receivers used
1358  if isfield(procpar,'apptype') && strcmp(procpar.apptype{1},'imEPI')
1359    % Store multiple receiver data in EPI measurements in 5th dimension
1360    % and calculate sum-of-squares image
1361    nRcv = length(find(procpar.rcvrs{1}=='y'));
1362    if ~isfield(procpar,'epiref_type') || strcmpi(procpar.epiref_type,'single')
1363      nRef = 1;
1364    elseif strcmpi(procpar.epiref_type,'triple')
1365      nRef = 3;
1366    end
1367    nVols = size(kspace,3)/nRcv-nRef;
1368    if Dat.EPIPhasedArrayData
1369      data = zeros(procpar.nv,procpar.np/2,procpar.ns,nVols+nRef,nRcv,'single');
1370    else
1371      data = zeros(procpar.nv,procpar.np/2,procpar.ns,nVols+nRef,'single');
1372    end
1373    kssz=size(kspace);
1374    blksz = Dat.EPIBlockSize; % Process EPI data in 100 volume blocks (default)
1375    nBlocks = ceil((size(kspace,3)/nRcv-nRef)/blksz);
1376    lnum = length(num2str(nBlocks));
1377    lnumstr = num2str(lnum);
1378    bsl = lnum*2+1;
1379    fprintf(1,'Processing data in blocks of %d volumes\n',blksz)
1380    fprintf(1,['Processing block...%0',lnumstr,'d/%0',lnumstr,'d'],1,nBlocks);
1381    for ii=1:nBlocks
1382      fprintf(1,repmat('\b',1,bsl));
1383      fprintf(1,['%0',lnumstr,'d/%0',lnumstr,'d'],ii,nBlocks);
1384      tmp_data = [];
1385      for kk=1:nRcv
1386        inds_ref = kk:nRcv:nRcv*nRef;
1387        inds_im = (nRcv*nRef+kk):nRcv:kssz(3);
1388        inds = cat(2,inds_ref,inds_im(((ii-1)*blksz+1):min(ii*blksz,nVols)));
1389        tmp_kspace = l_ReconstructKspace(kspace(:,:,inds),procpar,Dat);
1390        tmp_data(:,:,:,:,kk) = fftshift(fftshift(fft(fft(tmp_kspace,[],1),[],2),1),2);
1391      end
1392      if Dat.EPIPhasedArrayData
1393        data_block = abs(tmp_data);
1394      else
1395        data_block = sqrt(sum(tmp_data.*conj(tmp_data),5));
1396      end
1397      if ii==1
1398        data(:,:,:,1:size(tmp_data,4),:) = data_block;
1399      elseif ii==nBlocks
1400        data_block(:,:,:,1:nRef,:)=[];
1401        data(:,:,:,((ii-1)*blksz+1+nRef):(nVols+nRef),:) = data_block;
1402      else
1403        data_block(:,:,:,1:nRef,:)=[];
1404        data(:,:,:,((ii-1)*blksz+1+nRef):(ii*blksz+nRef),:) = data_block;
1405      end
1406    end
1407    fprintf(1,'\n')
1408   
1409    % Remove reference image if requested
1410    if Dat.isEPIdata && Dat.RemoveEPIphaseIm
1411      data(:,:,:,1:nRef,:)=[];
1412    end
1413   
1414    if Dat.OrientImages && ~isempty(procpar) && ...
1415        isfield(procpar,'orient') && any(Dat.AcqType==[2 3 4])
1416      orient = procpar.orient{1};
1417      if any(strcmpi(orient,{'xyz','trans90','cor90','sag90'}))
1418        data = flipdim(aedes_rot3d(data,1,3),2);
1419      elseif strcmpi(orient,'oblique')
1420        data = flipdim(flipdim(data,1),2);
1421      else
1422        data = flipdim(flipdim(data,1),2);
1423      end
1424    end
1425   
1426  else
1427    nRcv = length(find(procpar.rcvrs{1}=='y'));
1428    data = [];
1429    kspace2 = [];
1430    for ii=1:nRcv
1431      tmp_kspace = l_ReconstructKspace(kspace(:,:,ii),procpar,Dat);
1432      kspace2(:,:,:,:,ii)=tmp_kspace;
1433      if Dat.ReturnFTData
1434        tmp_data = l_CalculateFFT(tmp_kspace,procpar,Dat);
1435        data(:,:,:,:,ii) = tmp_data;
1436      end
1437    end
1438    kspace = kspace2;
1439    kspace2=[];
1440  end
1441else
1442  % Only one receiver
1443  kspace = l_ReconstructKspace(kspace,procpar,Dat);
1444  data = l_CalculateFFT(kspace,procpar,Dat);
1445end
1446
1447% Delete kspace if not returned
1448if ~Dat.ReturnKSpace
1449  kspace=[];
1450end
1451
1452%===============================================
1453% Reconstruct kspace for different sequences
1454%===============================================
1455function kspace=l_ReconstructKspace(kspace,procpar,Dat)
1456
1457
1458%% Flip images for certain measurements
1459if Dat.FlipKspace~=0
1460  if ischar(Dat.FlipInd)
1461    if strcmpi(Dat.FlipInd,'all')
1462      flipind = 1:size(kspace,3);
1463    elseif strcmpi(Dat.FlipInd,'alt')
1464      flipind = 2:2:size(kspace,3);
1465    end
1466  else
1467    flipind = Dat.FlipInd;
1468  end
1469 
1470  for ii=flipind
1471    if Dat.FlipKspace==1
1472      kspace(:,:,ii)=fliplr(kspace(:,:,ii));
1473    elseif Dat.FlipKspace==2
1474      kspace(:,:,ii)=flipud(kspace(:,:,ii));
1475    else
1476      kspace(:,:,ii)=flipud(fliplr(kspace(:,:,ii)));
1477    end
1478  end
1479end
1480
1481% Handle arrayed and RARE sequences
1482if Dat.isAcqArrayed && Dat.AcqType~=1 && Dat.Sorting && ~Dat.isEPIdata
1483  %if ~strcmpi(procpar.seqcon(2:3),'cc') && ( isempty(Dat.phasetable) | ...
1484  %        isfield(procpar,'flash_converted') )
1485  if (( isempty(Dat.phasetable) && ~strcmpi(procpar.seqcon(2:3),'sc') ) && ...
1486      ~(strcmpi(procpar.seqcon(2:3),'cc') && Dat.ArrayLength==size(kspace,3))) || ...
1487      isfield(procpar,'flash_converted')
1488                                 
1489    % Sort uncompressed arrayed data
1490    ks_order = 1:procpar.nv*Dat.ArrayLength;
1491    tmp = 0:procpar.nv:(procpar.ne-1)*procpar.nv;
1492    tmp=repmat(tmp,procpar.nv*Dat.ArrayLength,1);
1493    ks_order = reshape(ks_order,Dat.ArrayLength,procpar.nv).';
1494    ks_order = ks_order(:);
1495    ks_order = repmat(ks_order,1,procpar.ne);
1496    ks_order = ks_order+tmp;
1497    ks_order = ks_order.';
1498   
1499    if procpar.ns==1
1500      kspace=kspace(:,ks_order);
1501    else
1502      kspace = kspace(:,ks_order,:);
1503    end
1504   
1505    % Reshape into 3D matrix
1506    kspace=reshape(kspace,[size(kspace,1) procpar.nv Dat.ArrayLength* ...
1507                        procpar.ns]);
1508  else
1509    %% Sort RARE type data
1510    if Dat.UsePhaseTable && ~isempty(Dat.phasetable)
1511      %Dat.phasetable = Dat.phasetable';
1512      if Dat.isAcqArrayed && Dat.ArrayLength>1 && strcmpi(procpar.seqcon(2:3),'cs')
1513        kspace = permute(reshape(reshape(kspace,size(kspace,1),[]),size(kspace,1),Dat.ArrayLength,[]),[1 3 2]);
1514      else
1515        Dat.phasetable = Dat.phasetable.';
1516      end
1517      kspace(:,Dat.phasetable(:),:) = kspace;
1518    end
1519  end
1520elseif Dat.isEPIdata
1521  %% Support for EPI-measurements
1522 
1523 
1524  % EPI data is measured with old VNMR
1525  if isfield(procpar,'readres') && isfield(procpar,'phaseres')
1526   
1527    % Number of slices
1528    tmp_ns=length(procpar.pss);
1529   
1530    if isfield(procpar,'navecho') && strcmpi(procpar.navecho{1},'y')
1531      tmp_nv = procpar.nv-procpar.nseg;
1532    else
1533      tmp_nv = procpar.nv;
1534    end
1535    kspace = reshape(kspace,[size(kspace,1) ...
1536      size(kspace,2)/tmp_nv tmp_nv]);
1537    kspace = permute(kspace,[1 3 2]);
1538   
1539    % Reshape to 4D matrix
1540    kspace = reshape(kspace,[size(kspace,1) size(kspace,2) ...
1541      tmp_ns size(kspace,3)/tmp_ns]);
1542   
1543   
1544  elseif isfield(procpar,'apptype') && strcmp(procpar.apptype{1},'imEPI')
1545    % If EPI data is measured with new VNMRj system
1546   
1547    % Number of slices
1548    ns = length(procpar.pss);
1549   
1550    % Reshape kspace to 4D matrix
1551    if isfield(procpar,'fract_ky') && procpar.fract_ky~=procpar.nv/2
1552      kspace = reshape(kspace,procpar.np/2,procpar.nv/2+procpar.fract_ky,...
1553        ns,[]);
1554      kspace(procpar.np/2,procpar.nv,1)=0;
1555    else
1556      kspace = reshape(kspace,procpar.np/2,procpar.nv,...
1557        ns,[]);
1558    end
1559   
1560    % Flip even kspace lines
1561    if ~Dat.FastDataRead
1562      for tt=2:2:size(kspace,2)
1563        kspace(:,tt,:,:) = flipdim(kspace(:,tt,:,:),1);
1564      end
1565    else
1566      kspace(:,2:2:end,:,:) = flipdim(kspace(:,2:2:end,:,:),1);
1567    end
1568   
1569   
1570    % Sort centric measurements
1571    if isfield(procpar,'ky_order') && strcmpi(procpar.ky_order,'c')
1572      kspace(:,Dat.phasetable(:),:,:)=kspace;
1573    end
1574    %kspace = flipdim(kspace,1);
1575   
1576    % EPI phase correction -------------------------
1577    if ~isfield(procpar,'epiref_type') || strcmpi(procpar.epiref_type,'single')
1578      % Single reference pointwise phase correction
1579     
1580      % Get the reference image
1581      ref_im = kspace(:,:,:,1);
1582     
1583      % Do phase correction.
1584      phase_e = exp(-sqrt(-1)*angle(fft(ref_im,[],1)));
1585      for kk=2:size(kspace,4)
1586        kspace(:,:,:,kk) = ifft(fft(kspace(:,:,:,kk),[],1).*phase_e,[],1);
1587      end
1588    elseif strcmpi(procpar.epiref_type,'triple')
1589      % Triple reference pointwise phase correction
1590     
1591      % Get the reference images
1592      ref1 = kspace(:,:,:,1);
1593      phase1 = exp(-sqrt(-1)*angle(fft(ref1,[],1)));
1594      ref2 = flipdim(kspace(:,:,:,3),1);
1595      phase2 = exp(-sqrt(-1)*angle(fft(ref2,[],1)));
1596      im1 = flipdim(kspace(:,:,:,2),1);
1597     
1598      % Correct phase for reversed read gradient image
1599      rev_phase = fft(im1,[],1).*phase2;
1600      for kk=4:size(kspace,4)
1601        kspace(:,:,:,kk)=ifft(rev_phase+fft(kspace(:,:,:,kk),[],1).*phase1);
1602      end
1603    end
1604  end
1605 
1606else
1607  % This section contains various "chewing gum and ironwire" type
1608  % patches that hopefully work...
1609 
1610  if strcmp(procpar.seqcon,'nncnn')
1611    kspace = permute(kspace,[1 3 2]);
1612  elseif strcmp(procpar.seqcon,'nccnn') && length(size(kspace))==2 && ...
1613      procpar.ns>=1 && Dat.AcqType~=1
1614    if ~isempty(Dat.phasetable)
1615      kssz = size(kspace);
1616      phsz = size(Dat.phasetable);
1617      kspace=permute(reshape(kspace,procpar.np/2,...
1618        phsz(2),...
1619        kssz(2)/phsz(2)),[1 3 2]);
1620      kspace = permute(reshape(kspace,...
1621        procpar.np/2,procpar.ns,kssz(2)/procpar.ns),[1 3 2]);
1622      if Dat.Sorting
1623        kspace(:,Dat.phasetable(:),:)=kspace;
1624      end
1625    else
1626      kspace = reshape(kspace,...
1627        [procpar.np/2 procpar.ns ...
1628        size(kspace,2)/procpar.ns]);
1629      kspace=permute(kspace,[1 3 2]);
1630    end
1631   
1632  elseif strcmp(procpar.seqcon,'nscsn') && length(size(kspace))==3 && ...
1633          Dat.AcqType~=1
1634        %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1635        % Support for 3D fast spin-echo
1636        %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1637        if ~isempty(Dat.phasetable)
1638          for ii=1:size(kspace,3)
1639                tmp = kspace(:,:,ii);
1640                kssz = size(tmp);
1641                phsz = size(Dat.phasetable);
1642                tmp=permute(reshape(tmp,procpar.np/2,...
1643                  phsz(2),...
1644                  kssz(2)/phsz(2)),[1 3 2]);
1645                tmp = permute(reshape(tmp,...
1646                  procpar.np/2,procpar.ns,kssz(2)/procpar.ns),[1 3 2]);
1647                if Dat.Sorting
1648                  tmp(:,Dat.phasetable(:),:)=tmp;
1649                end
1650                kspace(:,:,ii)=tmp;
1651          end
1652        end
1653       
1654       
1655  elseif Dat.AcqType~=1 && isfield(procpar,'nv')
1656    if length(size(kspace))==2 && ...
1657              ( size(kspace,1)~=(procpar.np/2) || size(kspace,2)~=procpar.nv )
1658      %% Reshape the kspace to the appropriate size
1659      kspace=reshape(kspace,[procpar.np/2 procpar.nv size(kspace,2)/ ...
1660                          procpar.nv]);
1661    elseif length(size(kspace))==3
1662      kspace = reshape(kspace,procpar.np/2,procpar.nv,[]);
1663      if Dat.Sorting && ~isempty(Dat.phasetable)
1664        kspace(:,Dat.phasetable(:),:) = kspace;
1665      end
1666    end
1667  end
1668 
1669 
1670  %%% Support for Teemu's ASE3D-data
1671  %if strcmpi(procpar.seqcon,'ncccn')
1672  %  %% Reshape the kspace to the appropriate size
1673  %  kspace=reshape(kspace,[procpar.np/2 procpar.nv size(kspace,2)/procpar.nv]);
1674  %end
1675end
1676
1677
1678
1679%=========================================
1680% Fourier Transform Data
1681%=========================================
1682function data=l_CalculateFFT(kspace,procpar,Dat)
1683data=[];
1684
1685% Return image/spectral data --------------------------------
1686if Dat.ReturnFTData
1687  %% Fourier transform spectral data
1688  if Dat.AcqType==1
1689        wb_h = aedes_wbar(0,'Fourier transforming spectral data');
1690    %data=zeros(size(kspace),'single');
1691        data=kspace;
1692    sz=size(kspace,2)*size(kspace,3);
1693    count=1;
1694    for kk=1:size(kspace,3)
1695      for ii=1:size(kspace,2)
1696        %% Update waitbar
1697        if Dat.ShowWaitbar
1698          aedes_wbar(count/sz,...
1699               wb_h,...
1700               {'Fourier transforming spectral data',...
1701                ['(Processing spectrum ' num2str(count) '/' num2str(sz) ')']})
1702                end
1703        data(:,ii,kk) = abs(fftshift(fft(data(:,ii,kk))));
1704        count=count+1;
1705      end
1706    end
1707 
1708  %% Fourier transform image data
1709  else
1710   
1711    %% Zeropadding auto
1712    if Dat.ZeroPadding==2
1713     
1714      if Dat.isEPIdata && isfield(procpar,'readres') && isfield(procpar,'phaseres')
1715       
1716        %% Determine the image size for EPI data for procpar "readres"
1717        %% and "phaseres" fields
1718        data_sz = [procpar.readres procpar.phaseres];
1719        if isequal(data_sz,[size(kspace,1),size(kspace,2)])
1720          DoZeroPadding=false;
1721        else
1722          DoZeroPadding=true;
1723        end
1724        data_sz = [procpar.readres ...
1725          procpar.phaseres size(kspace,3) size(kspace,4)];
1726      else
1727       
1728        %% Check if zeropadding is necessary.
1729        ks_sz_sorted = sort([size(kspace,1),size(kspace,2)]);
1730        fov_sz_sorted = sort([procpar.lro,procpar.lpe]);
1731        sliceRelativeDim = ks_sz_sorted(2)/ks_sz_sorted(1);
1732        FOVrelativeDim = fov_sz_sorted(2)/fov_sz_sorted(1);
1733        if FOVrelativeDim~=sliceRelativeDim
1734          ind=find([size(kspace,1),size(kspace,2)]==ks_sz_sorted(1));
1735          data_sz = size(kspace);
1736          data_sz(ind) = round((fov_sz_sorted(1)/fov_sz_sorted(2))*ks_sz_sorted(2));
1737          DoZeroPadding=true;
1738        else
1739          data_sz = size(kspace);
1740          DoZeroPadding=false;
1741        end
1742      end
1743     
1744      %% Force zeropadding on. Force images to be square.
1745    elseif Dat.ZeroPadding==1
1746      ks_sz_max = max(size(kspace,1),size(kspace,2));
1747      data_sz = size(kspace);
1748      data_sz(1:2)=ks_sz_max;
1749      DoZeroPadding=true;
1750     
1751      %% Force zeropadding off
1752    else
1753      data_sz = size(kspace);
1754      DoZeroPadding=false;
1755    end
1756   
1757    %% Fourier transform 2D and EPI image data
1758    if Dat.AcqType==2 || Dat.isEPIdata
1759      sz=size(kspace,3);
1760     
1761      if DoZeroPadding
1762        data=zeros(data_sz,class(kspace));
1763        data(1:size(kspace,1),1:size(kspace,2),:,:)=kspace;
1764      else
1765        data=kspace;
1766      end
1767      if ~Dat.ReturnKSpace
1768        kspace = [];
1769      end
1770      if Dat.ShowWaitbar
1771        [wb_h,txh]=aedes_calc_wait('Fourier transforming image data...');
1772      end
1773     
1774      %data=permute(fftshift(fftshift(abs(fft(permute(fft(data),[2 1 3 4]))),1),2),[2 1 3 4]);
1775      if ~Dat.FastDataRead
1776        for tt=1:size(data,4)
1777          data(:,:,:,tt)=fftshift(fftshift(abs(fft(fft(data(:,:,:,tt),[],1),[],2)),1),2);
1778        end
1779      else
1780        data=fftshift(fftshift(abs(fft(fft(data,[],1),[],2)),1),2);
1781      end
1782    else
1783      %% Fourier transform 3D image data
1784      if Dat.ShowWaitbar
1785        [wb_h,txh]=aedes_calc_wait('Fourier transforming 3D image data...');
1786      end
1787     
1788      if DoZeroPadding
1789        % Check zeropadding in the 3rd dimension if zeropadding is set to
1790        % "auto"
1791        if Dat.ZeroPadding==2
1792          if isfield(procpar,'lpe2') && isfield(procpar,'lpe')
1793            data_sz(3) = max(1,round((procpar.lpe2/procpar.lpe)*data_sz(2)*Dat.ArrayLength));
1794          end
1795        end
1796        data=zeros(data_sz,class(kspace));
1797        data = abs(fftshift(fftn(kspace,data_sz)));
1798      else
1799        data=zeros(data_sz,class(kspace));
1800        data = abs(fftshift(fftn(kspace)));
1801      end
1802    end
1803   
1804    % Remove reference image if requested
1805    if Dat.isEPIdata && Dat.RemoveEPIphaseIm
1806      data = data(:,:,:,2:end);
1807    end
1808   
1809    % Reorient images and remove the reference image if requested
1810    if Dat.OrientImages && ~isempty(procpar) && ...
1811        isfield(procpar,'orient') && any(Dat.AcqType==[2 3 4])
1812      orient = procpar.orient{1};
1813      if any(strcmpi(orient,{'xyz','trans90','cor90','sag90'}))
1814        data = flipdim(aedes_rot3d(data,1,3),2);
1815      elseif strcmpi(orient,'oblique')
1816        data = flipdim(flipdim(data,1),2);
1817      else
1818        data = flipdim(flipdim(data,1),2);
1819      end
1820    end
1821   
1822   
1823   
1824% $$$   %% Fourier transform 4D image data
1825% $$$   elseif Dat.AcqType==4
1826% $$$     data = abs(fftshift(fftshift(fft2(kspace),2),1));
1827  end
1828 
1829  %% Delete waitbar
1830  if Dat.ShowWaitbar && ishandle(wb_h)
1831    delete(wb_h)
1832  end
1833end
1834
1835
1836
1837
1838
1839%========================================================
1840% A function for creating phasetables for fse and fsems
1841%========================================================
1842function phasetable=l_CreateFsemsPhaseTable(procpar)
1843
1844phasetable = [];
1845if ~isfield(procpar,'etl') || ~isfield(procpar,'kzero')
1846  return
1847end
1848etl = procpar.etl;
1849kzero = procpar.kzero;
1850nv = procpar.nv;
1851
1852t = (-nv/2+1):(nv/2);
1853t = t(:);
1854tt = flipud(t);
1855tt = tt(:);
1856
1857phasetable = [reshape(t(1:nv/2),[],etl);...
1858  flipud(reshape(tt(1:nv/2),[],etl))];
1859phasetable = circshift(fliplr(phasetable),[0 kzero-1]);
1860
1861
1862%% - EOF - %%
1863return
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.

Powered by Trac 1.0.9.Copyright © Juha-Pekka Niskanen 2008