Changeset 126 for aedes_export_gui.m


Ignore:
Timestamp:
May 11, 2010, 1:07:36 PM (9 years ago)
Author:
tjniskan
Message:
  • Hotfix for plotting multivolume mosaics. Hopefully didn't break

anything...

M aedes.m
M aedes_export_gui.m
M aedes_revision.m

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • aedes_export_gui.m

    r80 r126  
    1 function aedes_export_gui(DATA,ROI,Clim_in,colmap_in,roiTransp,showRoiEdges,overlay)
     1function aedes_export_gui(DATA,ROI,Clim_in,colmap_in,roiTransp,showRoiEdges,overlay,currentVol)
    22% AEDES_EXPORT_GUI - Graphical user interface for exporting mri images
    33%   
     
    5959  roiTransp = 1;
    6060end
     61if ~exist('currentVol','var')
     62  currentVol = 1;
     63end
    6164% $$$ if ~exist('flip_in','var')
    6265% $$$   flip_in = [];
     
    6770
    6871% Check DATA structure
     72Dat.currentVol = currentVol;
    6973showError = false;
    7074Dat.isDataMixed = false;
     
    101105  Dat.YSize = size(DATA{1}.FTDATA,1);
    102106  Dat.ZSize = size(DATA{1}.FTDATA,2);
     107  Dat.VSize = size(DATA{1}.FTDATA,4);
    103108end
    104109
     
    977982  else
    978983    if sliceDir==1
    979       data_sz=size(DATA{1}.FTDATA(:,:,Dat.SliceInd(1)));
     984      data_sz=size(DATA{1}.FTDATA(:,:,Dat.SliceInd(1),Dat.currentVol));
    980985    elseif sliceDir==2
    981       data_sz=size(squeeze(DATA{1}.FTDATA(:,Dat.SliceInd(1),:)));
     986      data_sz=size(squeeze(DATA{1}.FTDATA(:,Dat.SliceInd(1),:,Dat.currentVol)));
    982987    else
    983       data_sz=size(squeeze(DATA{1}.FTDATA(Dat.SliceInd(1),:,:)));
     988      data_sz=size(squeeze(DATA{1}.FTDATA(Dat.SliceInd(1),:,:,Dat.currentVol)));
    984989    end
    985990  end
     
    11511156        else
    11521157          if sliceDir==1
    1153             imdata=DATA{1}.FTDATA(:,:,Dat.SliceInd(count));
    1154                         if drawOverlay
    1155                           if overlay.isOverlayRGB
    1156                                 overlay_data = squeeze(overlay.ImageOverlay(:,:,Dat.SliceInd(count),:));
    1157                           else
    1158                                 overlay_data = overlay.ImageOverlay(:,:,Dat.SliceInd(count));
    1159                           end
    1160                         end
     1158            imdata=DATA{1}.FTDATA(:,:,Dat.SliceInd(count),Dat.currentVol);
     1159            if drawOverlay
     1160              if overlay.isOverlayRGB
     1161                overlay_data = squeeze(overlay.ImageOverlay(:,:,Dat.SliceInd(count),:));
     1162              else
     1163                overlay_data = overlay.ImageOverlay(:,:,Dat.SliceInd(count),Dat.currentVol);
     1164              end
     1165            end
    11611166          elseif sliceDir==2
    1162             imdata=squeeze(DATA{1}.FTDATA(:,Dat.SliceInd(count),:));
    1163                         if drawOverlay
    1164                           if overlay.isOverlayRGB
    1165                                 overlay_data = squeeze(overlay.ImageOverlay(:,Dat.SliceInd(count),:,:));
    1166                           else
    1167                                 overlay_data = squeeze(overlay.ImageOverlay(:,Dat.SliceInd(count),:));
    1168                           end
    1169                         end
     1167            imdata=squeeze(DATA{1}.FTDATA(:,Dat.SliceInd(count),:,Dat.currentVol));
     1168            if drawOverlay
     1169              if overlay.isOverlayRGB
     1170                overlay_data = squeeze(overlay.ImageOverlay(:,Dat.SliceInd(count),:,:));
     1171              else
     1172                overlay_data = squeeze(overlay.ImageOverlay(:,Dat.SliceInd(count),:,Dat.currentVol));
     1173              end
     1174            end
    11701175          else
    1171             imdata=squeeze(DATA{1}.FTDATA(Dat.SliceInd(count),:,:));
    1172                         if drawOverlay
    1173                           if overlay.isOverlayRGB
    1174                                 overlay_data = squeeze(overlay.ImageOverlay(Dat.SliceInd(count),:,:,:));
    1175                           else
    1176                                 overlay_data = squeeze(overlay.ImageOverlay(Dat.SliceInd(count),:,:));
    1177                           end
    1178                         end
     1176            imdata=squeeze(DATA{1}.FTDATA(Dat.SliceInd(count),:,:,Dat.currentVol));
     1177            if drawOverlay
     1178              if overlay.isOverlayRGB
     1179                overlay_data = squeeze(overlay.ImageOverlay(Dat.SliceInd(count),:,:,:));
     1180              else
     1181                overlay_data = squeeze(overlay.ImageOverlay(Dat.SliceInd(count),:,:,Dat.currentVol));
     1182              end
     1183            end
    11791184          end
    11801185        end
    11811186       
    1182 
     1187       
    11831188       
    11841189        %% Plot image
     
    12651270            else
    12661271              if sliceDir==1
    1267                 roidata = ROI(roi_ind(tt)).voxels{1}(:,:,Dat.SliceInd(count));
     1272                roidata = ROI(roi_ind(tt)).voxels{1}(:,:,Dat.SliceInd(count),Dat.currentVol);
    12681273              elseif sliceDir==2
    1269                 roidata = squeeze(ROI(roi_ind(tt)).voxels{1}(:,Dat.SliceInd(count),:));
     1274                roidata = squeeze(ROI(roi_ind(tt)).voxels{1}(:,Dat.SliceInd(count),:,Dat.currentVol));
    12701275              else
    1271                 roidata = squeeze(ROI(roi_ind(tt)).voxels{1}(Dat.SliceInd(count),:,:));
     1276                roidata = squeeze(ROI(roi_ind(tt)).voxels{1}(Dat.SliceInd(count),:,:,Dat.currentVol));
    12721277              end
    12731278              if isempty(find(roidata))
     
    14931498    else
    14941499      if sliceDir==1
    1495         imdata = DATA{1}.FTDATA(:,:,Dat.SliceInd(ii));
     1500        imdata = DATA{1}.FTDATA(:,:,Dat.SliceInd(ii),Dat.currentVol);
    14961501        if drawOverlay
    14971502          if overlay.isOverlayRGB
    14981503            overlay_data = squeeze(overlay.ImageOverlay(:,:,Dat.SliceInd(ii),:));
    14991504          else
    1500             overlay_data = overlay.ImageOverlay(:,:,Dat.SliceInd(ii));
     1505            overlay_data = overlay.ImageOverlay(:,:,Dat.SliceInd(ii),Dat.currentVol);
    15011506          end
    15021507        end
    15031508      elseif sliceDir==2
    1504         imdata = squeeze(DATA{1}.FTDATA(:,Dat.SliceInd(ii),:));
     1509        imdata = squeeze(DATA{1}.FTDATA(:,Dat.SliceInd(ii),:,Dat.currentVol));
    15051510        if drawOverlay
    15061511          if overlay.isOverlayRGB
    15071512            overlay_data = squeeze(overlay.ImageOverlay(:,Dat.SliceInd(ii),:,:));
    15081513          else
    1509             overlay_data = squeeze(overlay.ImageOverlay(:,Dat.SliceInd(ii),:));
     1514            overlay_data = squeeze(overlay.ImageOverlay(:,Dat.SliceInd(ii),:,Dat.currentVol));
    15101515          end
    15111516        end
    15121517      else
    1513         imdata = squeeze(DATA{1}.FTDATA(Dat.SliceInd(ii),:,:));
     1518        imdata = squeeze(DATA{1}.FTDATA(Dat.SliceInd(ii),:,:,Dat.currentVol));
    15141519        if drawOverlay
    15151520          if overlay.isOverlayRGB
    15161521            overlay_data = squeeze(overlay.ImageOverlay(Dat.SliceInd(ii),:,:,:));
    15171522          else
    1518             overlay_data = squeeze(overlay.ImageOverlay(Dat.SliceInd(ii),:,:));
     1523            overlay_data = squeeze(overlay.ImageOverlay(Dat.SliceInd(ii),:,:,Dat.currentVol));
    15191524          end
    15201525        end
     
    16501655        else
    16511656          if sliceDir==1
    1652             roidata = ROI(roi_ind(kk)).voxels{1}(:,:,Dat.SliceInd(ii));
     1657            roidata = ROI(roi_ind(kk)).voxels{1}(:,:,Dat.SliceInd(ii),Dat.currentVol);
    16531658          elseif sliceDir==2
    1654             roidata = squeeze(ROI(roi_ind(kk)).voxels{1}(:,Dat.SliceInd(ii),:));
     1659            roidata = squeeze(ROI(roi_ind(kk)).voxels{1}(:,Dat.SliceInd(ii),:,Dat.currentVol));
    16551660          else
    1656             roidata = squeeze(ROI(roi_ind(kk)).voxels{1}(Dat.SliceInd(ii),:,:));
     1661            roidata = squeeze(ROI(roi_ind(kk)).voxels{1}(Dat.SliceInd(ii),:,:,Dat.currentVol));
    16571662          end
    16581663          if isempty(find(roidata))
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.

Powered by Trac 1.0.9.Copyright © Juha-Pekka Niskanen 2008