source: vnmr_recon/epi_recon.m @ 169

Last change on this file since 169 was 169, checked in by tjniskan, 8 years ago
  • Fixed reconstruction of epiT1rho sequence

M aedes_revision.m
M vnmr_recon/epi_recon.m

File size: 6.2 KB
Line 
1function [kspace,data,msg_out]=epi_recon(kspace,Dat,procpar)
2% This is a custom VNMR k-space reconstruction code for EPI data used by
3% aedes_readvnmr.
4
5% If called without input arguments, return the sequence names that
6% this code reconstructs
7if nargin==0
8  kspace = {'epi_se_rapid_sp3','epi','epi_fMRI','epip','epiT1rho'};
9  return
10end
11
12data=[];
13msg_out = '';
14
15% Number of receivers
16if isfield(procpar,'rcvrs') && ~isempty(procpar.rcvrs)
17        nRcvrs = length(procpar.rcvrs{1}=='y');
18else
19        nRcvrs = 1;
20end
21
22
23
24% =====================================================
25% Reconstruct EPI sequences meaured with the old INOVA
26% =====================================================
27if isfield(procpar,'readres') && isfield(procpar,'phaseres')
28 
29  % Number of slices
30  tmp_ns=length(procpar.pss);
31 
32  if isfield(procpar,'navecho') && strcmpi(procpar.navecho{1},'y')
33    tmp_nv = procpar.nv-procpar.nseg;
34  else
35    tmp_nv = procpar.nv;
36  end
37  kspace = reshape(kspace,[size(kspace,1) ...
38    size(kspace,2)/tmp_nv tmp_nv]);
39  kspace = permute(kspace,[1 3 2]);
40 
41  % Reshape to 4D matrix
42  kspace = reshape(kspace,[size(kspace,1) size(kspace,2) ...
43    tmp_ns size(kspace,3)/tmp_ns]);
44       
45       
46        data = abs(fftshift(fftshift(fft(fft(kspace,[],1),[],2),1),2));
47        data = permute(data,[2 1 3 4]);
48        data = flipdim(flipdim(data,1),2);
49        data(:,:,:,1) = []; % Remove reference image
50       
51        % ===================================
52        % Reconstruct VNMRj and EPIP sequences
53        % ===================================
54else
55       
56        if isfield(procpar,'nphase') && ...
57                        isfield(procpar,'nread')
58                isEPIP = true;
59        else
60                isEPIP = false;
61        end
62       
63        % Number of navigator echos
64        if isfield(procpar,'navigator') && strcmpi(procpar.navigator,'y')
65                nNav = length(procpar.nav_echo);
66        else
67                nNav = 0;
68        end
69       
70        % Number of reference images
71        if isfield(procpar,'epiref_type') && ~isempty(procpar.epiref_type) && ...
72                        strcmpi(procpar.epiref_type,'triple')
73                nRef = 3;
74        else
75                nRef = 1;
76        end
77       
78        % Number of segments
79        if isfield(procpar,'nseg') && ~isempty(procpar.nseg)
80                nSeg = procpar.nseg;
81        else
82                nSeg = 1;
83        end
84       
85        % Number of volumes
86        nVols = length(procpar.image)-nRef;
87       
88        % Number of slices
89        ns = procpar.ns;
90       
91       
92        if isEPIP
93                nv = procpar.nphase; % Phase sampling
94                np = procpar.nread/2; % Read sampling
95        else
96                nv = procpar.nv;
97                np = procpar.np/2;
98        end
99       
100        % Get orientation
101        orient = procpar.orient{1};
102       
103        if isEPIP && (nv==64 & np==64)
104                % The information about navigator echoes in the procpar doesn't seem to
105                % be consistent. This code tried to guess the number of navigators from
106                % the k-space size
107                nNav = size(kspace,1)/np-nv;
108        end
109       
110        % Calculate indexes for navigator and data echoes
111        if nNav > 0
112                ind = reshape([1:(nv+nNav*nSeg)],[],nSeg);
113                NavInd = ind(1:nNav,:);
114                DataInd = ind(nNav+1:end,:);
115                NavInd = NavInd(:).';
116                DataInd = DataInd(:).';
117        else
118                DataInd = [1:nv];
119                NavInd = [];
120        end
121       
122        if Dat.EPIPhasedArrayData
123                data = zeros(nv,np,ns,nVols,nRcvrs,'single');
124        else
125                data = zeros(nv,np,ns,nVols,'single');
126        end
127       
128        % Look for phase table
129        pe_table = [];
130        if isfield(Dat,'phasetable') && ~isempty(Dat.phasetable)
131                pe_table = Dat.phasetable;
132        end
133       
134        % Reshape kspace and detach reference images
135        kspace = reshape(kspace,np,nv+nNav*nSeg,ns,nRcvrs,nVols+nRef);
136       
137        ref_data = kspace(:,DataInd,:,:,1:nRef);
138        if ~isempty(pe_table)
139                ref_data(:,pe_table,:,:,:) = ref_data;
140        end
141        % Flip even kspace lines
142        ref_data(:,2:2:end,:,:,:) = flipdim(ref_data(:,2:2:end,:,:,:),1);
143        %kspace(:,:,:,:,1:nRef)=[];
144       
145        % Calculate phase corrections for all receivers
146        phase_e = ref_data(:,:,:,:,1);
147        rev_phase = ref_data(:,:,:,:,1);
148        for ii=1:nRcvrs
149                if nRef==1
150      ref_im = ref_data(:,:,:,ii,1);
151      phase1 = exp(-sqrt(-1)*angle(fft(ref_im,[],1)));
152                        rev_phase = 1;
153                        phase_e(:,:,:,ii,:) = phase1;
154                elseif nRef==3
155                        ref1_ind = find(procpar.image==0,1);
156                        ref1 = ref_data(:,:,:,ii,ref1_ind);
157                        phase1 = exp(-sqrt(-1)*angle(fft(ref1,[],1)));
158                       
159                        ref2_ind = find(procpar.image==-2,1);
160                        ref2 = flipdim(ref_data(:,:,:,ii,ref2_ind),1);
161                        phase2 = exp(-sqrt(-1)*angle(fft(ref2,[],1)));
162                       
163                        im1_ind = find(procpar.image==-1,1);
164                        im1 = flipdim(ref_data(:,:,:,ii,im1_ind),1);
165                       
166                        rev_phase(:,:,:,ii,:) = fft(im1,[],1).*phase2;
167                        phase_e(:,:,:,ii,:) = phase1;
168                end
169        end
170       
171        % Reconstruct in blocks
172        kssz=size(kspace);
173        blksz = Dat.EPIBlockSize; % Process EPI data in 100 volume blocks (default)
174        nBlocks = ceil(nVols/blksz);
175        lnum = length(num2str(nBlocks));
176        lnumstr = num2str(lnum);
177        bsl = lnum*2+1;
178        fprintf(1,'Processing data in blocks of %d volumes\n',blksz)
179        fprintf(1,['Processing block...%0',lnumstr,'d/%0',lnumstr,'d'],1,nBlocks);
180       
181        for ii=1:nBlocks
182                fprintf(1,repmat('\b',1,bsl));
183                fprintf(1,['%0',lnumstr,'d/%0',lnumstr,'d'],ii,nBlocks);
184                tmp_data = [];
185                if ii==nBlocks
186                        vol_inds = (ii-1)*blksz+1+nRef:nVols+nRef;
187                else
188                        vol_inds = (ii-1)*blksz+1+nRef:ii*blksz+nRef;
189                end
190               
191                % At the moment navigator echoes are not used...
192                %tmp_kspace = kspace(:,nNav+1:end,:,:,vol_inds);
193                tmp_kspace = kspace(:,DataInd,:,:,vol_inds);
194                if ~isempty(pe_table)
195                        tmp_kspace(:,pe_table,:,:,:) = tmp_kspace;
196                end
197               
198                % Flip even lines
199                tmp_kspace(:,2:2:end,:,:,:) = flipdim(tmp_kspace(:,2:2:end,:,:,:),1);
200
201                for kk=1:nRcvrs
202                        if nRef==3
203                                for tt=1:length(vol_inds)
204                                        tmp_kspace(:,:,:,kk,tt) = ifft(rev_phase(:,:,:,kk,:)+fft(tmp_kspace(:,:,:,kk,tt),[],1).*phase_e(:,:,:,kk,:));
205                                end
206                        else
207                                for tt=1:length(vol_inds)
208                                        tmp_kspace(:,:,:,kk,tt) = ifft(fft(tmp_kspace(:,:,:,kk,tt),[],1).*phase_e(:,:,:,kk,:));
209                                end
210                        end
211                        tmp_data = fftshift(fftshift(fft(fft(tmp_kspace,[],1),[],2),1),2);
212                end
213               
214               
215                if Dat.EPIPhasedArrayData
216                        data_block = abs(tmp_data);
217                        % Permute to correct orientation
218                        if strcmpi(orient,'trans90')
219                                data_block = permute(data_block,[2 1 3 5 4]);
220                                data_block = flipdim(data_block,2);
221                        else
222                                data_block = permute(data_block,[1 2 3 5 4]);
223                        end
224                        data(:,:,:,vol_inds-nRef,:) = data_block;
225                else
226                        if nRcvrs == 1
227                                data_block = abs(tmp_data);
228                        else
229                                data_block = sqrt(sum(tmp_data.*conj(tmp_data),4));
230                        end
231                        % Permute to correct orientation
232                        if strcmpi(orient,'trans90')
233                                data_block = permute(data_block,[2 1 3 5 4]);
234                                data_block = flipdim(data_block,2);
235                        end
236                        data(:,:,:,vol_inds-nRef) = squeeze(data_block);
237                end
238               
239        end
240        fprintf(1,'\n')
241end
242       
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.

Powered by Trac 1.0.9.Copyright © Juha-Pekka Niskanen 2008