source: an2_readfid.m @ 53

Last change on this file since 53 was 53, checked in by tjniskan, 11 years ago
  • Fixed a bug in an2_readfid.m that in some cases didn't calculate

the array length in procpar correctly. Also changed the handling of
array parameter in an2_readprocpar.m.

  • Fixed a bug in an2_rot3d.m
  • Fixed bugs here and there
  • Added some incomplete code for upcoming new features.

M misclib/nifti4dto3d.m
M misclib/fmri_corr.m
M an2_rot3d.m
M an2_revision.m
M an2_readprocpar.m
M an2_data_read.m
M aedes.m
M an2_res2table.m
M an2_copy_roi.m
M an2_roi_copy_gui.m
M an2_readfid.m
M an2_saveres.m
M an2_write_nifti.m

File size: 44.9 KB
Line 
1function [DATA,msg_out] = an2_readfid(filename,varargin)
2% AN2_READFID - Read VNMR (Varian) FID-files
3%   
4%
5% Synopsis:
6%        [DATA,msg]=an2_readfid(filename,'PropertyName1',value1,'PropertyName2',value2,...)
7%        [DATA,msg]=an2_readfid(filename,'header')
8%        [DATA,msg]=an2_readfid(filename,output_filename)
9%
10% Description:
11%        The function reads VNMR (Varian) FID-file and return a structure
12%        DATA with fields DataFormat, HDR, FTDATA, KSPACE, PROCPAR, and
13%        PHASETABLE. The fields of the DATA structure are constructed as
14%        follows:
15%       
16%        DATA
17%          |-> DataFormat         (string identifier for data format 'vnmr')
18%          |-> HDR
19%                |-> FileHeader   (data file header)
20%                |-> BlockHeaders (data block headers, not stored by default)
21%                |-> fname        (file name)
22%                |-> fpath        (file path)
23%                |-> Param        (parameter values used by AN2_READFID to read the data)
24%          |-> FTDATA             (real fourier transformed image data)
25%          |-> KSPACE             (complex k-space, empty by default)
26%          |-> PROCPAR            (parameters from procpar file)
27%          |-> PHASETABLE         (phasetable)
28%
29%        The DATA structure is returned as empty (without HDR, FTDATA,
30%        KSPACE, and PROCPAR fields) if an error has occurred during
31%        reading. The error message is returned in the second output
32%        argument msg. If AN2_READFID is called with only one output argument
33%        (i.e. without MSG), the error message is echoed to the workspace.
34%       
35%        The first input argument is either a string containing full path to
36%        the FID-file or the header structure HDR. Only the data file header
37%        can be read by giving a string 'header' as the second input
38%        argument.
39%
40%        By default the k-space is not returned, i.e. the field KSPACE is
41%        empty. The returned data can be adjusted by using the 'return'
42%        property and values 1, 2, or 3 (see below for more information).
43%
44%        The supported property-value pairs in AN2_READFID (property strings
45%        are not case sensitive):
46%
47%        Property:        Value:                Description:
48%        *********        ******                ************
49%        'Return'      :  [ {1} | 2 | 3 | 4 ]   % 1=return only ftdata (default)
50%                                               % 2=return only k-space
51%                                               % 3=return both ftdata & kspace
52%                                               % 4=return raw kspace
53%
54%        'FastRead'    :  [{'off'} | 'on' ]     % Enables an experimental
55%                                               % method for very fast reading
56%                                               % of fid-files. This not as
57%                                               % robust as the older
58%                                               % method and can consume a lot
59%                                               % of memory.
60%
61%        'OutputFile'  :  filename              % Writes the slices into
62%                                               % NIfTI-format files
63%                                               % using the given filename.
64%
65%        'DCcorrection':  [ {'off'} | 'on' ]    % 'on'=use DC correction
66%                                               % 'off'=don't use DC correction
67%                                               % (default)
68%
69%        'Procpar'     :  (procpar-structure)   % Input procpar
70%                                               % structure. If this
71%                                               % property is not set the
72%                                               % procpar structure
73%                                               % will be read using
74%                                               % AN2_READPROCPAR
75%
76%        'ZeroPadding' :  ['off'|'on'|{'auto'}] % 'off' = force
77%                                               % zeropadding off
78%                                               % 'on' = force
79%                                               % zeropadding on (force
80%                                               % images to be square)
81%                                               % 'auto' = autoselect
82%                                               % using relative FOV
83%                                               % dimensions (default)
84%
85%        'PhaseTable'  : (custom phase table)   % User-specified
86%                                               % line order for
87%                                               % k-space. The phase table
88%                                               % is obtained from the file
89%                                               % specified in
90%                                               % procpar.petable if
91%                                               % necessary.
92%
93%        'sorting'      : [ 'off' | {'on'} ]    % 'off' =disable k-space
94%                                               % sorting, i.e. ignore the
95%                                               % phase table and/or arrays.
96%                                               % 'on' =sort k-space using
97%                                               % phase table and/or array
98%                                               % information if necessary
99%                                               % (default)
100%
101%        'wbar'        : [ {'on'} | 'off' ]     % 'on'  = show waitbar
102%                                               % 'off' = don't show waitbar
103%
104%        'FlipKspace'  : [ {'off'} | 'LR' |
105%                             'UD' | 'LRUD' ]   % 'off' = don't flip (default)
106%                                               % 'LR' = left/right
107%                                               % 'UD' = up/down
108%                                               % 'LRUD' = left/right and
109%                                               % up/down
110%
111%        'FlipInd'     : [ {'all'} | 'alt' |
112%                          (custom vector)  ]   % 'all' = flip all slices
113%                                               % (default)
114%                                               % 'alt' = flip every
115%                                               % second slice
116%                                               % (custom vector) = A
117%                                               % custom vector containing
118%                                               % indices to the flipped slices
119%
120%        'Precision'   : ['single'|{'double'}]  % Precision of the
121%                                               % outputted data.
122%                                               % 'single' = 32-bit float
123%                                               % 'double' = 64-bit float
124%
125% Examples:
126%        [DATA,msg]=an2_readfid(filename)             % Read image data from 'filename'
127%        [DATA,msg]=an2_readfid(filename,'header')    % Read only data file header
128%
129%        [DATA,msg]=an2_readfid(filename,'return',1)  % Return only image data (default)
130%        [DATA,msg]=an2_readfid(filename,'return',2)  % Return only k-space
131%        [DATA,msg]=an2_readfid(filename,'return',3)  % Return both image data and k-space
132%       
133%        % Read first data file header and then image data and k-space
134%        [DATA,msg]=an2_readfid(filename,'header')
135%        [DATA,msg]=an2_readfid(DATA.HDR,'return',3)
136%
137%        % Read VNMR-data with default options and save slices in NIfTI
138%        % format
139%        DATA=an2_readfid('example.fid','saved_slices.nii');
140%
141%        % If you want to use non-default options and also write
142%        % NIfTI-files, use the property/value formalism, for example
143%        DATA=an2_readfid('example.fid','ZeroPadding','off',...
144%                     'OutputFile','saved_slices.nii');
145%
146% See also:
147%        AN2_READFIDPREFS, AN2_READPROCPAR, AN2_READTAB, AN2_DATA_READ,
148%        AN2_WRITE_NIFTI, AEDES
149
150% This function is a part of Aedes - A graphical tool for analyzing
151% medical images
152%
153% Copyright (C) 2006 Juha-Pekka Niskanen <Juha-Pekka.Niskanen@uku.fi>
154%
155% Department of Physics, Department of Neurobiology
156% University of Kuopio, FINLAND
157%
158% This program may be used under the terms of the GNU General Public
159% License version 2.0 as published by the Free Software Foundation
160% and appearing in the file LICENSE.TXT included in the packaging of
161% this program.
162%
163% This program is provided AS IS with NO WARRANTY OF ANY KIND, INCLUDING THE
164% WARRANTY OF DESIGN, MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
165
166
167
168
169if nargout==2
170  Dat.ShowErrors = false;
171  msg_out='';
172else
173  Dat.ShowErrors = true;
174end
175
176%% ---------------------
177% Defaults
178Dat.ReturnKSpace  = false;
179Dat.ReturnFTData  = true;
180Dat.DCcorrection  = false;
181Dat.ZeroPadding = 2;
182Dat.Sorting = true;
183Dat.UsePhaseTable = true;
184Dat.FastDataRead = false;
185Dat.precision = 'double';
186
187%% Other defaults
188Dat.ShowWaitbar   = true;
189procpar=[];
190Dat.phasetable=[];
191Dat.FlipKspace = 0;
192Dat.FlipInd = 'all';
193Dat.OutputFile = false;
194Dat.ReturnRawKspace = false;
195
196%% -------------------------------------------------------------------
197
198
199%% Set data format label
200DATA.DataFormat = 'vnmr';
201
202%% Parse input arguments
203if nargin==0 || isempty(filename)
204 
205  %% Get default directory
206  try
207    defaultdir = getpref('Aedes','GetDataFileDir');
208  catch
209    defaultdir = [pwd,filesep];
210  end
211 
212  %% If no input arguments are given, ask for a file
213  [f_name, f_path, f_index] = uigetfile( ...
214       {'fid;FID','Varian FID-files (fid)'; ...
215        '*.*', 'All Files (*.*)'}, ...
216        'Select VNMR (Varian) FID file',defaultdir);
217  if ( all(f_name==0) || all(f_path==0) ) % Cancel is pressed
218    DATA=[];
219    msg_out='Canceled';
220    return
221  end
222  ReadHdr = true;
223  ReadData = true;
224  filename=[f_path,f_name];
225 
226  %% Set default directory to preferences
227  setpref('Aedes','GetDataFileDir',f_path)
228 
229end
230
231if nargin==1
232  if isstruct(filename)
233    hdr = filename;
234    filename = [hdr.fpath,hdr.fname];
235    ReadHdr = false;
236    ReadData = true;
237% $$$     ReturnKSpace = false;
238% $$$     ReturnFTData = true;
239   
240  elseif ischar(filename)
241    ReadHdr = true;
242    ReadData = true;
243% $$$     ReturnKSpace = false;
244% $$$     ReturnFTData = true;
245  end
246elseif nargin==2
247  if strcmpi(varargin{1},'header')
248    ReadHdr = true;
249    ReadData = false;
250% $$$     ReturnKSpace = false;
251  elseif ischar(varargin{1})
252    ReadHdr = true;
253    ReadData = true;
254    Dat.OutputFile = varargin{1};
255  else
256    if ~Dat.ShowErrors
257      DATA=[];
258      msg_out=sprintf('Invalid second input argument "%s".',varargin{1});
259      return
260    else
261      error('Invalid second input argument "%s".',varargin{1})
262    end
263  end
264else
265  if isstruct(filename)
266    hdr = filename;
267    filename = [hdr.fpath,hdr.fname];
268    ReadHdr = false;
269    ReadData = true;
270  elseif isempty(filename)
271    [f_name, f_path, f_index] = uigetfile( ...
272        {'fid;FID','Varian FID-files (fid)'; ...
273         '*.*', 'All Files (*.*)'}, ...
274        'Select VNMR (Varian) FID file');
275    if ( all(f_name==0) || all(f_path==0) ) % Cancel is pressed
276      DATA=[];
277      msg_out='Canceled';
278      return
279    end
280    ReadHdr = true;
281    ReadData = true;
282    filename=[f_path,f_name];
283  else
284    ReadHdr = true;
285    ReadData = true;
286  end
287 
288  for ii=1:2:length(varargin)
289    switch lower(varargin{ii})
290     case 'return'
291      if length(varargin)<2
292        DATA=[];
293        if ~Dat.ShowErrors
294          msg_out='"Return" value not specified!';
295        else
296          error('"Return" value not specified!')
297        end
298        return
299      else
300        if varargin{ii+1}==1
301          Dat.ReturnKSpace = false;
302          Dat.ReturnFTData = true;
303        elseif varargin{ii+1}==2
304          Dat.ReturnKSpace = true;
305          Dat.ReturnFTData = false;
306        elseif varargin{ii+1}==3
307          Dat.ReturnKSpace = true;
308          Dat.ReturnFTData = true;
309                elseif varargin{ii+1}==4
310                  Dat.ReturnRawKspace = true;
311                  Dat.ReturnKSpace = true;
312          Dat.ReturnFTData = false;
313        end
314      end
315     
316     case {'dc','dccorrection','dccorr'}
317      if strcmpi(varargin{ii+1},'on')
318        Dat.DCcorrection = true;
319      else
320        Dat.DCcorrection = false;
321      end
322     
323     case 'procpar'
324      procpar=varargin{ii+1};
325     
326     case 'zeropadding'
327      if ischar(varargin{ii+1})
328        if strcmpi(varargin{ii+1},'on')
329          Dat.ZeroPadding = 1; % on
330        elseif strcmpi(varargin{ii+1},'off')
331          Dat.ZeroPadding = 0; % off
332        else
333          Dat.ZeroPadding = 2; % auto
334        end
335      else
336        % Undocumented
337        Dat.ZeroPadding = 3; % Custom
338        Dat.CustomZeroPadding = varargin{ii+1};
339      end
340     
341     case 'phasetable'
342      Dat.phasetable = varargin{ii+1};
343     
344     case 'sorting'
345          if strcmpi(varargin{ii+1},'on')
346        Dat.UsePhaseTable = true;
347        Dat.Sorting = true;
348      else
349        Dat.UsePhaseTable = false;
350        Dat.Sorting = false;
351          end
352     
353         case 'fastread'
354           if strcmpi(varargin{ii+1},'on')
355                 Dat.FastDataRead = true;
356           else
357                 Dat.FastDataRead = false;
358           end
359           
360     case 'wbar'
361      if strcmpi(varargin{ii+1},'on')
362        Dat.ShowWaitbar = 1;
363      else
364        Dat.ShowWaitbar = 0;
365          end
366         
367         case 'precision'
368           if strcmpi(varargin{ii+1},'single')
369                 Dat.precision = 'single';
370           end
371               
372          case 'flipkspace'
373       
374        flipkspace = varargin{ii+1};
375        if strcmpi(flipkspace,'off')
376          Dat.FlipKspace=0;
377        elseif strcmpi(flipkspace,'LR')
378          Dat.FlipKspace=1;
379        elseif strcmpi(flipkspace,'UD')
380          Dat.FlipKspace=2;
381        elseif strcmpi(flipkspace,'LRUD')
382          Dat.FlipKspace=3;
383        else
384          DATA=[];
385          if ~Dat.ShowErrors
386            msg_out = 'Bad value for property FlipKspace!';
387          else
388            error('Bad value for property FlipKspace!')
389          end
390          return
391        end
392       
393      case 'flipind'
394        Dat.FlipInd = varargin{ii+1};
395       
396      case 'outputfile'
397        Dat.OutputFile = varargin{ii+1};
398       
399     otherwise
400      DATA=[];
401      if ~Dat.ShowErrors
402        msg_out = ['Unknown property "' varargin{ii} '"'];
403      else
404        error(['Unknown property "' varargin{ii} '"'])
405      end
406      return
407    end
408  end
409end
410
411% Parse filename
412[fpath,fname,fext]=fileparts(filename);
413if ~strcmpi(fname,'fid')
414  if isempty(fname)
415    fpath = [fpath,filesep];
416  else
417        if isempty(fpath)
418          fpath = [pwd,filesep,fname,fext,filesep];
419        else
420          fpath = [fpath,filesep,fname,fext,filesep];
421        end
422  end
423  fname = 'fid';
424else
425  fpath = [fpath,filesep];
426end
427
428%% Read procpar if not given as input argument
429if isempty(procpar) || nargin~=2
430  [procpar,proc_msg]=an2_readprocpar([fpath,'procpar']);
431  if isempty(procpar)
432    DATA=[];
433    if ~Dat.ShowErrors
434      msg_out=proc_msg;
435    else
436      error(proc_msg)
437    end
438    return
439  end
440end
441
442%% Read phasetable if necessary
443if isfield(procpar,'petable') && isempty(Dat.phasetable) && ...
444    ~isempty(procpar.petable{1}) && ~strcmpi(procpar.petable{1},'n')
445  % Look in preferences for tablib-directory
446  try
447    tabpath = getpref('Aedes','TabLibDir');
448  catch
449    % If the table path was not found in preferences, try to use aedes
450    % directory
451    tmp_path = which('aedes');
452    if ~isempty(tmp_path)
453      aedes_path=fileparts(tmp_path);
454      tabpath = [aedes_path,filesep,'tablib',filesep];
455    else
456      % If all else fails, look in the current directory
457      tabpath = [pwd,filesep,'tablib',filesep];
458    end
459  end
460  [phasetable,msg] = an2_readtab([tabpath,procpar.petable{1}]);
461 
462  %% Abort and throw error if phasetable cannot be read and the FID-file
463  % has not been sorted
464  if isempty(phasetable) && ~isfield(procpar,'flash_converted')
465    DATA=[];
466    if ~Dat.ShowErrors
467      msg_out={['Could not find the required phase table "' ...
468                procpar.petable{1} '" in the following folders'],...
469               ['"' tabpath '".']};
470    else
471      error('Could not find the required phase table "%s" in %s',...
472            procpar.petable{1},tabpath)
473    end
474    return
475  elseif ( isempty(phasetable) && isfield(procpar,'flash_converted') ) || ...
476      ~Dat.UsePhaseTable
477    %% If the FID-file has been sorted, the reading can continue but
478    % throw a warning.
479    fprintf(1,'Warning: an2_readfid: Could not find phasetable "%s" in "%s"!\n',procpar.petable{1},tabpath)
480    Dat.phasetable=[];
481  else
482    Dat.phasetable = phasetable{1,2};
483  end
484end
485
486% Convert phasetable indices to MATLAB indices
487if ~isempty(Dat.phasetable)
488  Dat.phasetable=Dat.phasetable+(-min(min(Dat.phasetable))+1);
489else
490  Dat.UsePhaseTable = false;
491end
492
493%% Open FID-file
494[file_fid,msg]=fopen([fpath,fname],'r','ieee-be');
495if file_fid < 0
496  DATA=[];
497  if ~Dat.ShowErrors
498    msg_out=['Could not open file "' filename '" for reading.'];
499  else
500    error('Could not open file "%s" for reading.',filename)
501  end
502  return
503end
504
505% Read only header
506if ReadHdr && ~ReadData
507  [hdr,msg_out]=l_ReadDataFileHeader(file_fid);
508  if ~isempty(msg_out)
509    DATA=[];
510    fclose(file_fid);
511    if Dat.ShowErrors
512      error(msg_out)
513    end
514    return
515  else
516    DATA.HDR.FileHeader = hdr.FileHeader;
517    DATA.FTDATA=[];
518    DATA.KSPACE=[];
519    DATA.PROCPAR=[];
520    DATA.PHASETABLE=[];
521  end
522elseif ~ReadHdr && ReadData % Header structure given as input argument
523                            % Read only data.
524  [hdr,data,kspace,msg_out]=l_ReadBlockData(file_fid,hdr,Dat,procpar);
525  if ~isempty(msg_out)
526    DATA=[];
527    fclose(file_fid);
528    if Dat.ShowErrors
529      error(msg_out)
530    end
531    return
532  else
533    DATA.HDR.FileHeader=hdr.FileHeader;
534    DATA.HDR.BlockHeaders = hdr.BlockHeaders;
535    DATA.FTDATA=data;
536    DATA.KSPACE=kspace;
537    DATA.PROCPAR=procpar;
538    DATA.PHASETABLE=Dat.phasetable;
539  end
540elseif ReadHdr && ReadData  % Read headers and data
541  [hdr,msg_out]=l_ReadDataFileHeader(file_fid);
542  [hdr,data,kspace,msg_out]=l_ReadBlockData(file_fid,hdr,Dat,procpar);
543  if ~isempty(msg_out)
544    DATA=[];
545    fclose(file_fid);
546    if Dat.ShowErrors
547      error(msg_out)
548    end
549    return
550  else
551    DATA.HDR.FileHeader=hdr.FileHeader;
552    DATA.HDR.BlockHeaders = hdr.BlockHeaders;
553    DATA.FTDATA=data;
554    DATA.KSPACE=kspace;
555    DATA.PROCPAR=procpar;
556    DATA.PHASETABLE=Dat.phasetable;
557  end
558end
559
560% Set file name and path to the HDR structure
561DATA.HDR.fname=fname;
562DATA.HDR.fpath=fpath;
563
564% Set parameter values
565DATA.HDR.Param.ReturnKSpace = Dat.ReturnKSpace;
566DATA.HDR.Param.ReturnFTData = Dat.ReturnFTData;
567if Dat.ZeroPadding==0
568  DATA.HDR.Param.ZeroPadding = 'off';
569elseif Dat.ZeroPadding==1
570  DATA.HDR.Param.ZeroPadding = 'on';
571else
572  DATA.HDR.Param.ZeroPadding = 'auto';
573end
574if ~Dat.DCcorrection
575  DATA.HDR.Param.DCcorrection = 'off';
576else
577  DATA.HDR.Param.DCcorrection = 'on';
578end
579if Dat.Sorting==0
580  DATA.HDR.Param.Sorting = 'off';
581else
582  DATA.HDR.Param.Sorting = 'on';
583end
584if Dat.FlipKspace==0
585  DATA.HDR.Param.FlipKspace = 'off';
586elseif Dat.FlipKspace==1
587  DATA.HDR.Param.FlipKspace = 'LR';
588elseif Dat.FlipKspace==2
589  DATA.HDR.Param.FlipKspace = 'UD';
590elseif Dat.FlipKspace==3
591  DATA.HDR.Param.FlipKspace = 'LRUD';
592end
593DATA.HDR.Param.FlipInd = Dat.FlipInd;
594
595
596% Close file
597fclose(file_fid);
598
599%% Write slices to NIfTI files
600if ischar(Dat.OutputFile)
601  if isempty(Dat.OutputFile)
602    [fp,fn,fe]=fileparts(DATA.HDR.fpath(1:end-1));
603    fprefix=fn;
604    niipath = [pwd,filesep];
605  else
606    [fp,fn,fe]=fileparts(Dat.OutputFile);
607    if strcmpi(fe,'.nii')
608      fprefix=fn;
609    else
610      fprefix=[fn,fe];
611    end
612    if isempty(fp)
613      niipath = [pwd,filesep];
614    else
615      niipath = [fp,filesep];
616    end
617  end
618 
619  % Create file names
620  filenames={};
621  for ii=1:size(DATA.FTDATA,3)
622    filenames{ii}=sprintf('%s%03d%s',[fprefix,'_'],ii,'.nii');
623  end
624  nFiles = length(filenames);
625   
626  h=an2_wbar(0,sprintf('Saving slice 1/%d in NIfTI format...',nFiles));
627  for ii=1:nFiles
628    an2_wbar(ii/nFiles,h,sprintf('Saving slice %d/%d in NIfTI format...',ii, ...
629                             nFiles))
630    [done,msg]=an2_write_nifti(DATA.FTDATA(:,:,ii),...
631                           [niipath,filenames{ii}],'DataType','single',...
632                           'FileType',2);
633  end
634  delete(h)
635 
636  if ~done
637    warning('Error occurred while writing NIfTI-files. Could not write file(s)!')
638  end
639 
640end
641return
642
643%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
644% Read Data File (Main) Header
645%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
646function [hdr,msg_out]=l_ReadDataFileHeader(file_fid)
647
648msg_out='';
649%% Read Data File Header
650try
651  FH.nblocks = fread(file_fid,1,'long');   % Number of blocks in file
652  FH.ntraces = fread(file_fid,1,'long');   % Number of traces per block
653  FH.np = fread(file_fid,1,'long');        % Number of elements per trace
654  FH.ebytes = fread(file_fid,1,'long');    % Number of bytes per element
655  FH.tbytes = fread(file_fid,1,'long');    % Number of bytes per trace
656  FH.bbytes = fread(file_fid,1,'long');    % Number of bytes per block
657  FH.vers_id = fread(file_fid,1,'short');  % Software version, file_id status bits
658  FH.status = fread(file_fid,1,'short');   % Status of whole file
659  FH.nbheaders = fread(file_fid,1,'long'); % Number of block headers per block
660 
661  hdr.FileHeader = FH;
662 
663  %% Parse status bits
664  hdr.FileHeader.status=[];
665  tmp_str = {'S_DATA',...          % 0 = no data, 1 = data
666             'S_SPEC',...          % 0 = FID, 1 = spectrum
667             'S_32',...            % 0 = 16 bit, 1 = 32 bit integer
668             'S_FLOAT',...         % 0 = integer, 1 = floating point
669             'S_COMPLEX',...       % 0 = real, 1 = complex
670             'S_HYPERCOMPLEX',...  % 1 = hypercomplex
671             '',...                % Unused bit
672             'S_ACQPAR',...        % 0 = not Acqpar, 1 = Acqpar
673             'S_SECND',...         % 0 = first FT, 1 = second FT
674             'S_TRANSF',...        % 0 = regular, 1 = transposed
675             '',...                % Unused bit
676             'S_NP',...            % 1 = np dimension is active
677             'S_NF',...            % 1 = nf dimension is active
678             'S_NI',...            % 1 = ni dimension is active
679             'S_NI2',...           % 1 = ni2 dimension is active
680             ''...                 % Unused bit
681            };
682  status_bits = fliplr(double(dec2bin(FH.status,16))==49);
683  for ii=1:length(tmp_str)
684    if ~isempty(tmp_str{ii})
685      hdr.FileHeader.status.(tmp_str{ii}) = status_bits(ii);
686    end
687  end
688catch
689  hdr=[];
690  msg_out=['Error occurred while reading file header from "' filename '".'];
691  return
692end
693
694
695%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
696% Read Block Headers and Data
697%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
698function [hdr,data,kspace,msg_out]=l_ReadBlockData(file_fid,hdr,Dat,procpar)
699
700hdr.BlockHeaders = [];
701%hdr.HypercmplxBHeaders = [];
702data=[];
703kspace=[];
704count = [];
705msg_out='';
706
707if isfield(procpar,'seqcon')
708  seqcon=procpar.seqcon{1};
709else
710  seqcon='nnnnn';
711end
712
713%% Determine acquisition type from seqcon parameter
714if all(seqcon=='n')          % 1D spectroscopy
715  AcqType=1;
716elseif all(seqcon(4:5)=='n') % 2D imaging
717  AcqType=2;
718elseif seqcon(5)=='n'        % 3D imaging
719  AcqType=3;
720else                         % 4D imaging
721  AcqType=4;
722end
723
724%% Double-check that AcqType is not 1D spectral
725if isfield(procpar,'nv') && procpar.nv==0
726  AcqType=1;
727end
728
729%% Use some heuristical approach to "triple-check" that the data is not
730%  1D spectral
731if ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'STEAM')) || ...
732      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'steam')) || ...
733      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'LASER')) || ...
734      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'laser')) || ...
735      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'PRESS')) || ...
736      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'press')) || ...
737      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'1PULSE')) || ...
738      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'1pulse')) || ...
739      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'2PULSE')) || ...
740      ~isempty(strfind(procpar.seqfil{1},'2pulse'))
741  AcqType=1;
742end
743
744UsePhaseTable=Dat.UsePhaseTable;
745
746
747%% If the data has been converted with flashc, the seqcon parameter needs
748% to be changed
749if isfield(procpar,'flash_converted')
750  if isfield(procpar,'ni') && procpar.ni>1
751    seqcon(3)='s';
752  elseif ((seqcon(2)=='c') && (seqcon(3)=='c'))
753    seqcon(2)='s';
754  end
755  UsePhaseTable=false; % Do not try to order data if flashc has been run
756end
757
758%% Set number of transients
759if ~isfield(procpar,'nt')
760  nt=1;
761else
762  nt=procpar.nt;
763end
764
765%% Determine if the arrayed acquisition was used
766if isfield(procpar,'array') && ~isempty(procpar.array{1})
767  isAcqArrayed = true;
768  ArrayLength = [];
769 
770  % Determine array length
771  for ii=1:length(procpar.array)
772        if iscell(procpar.array{ii})
773          ArrayLength(ii) = length(procpar.(procpar.array{ii}{1}));
774        else
775          ArrayLength(ii) = length(procpar.(procpar.array{ii}));
776        end
777  end
778  ArrayLength = prod(ArrayLength);
779else
780  isAcqArrayed = false;
781  ArrayLength = 1;
782end
783
784%% Determine if the data is EPI data
785if isfield(procpar,'readres') && isfield(procpar,'phaseres')
786  Dat.isEPIdata = true;
787else
788  Dat.isEPIdata = false;
789end
790
791BlockHeadStatusLabels = {'S_DATA',...       % 0 = no data, 1 = data
792                    'S_SPEC',...          % 0 = FID, 1 = spectrum
793                    'S_32',...            % 0 = 16 bit, 1 = 32 bit integer
794                    'S_FLOAT',...         % 0 = integer, 1 = floating point
795                    'S_COMPLEX',...       % 0 = real, 1 = complex
796                    'S_HYPERCOMPLEX',...  % 1 = hypercomplex
797                    '',...                % Unused bit
798                    'MORE_BLOCKS',...     % 0 = absent, 1 = present
799                    'NP_CMPLX',...        % 0 = real, 1 = complex
800                    'NF_CMPLX',...        % 0 = real, 1 = complex
801                    'NI_CMPLX',...        % 0 = real, 1 = complex
802                    'NI2_CMPLX',...       % 0 = real, 1 = complex
803                    '',...                % Unused bit
804                    '',...                % Unused bit
805                    '',...                % Unuesd bit
806                    ''...                 % Unused bit
807                   };
808
809BlockHeadModeLabels = {'NP_PHMODE',...   % 1 = ph mode
810                    'NP_AVMODE',...    % 1 = av mode
811                    'NP_PWRMODE',...   % 1 = pwr mode
812                    '',...             % Unused bit
813                    'NF_PHMODE',...    % 1 = ph mode
814                    'NF_AVMODE',...    % 1 = av mode
815                    'NF_PWRMODE',...   % 1 = pwr mode
816                    '',...             % Unused bit
817                    'NI_PHMODE',...    % 1 = ph mode
818                    'NI_AVMODE',...    % 1 = av mode
819                    'NI_PWRMODE',...   % 1 = pwr mode
820                    '',...             % Unused bit
821                    'NI2_PHMODE',...   % 1 = ph mode
822                    'NI2_AVMODE',...   % 1 = av mode
823                    'NI2_PWRMODE',...  % 1 = pwr mode
824                    ''...              % Unused bit
825                   };
826
827
828% The nbheaders -field is not correct in some cases. Thus, this field
829% cannot be trusted and the real nbheaders has to be calculated from the
830% byte counts.
831tmp_bytes=hdr.FileHeader.bbytes-hdr.FileHeader.tbytes*hdr.FileHeader.ntraces;
832header_bytes=28;
833if rem(tmp_bytes,header_bytes)~=0
834  msg_out = 'Block header byte count does not match with file header';
835  return
836else
837  nbheaders = tmp_bytes/28;
838end
839%nbheaders = hdr.FileHeader.nbheaders;
840
841%% Allocate space for k-space
842kspace=zeros(hdr.FileHeader.np/2,...
843             hdr.FileHeader.ntraces,hdr.FileHeader.nblocks);
844
845if any(AcqType==[1 2])
846  switch seqcon(2:3)
847   case {'cc','sc'}
848    kspace = zeros(hdr.FileHeader.np/2,...
849                 hdr.FileHeader.ntraces,...
850                 hdr.FileHeader.nblocks,Dat.precision);
851   otherwise
852    kspace = zeros(hdr.FileHeader.np/2,...
853                   hdr.FileHeader.nblocks,...
854                   hdr.FileHeader.ntraces,Dat.precision);
855  end
856else
857  kspace = zeros(hdr.FileHeader.np/2,...
858                 hdr.FileHeader.ntraces,...
859                 hdr.FileHeader.nblocks,Dat.precision);
860end
861
862%% - The older robust (but also slower) way for reading the data.
863%% When the blocksize is relatively small, this is also quite fast.
864if ~Dat.FastDataRead
865
866  % Initialize waitbar
867  if Dat.ShowWaitbar
868        wb_h = an2_wbar(0/hdr.FileHeader.nblocks,...
869          {['Reading ',num2str(AcqType),'D VNMR data (seqcon: "' seqcon '")'],...
870          ['(Processing data block ' ...
871          num2str(0) '/' num2str(hdr.FileHeader.nblocks) ')']});
872  end
873
874  %% Read data and block headers
875  for ii=1:hdr.FileHeader.nblocks
876        %% Update waitbar
877        if Dat.ShowWaitbar
878          an2_wbar(ii/hdr.FileHeader.nblocks,...
879                wb_h,...
880                {['Reading ',num2str(AcqType),'D VNMR data (seqcon: "' seqcon '")'],...
881                ['(Processing data block ' ...
882                num2str(ii) '/' num2str(hdr.FileHeader.nblocks) ')']})
883        end
884
885        %% Read block header and hypercomplex header
886        for kk=1:nbheaders
887          %% Read block header
888          if kk==1
889                hdr.BlockHeaders.scale = fread(file_fid,1,'short');  % Scaling factor
890                tmp_status = fread(file_fid,1,'short'); % Status of data in block
891                hdr.BlockHeaders.status = [];
892                hdr.BlockHeaders.index = fread(file_fid,1,'short');  % Block index
893                tmp_mode = fread(file_fid,1,'short');   % Mode of data in block
894                hdr.BlockHeaders.mode = [];
895                hdr.BlockHeaders.ctcount = fread(file_fid,1,'long'); % ct value for FID
896                hdr.BlockHeaders.lpval = fread(file_fid,1,'float');  % f2 (2D-f1) left phase in phasefile
897                hdr.BlockHeaders.rpval = fread(file_fid,1,'float');  % f2 (2D-f1) right phase in phasefile
898                hdr.BlockHeaders.lvl = fread(file_fid,1,'float');    % level drift correction
899                hdr.BlockHeaders.tlt = fread(file_fid,1,'float');    % tilt drift correction
900
901                %% Parse status and mode bits
902                status_bits = fliplr(double(dec2bin(tmp_status,16))==49);
903                mode_bits = fliplr(double(dec2bin(tmp_mode,16))==49);
904                for tt=1:length(BlockHeadStatusLabels)
905                  if ~isempty(BlockHeadStatusLabels{tt})
906                        hdr.BlockHeaders.status.(BlockHeadStatusLabels{tt}) = status_bits(tt);
907                  end
908                  if ~isempty(BlockHeadModeLabels{tt})
909                        hdr.BlockHeaders.mode.(BlockHeadModeLabels{tt}) = mode_bits(tt);
910                  end
911                end
912
913
914          else %% Read hypercomplex header
915                fread(file_fid,1,'short'); % Spare
916                hdr.BlockHeaders.HCHstatus = fread(file_fid,1,'short');
917                fread(file_fid,1,'short'); % Spare
918                fread(file_fid,1,'short'); % Spare
919                fread(file_fid,1,'long'); % Spare
920                hdr.BlockHeaders.HCHlpval1 = fread(file_fid,1,'float');
921                hdr.BlockHeaders.HCHrpval1 = fread(file_fid,1,'float');
922                fread(file_fid,1,'float'); % Spare
923                fread(file_fid,1,'float'); % Spare
924          end
925        end
926       
927        %% Check block index to be sure about the data type
928        if hdr.BlockHeaders.index~=ii
929          fprintf(1,'Warning: Index mismatch in "%s" block %d\n',fopen(file_fid),ii);
930         
931          % Use information from the file header instead of the BlockHeader if
932          % there is a mismatch in blockheader index...
933          useFileHeader = true;
934        else
935          useFileHeader = false;
936        end
937       
938        %% Determine data precision
939        if useFileHeader
940          if hdr.FileHeader.status.S_FLOAT==1
941                prec_str = ['single=>',Dat.precision];
942          elseif hdr.FileHeader.status.S_32==1 ...
943                  && hdr.FileHeader.status.S_FLOAT==0
944                prec_str = ['int32=>',Dat.precision];
945          elseif hdr.FileHeader.status.S_32==0 ...
946                  && hdr.FileHeader.status.S_FLOAT==0
947                prec_str = ['int16=>',Dat.precision];
948          end
949         
950        else
951          if hdr.BlockHeaders.status.S_FLOAT==1
952                prec_str = ['single=>',Dat.precision];
953          elseif hdr.BlockHeaders.status.S_32==1 ...
954                  && hdr.BlockHeaders.status.S_FLOAT==0
955                prec_str = ['int32=>',Dat.precision];
956          elseif hdr.BlockHeaders.status.S_32==0 ...
957                  && hdr.BlockHeaders.status.S_FLOAT==0
958                prec_str = ['int16=>',Dat.precision];
959          end
960        end
961
962        % Read k-space
963        tmp=fread(file_fid,...
964          [hdr.FileHeader.np,hdr.FileHeader.ntraces],...
965          prec_str);
966
967
968        % Store complex block and perform DC correction
969        if ~Dat.DCcorrection || ( nt(1)>1 )
970          complex_block = complex(tmp(1:2:end,:),tmp(2:2:end,:));
971        else
972          complex_block = complex(tmp(1:2:end,:)-hdr.BlockHeaders.lvl,...
973                tmp(2:2:end,:)-hdr.BlockHeaders.tlt);
974        end
975
976
977        %% Store and order k-space values
978        if any(AcqType==[1 2])
979          switch seqcon(2:3)
980                case {'cc','sc'}
981                  kspace(:,:,ii) = complex_block;
982                otherwise
983                  kspace(:,ii,:) = complex_block;
984          end
985        else
986          kspace(:,:,ii) = complex_block;
987        end
988
989        % Do not save blockheaders by default. When reading data files with a lot of
990        % blocks (e.g. over 1000) the processing of the DATA structure can be
991        % slowed down considerably. If you for some reason want to save also the
992        % block headers in the DATA structure comment out the code line below.
993        %hdr.BlockHeaders = [];
994  end % for ii=1:hdr.
995
996  if Dat.ShowWaitbar
997        delete(wb_h)
998  end
999 
1000else
1001  %% -------------------------------------------------------------------
1002  %% Fast Method for reading data. This may fail with some datas and can
1003  %% also require a relatively large amount of memory. This
1004  %% method should be used for EPI datas that contain a large number
1005  %% of block headers...
1006 
1007  % Initialize waitbar
1008  if Dat.ShowWaitbar
1009        wb_h = an2_calc_wait(['Reading ',num2str(AcqType),...
1010          'D VNMR data (seqcon: "' seqcon '")']);
1011  end
1012 
1013  % The first block header is read and it is assumed that the values in
1014  % the other block headers don't change. 
1015  hdr.BlockHeaders.scale = fread(file_fid,1,'short');  % Scaling factor
1016  tmp_status = fread(file_fid,1,'short'); % Status of data in block
1017  hdr.BlockHeaders.status = [];
1018  hdr.BlockHeaders.index = fread(file_fid,1,'short');  % Block index
1019  tmp_mode = fread(file_fid,1,'short');   % Mode of data in block
1020  hdr.BlockHeaders.mode = [];
1021  hdr.BlockHeaders.ctcount = fread(file_fid,1,'long'); % ct value for FID
1022  hdr.BlockHeaders.lpval = fread(file_fid,1,'float');  % f2 (2D-f1) left phase in phasefile
1023  hdr.BlockHeaders.rpval = fread(file_fid,1,'float');  % f2 (2D-f1) right phase in phasefile
1024  hdr.BlockHeaders.lvl = fread(file_fid,1,'float');    % level drift correction
1025  hdr.BlockHeaders.tlt = fread(file_fid,1,'float');    % tilt drift correction
1026 
1027  %% Parse status and mode bits
1028  status_bits = fliplr(double(dec2bin(tmp_status,16))==49);
1029  mode_bits = fliplr(double(dec2bin(tmp_mode,16))==49);
1030  for tt=1:length(BlockHeadStatusLabels)
1031        if ~isempty(BlockHeadStatusLabels{tt})
1032          hdr.BlockHeaders.status.(BlockHeadStatusLabels{tt}) = status_bits(tt);
1033        end
1034        if ~isempty(BlockHeadModeLabels{tt})
1035          hdr.BlockHeaders.mode.(BlockHeadModeLabels{tt}) = mode_bits(tt);
1036        end
1037  end
1038 
1039  %% Determine data precision
1040  if hdr.BlockHeaders.status.S_FLOAT==1
1041        prec_str = ['single=>',Dat.precision];
1042        prec = 4; % Precision in bytes
1043  elseif hdr.BlockHeaders.status.S_32==1 ...
1044          && hdr.BlockHeaders.status.S_FLOAT==0
1045        prec_str = ['int32=>',Dat.precision];
1046        prec = 4;
1047  elseif hdr.BlockHeaders.status.S_32==0 ...
1048          && hdr.BlockHeaders.status.S_FLOAT==0
1049        prec_str = ['int16=>',Dat.precision];
1050        prec = 2;
1051  end
1052 
1053  % Seek the file back to the beginning of the first block header
1054  fseek(file_fid,-28,0);
1055 
1056  % Determine the number of values that will result from block header(s)
1057  nVals = (nbheaders*28)/prec;
1058 
1059  % Read the whole data including block headers etc...
1060  tmp = fread(file_fid,inf,prec_str);
1061  tmp=reshape(tmp,nVals+hdr.FileHeader.np*hdr.FileHeader.ntraces,[]);
1062 
1063  % Remove block headers from the data
1064  tmp=tmp(nVals+1:end,:);
1065 
1066  % Transform to complex values
1067  kspace = reshape(tmp,hdr.FileHeader.np,...
1068        hdr.FileHeader.ntraces,hdr.FileHeader.nblocks);
1069 
1070  % Do DC-correction if necessary
1071  if ~Dat.DCcorrection || ( nt(1)>1 )
1072        kspace=complex(kspace(1:2:end,:,:),kspace(2:2:end,:,:));
1073  else
1074        kspace=complex(kspace(1:2:end,:,:)-hdr.BlockHeaders.lvl,...
1075          kspace(2:2:end,:,:)-hdr.BlockHeaders.tlt);
1076  end
1077 
1078  %% Store and order k-space values
1079  if any(AcqType==[1 2])
1080        switch seqcon(2:3)
1081          case {'cc','sc'}
1082                %kspace(:,:,ii) = complex_block;
1083          otherwise
1084                %kspace(:,ii,:) = complex_block;
1085                kspace = permute(kspace,[1 3 2]);
1086        end
1087  else
1088        %kspace(:,:,ii) = complex_block;
1089  end
1090 
1091  if Dat.ShowWaitbar
1092        delete(wb_h)
1093  end
1094 
1095end
1096
1097
1098% Remove singleton dimensions from kspace
1099kspace = squeeze(kspace);
1100
1101% Check if raw kspace should be returned
1102if Dat.ReturnRawKspace
1103  %% Delete waitbar
1104  if Dat.ShowWaitbar && ishandle(wb_h)
1105        delete(wb_h)
1106  end
1107  return
1108end
1109
1110%% Support for RASER sequence ---------------------------
1111if isfield(procpar,'teType')
1112 
1113  if strcmpi(procpar.sing_sh,'y') && strcmpi(procpar.teType,'c')
1114       
1115       
1116       
1117        % Separate reference scans from the data
1118        if isfield(procpar,'refscan') && strcmp(procpar.refscan,'y')
1119          kspace=permute(reshape(kspace,procpar.np/2,procpar.ne/2,2,[]),[1 2 4 3]);
1120          noise = kspace(:,:,:,1);
1121          kspace = kspace(:,:,:,2);
1122          % DC-correction
1123          dc_level = squeeze(mean(mean(noise)));
1124          for ii=1:size(kspace,3)
1125                kspace(:,:,ii)=kspace(:,:,ii)-dc_level(ii);
1126          end
1127        end
1128       
1129        if strcmpi(procpar.readType,'s')
1130          sw = procpar.sw;
1131          dwell = cumsum(ones(1,size(kspace,1))*(1/sw));
1132        else
1133          error('This feature has not been implemented yet!!!')
1134        end
1135        dwell = dwell*1000;
1136        %kspace = permute(kspace,[2 1 3]);
1137       
1138       
1139       
1140        % Phase correction
1141        dims = size(kspace);
1142        nI = size(kspace,3);
1143        nv = size(kspace,4);
1144        ne = size(kspace,2);
1145        np = size(kspace,1);
1146        g = 42.58;
1147        G = procpar.gvox2;
1148        Ds = procpar.vox2/100;
1149        pos2 = procpar.pos2/10;
1150        fudge = 0;
1151        fudge2 = 1;
1152       
1153        tt_dwell=repmat(dwell(:),1,ne);
1154        tt_ne = repmat((1:ne),length(dwell),1);
1155        tt_np = repmat((1:np)',1,ne);
1156       
1157        i=sqrt(-1);
1158        phi = (-2.*pi.*g.*G.*Ds.*tt_dwell.*(tt_ne./ne - 1/2 - pos2/Ds))+fudge.*tt_np;
1159        phi = repmat(phi,[1,1,size(kspace,3)]);
1160        kspace = abs(kspace).*exp(i*(angle(kspace)+phi));
1161       
1162        % Flip every other column
1163        sz(1)=size(kspace,1);
1164        sz(2)=size(kspace,2);
1165        sz(3)=size(kspace,3);
1166        sz(4)=size(kspace,4);
1167        kspace=reshape(kspace,sz(1),prod(sz(2:4)));
1168        kspace(:,1:2:end) = flipud(kspace(:,1:2:end));
1169        kspace = reshape(kspace,sz);
1170       
1171        %kspace = reshape(permute(kspace,[2 1 3]),sz(2),[],1);
1172        %kspace(:,1:2:end) = flipud(kspace(:,1:2:end));
1173        %kspace=permute(reshape(kspace,sz(2),[],sz(3)),[2 1 3]);
1174       
1175  else
1176        data = [];
1177        error('RASER sequence of this type has not been implemeted yet!')
1178  end
1179 
1180  % Reshape into 4D matrix
1181  kspace = reshape(kspace,size(kspace,1),size(kspace,2),[],size(kspace,3));
1182 
1183  data = abs(fftshift(fft(fftshift(fft(kspace,[],3),3),[],1),1));
1184 
1185  % Delete kspace if not returned
1186  if ~Dat.ReturnKSpace
1187        kspace=[];
1188  end
1189 
1190  return
1191 
1192end
1193
1194%% ------------------------------------------------------
1195
1196%% Flip images for certain measurements
1197if Dat.FlipKspace~=0
1198  if ischar(Dat.FlipInd)
1199    if strcmpi(Dat.FlipInd,'all')
1200      flipind = 1:size(kspace,3);
1201    elseif strcmpi(Dat.FlipInd,'alt')
1202      flipind = 2:2:size(kspace,3);
1203    end
1204  else
1205    flipind = Dat.FlipInd;
1206  end
1207 
1208  for ii=flipind
1209    if Dat.FlipKspace==1
1210      kspace(:,:,ii)=fliplr(kspace(:,:,ii));
1211    elseif Dat.FlipKspace==2
1212      kspace(:,:,ii)=flipud(kspace(:,:,ii));
1213    else
1214      kspace(:,:,ii)=flipud(fliplr(kspace(:,:,ii)));
1215    end
1216  end
1217end
1218
1219% Handle arrayed and RARE sequences
1220if isAcqArrayed && AcqType~=1 && Dat.Sorting && ~Dat.isEPIdata
1221  %if ~strcmpi(seqcon(2:3),'cc') && ( isempty(Dat.phasetable) | ...
1222  %        isfield(procpar,'flash_converted') )
1223  if isempty(Dat.phasetable) || isfield(procpar,'flash_converted')
1224                                 
1225    % Sort uncompressed arrayed data
1226    ks_order = 1:procpar.nv*ArrayLength;
1227    tmp = 0:procpar.nv:(procpar.ne-1)*procpar.nv;
1228    tmp=repmat(tmp,procpar.nv*ArrayLength,1);
1229    ks_order = reshape(ks_order,ArrayLength,procpar.nv).';
1230    ks_order = ks_order(:);
1231    ks_order = repmat(ks_order,1,procpar.ne);
1232    ks_order = ks_order+tmp;
1233    ks_order = ks_order.';
1234   
1235    if procpar.ns==1
1236      kspace=kspace(:,ks_order);
1237    else
1238      kspace = kspace(:,ks_order,:);
1239    end
1240   
1241    % Reshape into 3D matrix
1242    kspace=reshape(kspace,[size(kspace,1) procpar.nv ArrayLength* ...
1243                        procpar.ns]);
1244  else
1245    %% Sort RARE type data
1246    if UsePhaseTable
1247          Dat.phasetable = Dat.phasetable';
1248      kspace(:,Dat.phasetable(:),:) = kspace;
1249    end
1250  end
1251elseif Dat.isEPIdata
1252  %% Support for EPI-measurements (hopefully...)
1253 
1254  % Number of slices
1255  tmp_ns=length(procpar.pss);
1256 
1257  if isfield(procpar,'navecho') && strcmpi(procpar.navecho{1},'y')
1258        tmp_nv = procpar.nv-procpar.nseg;
1259  else
1260        tmp_nv = procpar.nv;
1261  end
1262  kspace = reshape(kspace,[size(kspace,1) ...
1263                       size(kspace,2)/tmp_nv tmp_nv]);
1264  kspace = permute(kspace,[1 3 2]);
1265 
1266  % Reshape to 4D matrix
1267  kspace = reshape(kspace,[size(kspace,1) size(kspace,2) ...
1268        tmp_ns size(kspace,3)/tmp_ns]);
1269 
1270else
1271  % This section contains various "chewing gum and ironwire" type
1272  % patches that hopefully work...
1273 
1274 
1275  if strcmp(seqcon,'nccnn') && length(size(kspace))==2 && ...
1276          procpar.ns>=1 && AcqType~=1
1277    if ~isempty(Dat.phasetable)
1278          kssz = size(kspace);
1279          phsz = size(Dat.phasetable);
1280          kspace=permute(reshape(kspace,procpar.np/2,...
1281                phsz(2),...
1282                kssz(2)/phsz(2)),[1 3 2]);
1283          kspace = permute(reshape(kspace,...
1284                procpar.np/2,procpar.ns,kssz(2)/procpar.ns),[1 3 2]);
1285          if Dat.Sorting
1286                kspace(:,Dat.phasetable(:),:)=kspace;
1287          end
1288        else
1289          kspace = reshape(kspace,...
1290                [procpar.np/2 procpar.ns ...
1291                size(kspace,2)/procpar.ns]);
1292          kspace=permute(kspace,[1 3 2]);
1293        end
1294       
1295  elseif strcmp(seqcon,'nscsn') && length(size(kspace))==3 && ...
1296          AcqType~=1
1297        %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1298        % Support for 3D fast spin-echo
1299        %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1300        if ~isempty(Dat.phasetable)
1301          for ii=1:size(kspace,3)
1302                tmp = kspace(:,:,ii);
1303                kssz = size(tmp);
1304                phsz = size(Dat.phasetable);
1305                tmp=permute(reshape(tmp,procpar.np/2,...
1306                  phsz(2),...
1307                  kssz(2)/phsz(2)),[1 3 2]);
1308                tmp = permute(reshape(tmp,...
1309                  procpar.np/2,procpar.ns,kssz(2)/procpar.ns),[1 3 2]);
1310                if Dat.Sorting
1311                  tmp(:,Dat.phasetable(:),:)=tmp;
1312                end
1313                kspace(:,:,ii)=tmp;
1314          end
1315        end
1316       
1317       
1318  elseif AcqType~=1 && isfield(procpar,'nv')
1319    if length(size(kspace))==2 && ...
1320              ( size(kspace,1)~=(procpar.np/2) || size(kspace,2)~=procpar.nv )
1321      %% Reshape the kspace to the appropriate size
1322      kspace=reshape(kspace,[procpar.np/2 procpar.nv size(kspace,2)/ ...
1323                          procpar.nv]);
1324    end
1325  end
1326 
1327 
1328  %%% Support for Teemu's ASE3D-data
1329  %if strcmpi(seqcon,'ncccn')
1330  %  %% Reshape the kspace to the appropriate size
1331  %  kspace=reshape(kspace,[procpar.np/2 procpar.nv size(kspace,2)/procpar.nv]);
1332  %end
1333end
1334
1335% Return image/spectral data --------------------------------
1336if Dat.ReturnFTData
1337  %% Fourier transform spectral data
1338  if AcqType==1
1339        wb_h = an2_wbar(0,'Fourier transforming spectral data');
1340    %data=zeros(size(kspace),'single');
1341        data=kspace;
1342    sz=size(kspace,2)*size(kspace,3);
1343    count=1;
1344    for kk=1:size(kspace,3)
1345      for ii=1:size(kspace,2)
1346        %% Update waitbar
1347        if Dat.ShowWaitbar
1348          an2_wbar(count/sz,...
1349               wb_h,...
1350               {'Fourier transforming spectral data',...
1351                ['(Processing spectrum ' num2str(count) '/' num2str(sz) ')']})
1352                end
1353        data(:,ii,kk) = abs(fftshift(fft(data(:,ii,kk))));
1354        count=count+1;
1355      end
1356    end
1357 
1358  %% Fourier transform image data
1359  else
1360   
1361    %% Zeropadding auto
1362    if Dat.ZeroPadding==2
1363     
1364      if Dat.isEPIdata
1365       
1366        %% Determine the image size for EPI data for procpar "readres"
1367        %% and "phaseres" fields
1368        data_sz = [procpar.readres procpar.phaseres];
1369                if isequal(data_sz,[size(kspace,1),size(kspace,2)])
1370                  DoZeroPadding=false;
1371                else
1372                  DoZeroPadding=true;
1373                end
1374                data_sz = [procpar.readres ...
1375                  procpar.phaseres size(kspace,3) size(kspace,4)];
1376      else
1377       
1378        %% Check if zeropadding is necessary.
1379        ks_sz_sorted = sort([size(kspace,1),size(kspace,2)]);
1380        fov_sz_sorted = sort([procpar.lro,procpar.lpe]);
1381        sliceRelativeDim = ks_sz_sorted(2)/ks_sz_sorted(1);
1382        FOVrelativeDim = fov_sz_sorted(2)/fov_sz_sorted(1);
1383        if FOVrelativeDim~=sliceRelativeDim
1384          ind=find([size(kspace,1),size(kspace,2)]==ks_sz_sorted(1));
1385          data_sz = size(kspace);
1386          data_sz(ind) = round((fov_sz_sorted(1)/fov_sz_sorted(2))*ks_sz_sorted(2));
1387          DoZeroPadding=true;
1388        else
1389          data_sz = size(kspace);
1390          DoZeroPadding=false;
1391        end
1392      end
1393     
1394    %% Force zeropadding on. Force images to be square.
1395    elseif Dat.ZeroPadding==1
1396      ks_sz_max = max(size(kspace,1),size(kspace,2));
1397      data_sz = size(kspace);
1398      data_sz(1:2)=ks_sz_max;
1399      DoZeroPadding=true;
1400     
1401    %% Force zeropadding off
1402    else
1403      data_sz = size(kspace);
1404      DoZeroPadding=false;
1405    end
1406   
1407    %% Fourier transform 2D and EPI image data
1408    if AcqType==2 || Dat.isEPIdata
1409      sz=size(kspace,3);
1410         
1411          if DoZeroPadding
1412                data=zeros(data_sz,class(kspace));
1413                data(1:size(kspace,1),1:size(kspace,2),:,:)=kspace;
1414          else
1415                data=kspace;
1416          end
1417          if Dat.ShowWaitbar
1418                [wb_h,txh]=an2_calc_wait('Fourier transforming image data...');
1419          end
1420          %data=permute(fftshift(fftshift(abs(fft(permute(fft(data),[2 1 3 4]))),1),2),[2 1 3 4]);
1421          data=fftshift(fftshift(abs(fft(fft(data,[],1),[],2)),1),2);
1422    else
1423      %% Fourier transform 3D image data
1424      if Dat.ShowWaitbar
1425        [wb_h,txh]=an2_calc_wait('Fourier transforming 3D image data...');
1426      end
1427     
1428      if DoZeroPadding
1429        % Check zeropadding in the 3rd dimension if zeropadding is set to
1430        % "auto"
1431                if Dat.ZeroPadding==2
1432                  if isfield(procpar,'lpe2') && isfield(procpar,'lpe')
1433                        data_sz(3) = max(1,round((procpar.lpe2/procpar.lpe)*data_sz(2)*ArrayLength));
1434                  end
1435                end
1436        data=zeros(data_sz,class(kspace));
1437        data = abs(fftshift(fftn(kspace,data_sz)));
1438      else
1439        data=zeros(data_sz,class(kspace));
1440                data = abs(fftshift(fftn(kspace)));
1441          end
1442    end
1443   
1444% $$$   %% Fourier transform 4D image data
1445% $$$   elseif AcqType==4
1446% $$$     data = abs(fftshift(fftshift(fft2(kspace),2),1));
1447  end
1448end
1449
1450%% Delete waitbar
1451if Dat.ShowWaitbar && ishandle(wb_h)
1452  delete(wb_h)
1453end
1454
1455% Delete kspace if not returned
1456if ~Dat.ReturnKSpace
1457  kspace=[];
1458end
1459
1460
1461
1462%% - EOF - %%
1463return
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.

Powered by Trac 1.0.9.Copyright © Juha-Pekka Niskanen 2008