Changeset 152 for plugins


Ignore:
Timestamp:
Jan 18, 2011, 1:04:28 PM (8 years ago)
Author:
tjniskan
Message:
  • aedes_readvnmr.m almost works with epi data...
  • The ROI averages of fMRI time series are now shown in one column instead of two in plugins/fmri_plugins/basic_fmri_analysis.m

M aedes_readvnmr.m
M plugins/fmri_plugins/basic_fmri_analysis.m
M aedes_revision.m
M vnmr_recon/epi_recon.m

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • plugins/fmri_plugins/basic_fmri_analysis.m

    r98 r152  
    113113  fprintf(1,'---------------------------------------\n');
    114114  fh=figure;
    115   if length(ROI)<=3
    116     nRows = length(ROI);
    117     nCols=1;
    118   elseif length(ROI)==4
    119     nRows = 2;
    120     nCols=2;
    121   elseif length(ROI)<10
    122     nRows = 3;
    123     nCols = ceil(length(ROI)/nRows);
    124   else
    125     nRows = 4;
    126     nCols = ceil(length(ROI)/nRows);
    127   end
     115        nRows = length(ROI);
     116        nCols = 1;
     117        ax_w = 0.9;
     118        ax_l = (1-ax_w)/2;
     119        ax_gap = 0.01;
     120        ax_h = (1-(length(ROI)+5)*ax_gap)/length(ROI);
     121        bgax = axes('parent',fh,...
     122                'units','normal','position',[0 0 1 1],...
     123                'xlim',[0 1],'ylim',[0 1],'visible','off');
     124%   if length(ROI)<=3
     125%     nRows = length(ROI);
     126%     nCols=1;
     127%   elseif length(ROI)==4
     128%     nRows = 2;
     129%     nCols=2;
     130%   elseif length(ROI)<10
     131%     nRows = 3;
     132%     nCols = ceil(length(ROI)/nRows);
     133%   else
     134%     nRows = 4;
     135%     nCols = ceil(length(ROI)/nRows);
     136%   end
    128137  for kk=1:length(ROI)
    129138   
     
    151160   
    152161    % Plot results
    153     ax=subplot(nRows,nCols,kk,'align','parent',fh);
     162    %ax=subplot(nRows,nCols,kk,'align','parent',fh,'fontsize',8);
     163                ax=axes('parent',fh,'units','normal',...
     164                        'position',[ax_l 1-kk*ax_h-kk*ax_gap ax_w ax_h],...
     165                        'yaxislocation','right','layer','top','box','on');
    154166    line(1:length(z),z_norm,'color','k',...
    155167      'parent',ax);
    156168    line(1:length(z),z_hat_norm,...
    157169      'color','r','linewidth',2,'parent',ax);
    158     title(['Time series for ROI: ',ROI(kk).label])
    159     ylabel(ax,'BOLD-%');
     170                text(ax_l-0.01,1-kk*ax_h-kk*ax_gap+ax_h/2,...
     171                        ['ROI: ',ROI(kk).label],'parent',bgax,...
     172                        'rotation',90,'fontsize',8,...
     173                        'horizontalalign','center',...
     174                        'verticalalign','bottom');
     175    %title(['Time series for ROI: ',ROI(kk).label],'fontsize',8)
     176    ylabel(ax,'BOLD-%','fontsize',8);
    160177    set(ax,'xlim',[0 length(z)],...
    161178      'ylim',[min(z_norm)-min(z_norm)*0.05 ...
    162       max(z_norm)+max(z_norm)*0.05]);
     179      max(z_norm)+max(z_norm)*0.05],'fontsize',8);
    163180    for ii=1:length(new_onset)
    164181      xdata = [new_onset(ii) new_onset(ii)+new_durat(ii) ...
     
    169186        'xdata',xdata,'ydata',ydata,'FaceColor','r',...
    170187        'FaceAlpha',0.3,'LineStyle','none');
    171     end
     188                end
     189                if kk~=length(ROI)
     190                        set(ax,'xticklabel',[])
     191                end
     192                set(ax,'layer','top')
     193                if kk==length(ROI)
     194                        xlabel('Time (scans)','fontsize',8)
     195                end
    172196   
    173197    fprintf(1,'BOLD-%% %s: %.3f\n',ROI(kk).label,bold_prc);
    174   end
     198        end
     199        if length(ROI)>=3
     200                tmp_pos1 = get(0,'screensize');
     201                tmp_pos2 = get(fh,'position');
     202                set(fh,'position',[tmp_pos2(1) 100 tmp_pos2(3)*1.5 tmp_pos1(4)-100]);
     203        end
    175204  fprintf(1,'---------------------------------------\n');
    176205else
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.

Powered by Trac 1.0.9.Copyright © Juha-Pekka Niskanen 2008